专利名称：：组合的用于培养试样容器的检测仪器和用于对样品中的微生物剂进行识别和/或表征的仪器的制作方法组合的用于培养试样容器的检测仪器和用于对样品中的微生物剂进行识别和/或表征的仪器相关申请的交叉引用本申请根据美国法典第35卷第119条第(e)款要求以下的优先权，(1)于2009年5月15日提交的名禾尔为“SystemforCombiningaNon-invasiveRapidDetectionBloodCultureSystemwithanInvasiveMicrobialSeparationandCharacterizationSyStem(用于组合非侵入性快速检测血液培养系统与侵入性微生物分离和表征系统的系统)”的美国临时申请序列号61/216，339;(2)于2009年9月30日提交的名称为"AutomatedLoadingMechanismforMicrobialDetectionApparatus(用于微生物检测设备的自动化加载机构)”的美国临时申请序列号61/277，862;和(3)于2010年2月8日提交的名称为“AutomatedMicrobialDetectionApparatus(自动化微生物检测设备)，，的美国临时申请序列号61/337，597，其内容均通过引用并入本文。本申请还与以下的美国专利申请相关，其内容通过引用并入本文于2009年10月30日提交的名称为“Methodsfortheisolationandidentificationofmicroorganisms(用于微生物的分离和识别的方法)”的美国序列号12/589,929。于2009年10月30日提交的名称为“kparationdeviceforuseintheseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganisms(ΜΙ^物的分离、识别和/或表征的分离装置)，，的美国序列号12/589，969。于2009年10月30日提交的名称为"Methodforseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingspectroscopy(用于■生物白勺使用光谱学的分离、识别和/或表征的方法)，，的美国序列号12/589，952。于2009年10月30日提交的名称为"Methodforseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingmassspectrometry(用于微生物的使用质谱测定的分离、识别和/或表征的方法)，，的美国序列号12/589，936。于2009年10月30日提交的名称为“Methodforseparationandcharacterizationofmicroorganismsusingidentifieragents(用于■生白勺iJ用识别物剂的分离和表征的方法)，，的美国序列号12/589，985。于2009年10月30日提交的名称为“Methodfordetection,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsinasealedcontainer(MT-WiiWzIIpI11的微生物的检测、识别和/或表征的方法)，，的美国序列号12/589，968。于2009年10月30日提交的名称为"Methodforseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingramanspectroscopy(用于■生·的使用拉曼光谱的分离、识别和/或表征的方法)，，的美国序列号12/589，976。本申请还与以下的于与本申请同一个日期提交的申请相关，其内容通过引用并入本文案卷号01121，序列号_"Automatedmicrobialdetectionapparatus(自动化微生物检测设备)”。案卷号09-271-A，序列号_"Methodsforrapididentificationand/orcharacterizationofamicrobialagentinasample(M^l^m^Wil^iii^^LlWft速的识别和/或表征的方法)”。案卷号09-271-B，序列号_"Systemforrapididentificationand/orcharacterizationofamicrobialagentinasample(M^l^m^Wil^iii^^LlWft速的识别和/或表征的系统)”。联邦资助的研究的声明不适用。背景本发明解决了本领域中对于用于迅速地表征和/或识别被储存在试样容器中的样品例如血液或其他生物样品中的微生物剂(microbialagent)的自动化仪器和方法的长期需要。作为实施例，本公开的仪器迅速地和自动地提供关于微生物剂的革兰氏类型(阳性的或阴性的)、形态、物种或其他相关的临床信息的信息。目前在美国的市场上具有检测血液样品中的微生物的生长并且因此检测血液样品中的微生物存在的仪器。一种这样的仪器是本发明的受让人bioM6rieuX有限公司的BacT/ALERT3D仪器。该仪器接收容纳血液样品的血液培养瓶，血液样品例如来自人类患者。该仪器培育(incubate)瓶子。在培育期间，培育器中的光学检测单元周期性地分析被结合入瓶子的比色传感器(colorimetricsensor)以检测微生物生长是否已经在瓶子内发生。光学检测单元、试样容器和传感器在专利文献中被描述，见美国专利4，945，060；5，094，955；5，162，229；5，164，796；5，217，876；5，795，773；和5，856，175，它们中的每个的全部内容均通过引用并入本文。其他大体上与生物样品中的微生物的检测有关的所关心的现有技术包括以下专利:U.S.5，770，394、U.S.5，518，923；U.S.5，498，543、U.S.5，432，061、U.S.5，371，016、U.S.5，397，709、U.S.5，344，417、U.S.5，374，264、U.S.6，709，857；和U.S.7，211，430。在检测仪器例如BacT/ALERT3D和相似的仪器中，一旦血液培养瓶已经被测试为对于微生物存在是阳性的，那么获得高水平的微生物剂的表征或微生物剂的物种的识别是困难的，这是由于血液组分以及人工制品的用于容纳样品的一次性系统(例如瓶子)的干扰。因此，目前的方法使用瓶子或其他合适的一次性容器以及有关的仪器以用于样品中的微生物的自然生长和检测，如上文描述的。一旦仪器指示出瓶子对于微生物剂的存在是阳性的，那么根据目前的方法，“阳性”瓶子被手动地从仪器取回并且样品的一部分被手动地从瓶子移除并且在琼脂板上培养。在本领域中具有使样品培养基(samplemedium)在培养板上的划线培养(streaking)以及对板的培育实现自动化的仪器。一种这样的仪器在美国专利6，617，146中描述。在划线培养之后，板被手动地放置在培育器中并且被周期地检查微生物的次代培养物的生长。在次代培养物已经充分地生长之后，培养物的样品被从板取得并且放置在试管中。然后试管被引入又另一个仪器中，以通过具有多个单独的槽道(well)的一次性测试样品卡进行识别测试。一次性测试卡是在专利文献中已知的，见例如美国专利4，118，280,3,963，355,4,018，65；4，116，775和4，038，151,5,609，828、5，746，980,5,766，553,5,843，380,5,869，005,5,916，812,5,932，177,5,951，952和66，045，758，它们的全部内容通过引用并入本文。然后测试样品卡在本领域中已知的分析仪器例如本受让人的VITEK2仪器中被处理。VITEK2仪器培育测试样品卡并且使用读数器单元周期地读取测试样品卡的槽道。在卡的其中的一个或多个槽道中的样品的生长产生微生物剂的识别。VITEK2仪器在专利文献中描述，见例如美国专利5，762，873和6，086，824，它们的内容通过引用并入本文。从将样品引入血液收集瓶子中的时刻至培养、微生物存在的检测以及然后微生物的被VITEK2仪器的识别的这一整个过程通�：姆�2-5天。在阳性的瓶子检测之后发生的识别步骤通常独自占用这些天中的1-3天。如果血液样品中的微生物剂的检测和识别以及向临床医师报告结果所耗费的时间可以被从目前的2-5天减少至少于一天，那么对于患者而言的很大的并且潜在地能够挽救生命的临床益处是可能的。到目前为止本领域中尚没有满足这种需要的系统。然而，本发明使对生物样品例如血液样品中的微生物剂的这样的快速的识别和/或表征成为可能。本文提出的用于迅速地识别和/或表征微生物剂的系统可以被有利地与用于检测试样容器中的剂(agent)的存在的自动化检测仪器组合，如在本文公开的实施方案中描述的。在这种组合中，本发明的系统和方法组合了这样一种检测仪器，该检测仪器操作成检测容纳有对于微生物剂存在是阳性的血液或其他样品的容器，以及微生物剂的快速的和自动化的识别。在一个实施方案中，检测仪器可以被耦合于或集成于如本文描述的在检测时进行微生物剂的识别和/或表征所必需的另外的步骤的自动化识别和/或表征仪器。所得到的组合的系统提出用于在检测时进行快速的识别和/或表征的独特的自动化解决方案，提供了完整的系统解决方案。从首先将生物样品加载入检测容器(例如瓶子)中至识别和/或表征的总时间在大多数情况下通常少于24小时。此外，不同于如现有技术中的在瓶子被测试为是阳性的之后另外耗费一至三天以获得微生物剂的识别和/或表征，这样的结果在使用本发明的系统和方法时可以潜在地在少于一个小时内获得。本公开的仪器还提供在白昼或黑夜的任何时间提供快速的和自动化的识别和/或表征结果的能力。本公开的系统和方法具有其他附带的益处和特征，包括以下的潜力(a)减少实验室人员向锋利的和生物公害的材料的暴露；(b)减少实验室劳动力和使用者错误；(C)改进样品追踪、跟踪能力和信息管理；(d)与实验室自动化系统的接口连接；(e)改进工作流程和人体工学；(f)通过递送临床上相关的可行为信息来改进患者护理；以及(g)通过更早地集中于合适的抗微生物治疗和减少住院时间提供更快的结果，由此潜在地减少成本。许多另外的相对于现有技术的优点和益处将在下文在以下的详细描述中被解释。概述大体上，公开了一种用于对样品中的微生物剂进行快速的检测以及识别和/或表征微生物剂的自动化系统。在一种形式中，该系统包括接收容纳样品的试样容器的检测仪器。检测仪器包括被加热的包围物以及检测单元，被加热的包围物用于培育试样容器，检测单元询问试样容器以检测试样容器是否对于样品中的微生物剂的存在是阳性的。系统包括一次性分离装置的供应部。系统还包括自动化识别/表征仪器。该仪器接收被检测仪器检测为是阳性的试样容器。识别/表征仪器包括(a)样品移除设备，其操作成从试样容器移除样品的部分并且将所述部分加入从分离装置的供应部获得的分离装置；(b)分离和浓缩站，其在接收样品的所述部分之后在分离装置上操作，从而将微生物剂从样品中的其他产物分离并且在分离装置内浓缩微生物剂；并且(C)识别和/或表征�？椋溲时慌ㄋ醯奈⑸锛烈允侗鸷�/或表征微生物剂。在另一个方面，本发明可以被视为一种用于对样品中存在的微生物剂进行快速的识别和/或表征的方法，样品被加载入试样容器中，该方法包括以自动化的方式进行以下步骤(a)培育试样容器；(b)周期性地询问试样容器，以确定其是否对于试样容器内的微生物剂的存在是阳性的；(c)当试样容器被确定为是阳性的时，从试样容器抽出样品的一部分；(d)将生物样品的所述部分引入一次性分离装置中；(e)在进行步骤(d)之前或之后，将生物样品的所述部分中的组分溶解；(f)在分离装置内分离和浓缩微生物剂；以及(g)分析被浓缩的微生物剂以识别和/或表征微生物剂。步骤(a)-(g)可以在集成的检测和识别/表征仪器内自动地进行，如本文描述的。在一个实施方案中，分析步骤(g)包括对被浓缩的微生物剂进行光谱分析的步骤。在另一个实施方案中，光谱分析包括(i)固有荧光光谱(intrinsicfluorescencespectroscopy)或(ii)拉曼光谱中的一种。该方法还可以包括步骤(f)(1)从分离装置抽出被浓缩的微生物剂，并且其中步骤(g)在被浓缩的微生物剂从分离装置抽出之后对被浓缩的微生物剂进行。分析步骤(g)可以包括下述中的至少一个(i)对被浓缩的微生物剂进行光谱分析，(ii)对被浓缩的微生物剂进行质谱测定，(iii)对被浓缩的微生物剂进行分子测试和(iv)将被浓缩的微生物剂引入微生物表征测试装置中并且使测试装置经受分析。在一个配置中，步骤(a)和(b)在自动化检测仪器中进行，并且其中步骤(c)、(d)、(e)和(f)在自动化识别和/或表征仪器中进行。在再一个方面，本发明可以被视为公开一种用于对微生物剂进行快速的表征和/或识别的自动化方法，该方法包括以下步骤(a)提供检测子系统和检测设备，检测子系统具有入口位置，该入口位置用于接收容纳有待测试的样品的试样容器，检测设备用于检测何时试样容器对于在试样容器内的样品中的微生物剂的存在已变为是阳性的；(b)当试样容器已变为阳性时，自动地将试样容器运动至远离检测子系统的识别和/或表征子系统；(c)在表征和/或识别子系统内，自动地进行以下步骤(1)从试样容器抽出样品的部分；(2)将样品的被抽出的部分分配入一次性分离装置中；(3)将样品的被抽出的部分内的微生物剂在分离装置内浓缩；以及(4)分析被浓缩的微生物剂以表征和/或识别微生物剂。在又一个方面，已经公开一种用于对微生物剂进行快速的表征和/或识别的自动化方法，该方法包括以下步骤(a)接收容纳有待在检测仪器中测试的样品的试样容器；(b)检测何时试样容器对于样品中的微生物剂的存在已变为是阳性的；(C)当这样的检测已经发生时，自动地从试样容器移除样品的部分并且将样品的所述部分放置入一次性分离装置中；(d)在一次性分离装置中分离和浓缩微生物剂，以及(e)分析被浓缩的微生物剂以识别和/或表征微生物剂。在又一个方面，已经公开一种样品测试系统，该系统组合地包括检测子系统和检8测设备，检测子系统具有入口位置，该入口位置用于接收容纳有待测试的样品的试样容器，检测设备用于检测何时试样容器对于样品中的微生物剂的存在已变为是阳性的；识别和/或表征子系统，其接收阳性试样容器并且具有用于自动地表征和/或识别阳性试样容器中的微生物剂的�？椋灰约坝糜谧远莸纳璞福渥远亟粜约觳馊萜鞔蛹觳庾酉低炒葜潦侗鸷�/或表征子系统。用于自动传递的设备可以采取传送器系统的形式，如在下文的多个实施方案中描述的。自动传递还可以采取机器人臂组件的形式。在又一个实施方案中，传送器系统包括第一传送器和第二传送器，并且其中该系统包括通过第一传送器而串级链接(daisychain)和耦合于彼此的两个检测子系统，并且其中检测子系统中的一个通过第二传送器而耦合于识别和/或表征子系统，并且其中在两个检测子系统的任一个中被检测为阳性的试样借助于第二传送器而被运动至识别和/或表征子系统。在本文描述的某些实施方案中，自动化识别和/或表征仪器中的识别�？樵诒慌ㄋ醯奈⑸锛帘蝗菽稍诜掷胱爸媚谑毖时慌ㄋ醯奈⑸锛粒⑶椅朔掷胱爸每梢杂珊鲜实牟牧现瞥刹⑶沂枪庋贤该鞯囊岳诠庋а�。例如，识别模块可以包括以下特征于2009年10月30日提交的名称为“Methodsfortheisolationandidentificationofmicroorganisms(用于微生物的分离和识别的方法)，，的美国序列号12/589，929；于2009年10月30日提交的名称为“Separationdeviceforuseintheseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganisms(用于■L白勺#畠、识别和/或表征的分离装置)”的美国序列号12/589，969；于2009年10月30日提交的名禾尔为“Methodforseparation,identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingspectroscopy(用于微生物的使用光谱学的分离、识别和/或表征的方法)”的美国序列号12/589,952；于2009年10月30日提交的名称为“Methodforseparation，identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingmassspectrometry(用于微生物的使用质谱测定的分离、识别和/或表征的方法)，，的美国序列号12/589，936；于2009年10月30日提交的名称为“Methodforseparationandcharacterizationofmicroorganismsusingidentifieragents(用于-LliH]使用识别物剂的分离和表征的方法)，，的美国序列号12/589，985；于2009年10月30日交的名称为"Methodfordetection,identificationand/orcharacterizationofmicroorgmismsinasealedcontainer(用于密封容器中的微生物的检测、识别和/或表征的方法)”的美国序列号12/589，968；以及于2009年10月30日提交的名称为“Methodforseparation，identificationand/orcharacterizationofmicroorganismsusingramanspectroscopy(用于微生物的使用拉曼光谱的分离、识别和/或表征的方法)，，的美国序列号12/589，976，其全部内容通过引用并入本文。设想多种用于在识别仪器中使用的光学技术，包括例如光谱测定，例如测量来自被浓缩的微生物剂的固有荧光的荧光光谱、漫反射光谱、拉曼光谱、或其他能够基于微生物的化学的或物理的组成来表征和/或识别微生物的光学技术。在其他实施方案中，识别仪器可以包括另外的仪器，该仪器从分离装置移除被浓缩的微生物剂的全部或一部分并且例如通过质谱仪或通过另一种一次性的测试装置(例如测试条或测试卡)而直接地分析被浓缩的微生物剂。在样品的溶解被期望为伴随着微生物剂在分离装置中的分离和浓缩这种情况下的应用中，具体的选择性的溶解缓冲剂(lysisbuffer)(“溶解剂”)可能对于所有预期的在样品中存在的生物不是最优的。在阳性的样品由于非最优的溶解过程而不产生识别或表征结果的这种情况下，系统可以被配置为自动地使用可选择的溶解缓冲剂制剂再处理样品。关于在相关联的检测仪器中被测量的生长速率的信息可以被用于选择对于再处理来说最优的溶解缓冲剂制剂。当再处理时，预期的是，真阳性将产生结果。否则，样品通过检测子系统而被认为是假阳性的。因此，在该仪器的一个配置中，不同的溶解缓冲剂的多个容器包括在该仪器中，并且所选择的溶解缓冲剂被获得，例如被加载入用于从试样容器抽出样品的取样装置中。对于本领域中已知的检测技术(例如在BacT/ALERT仪器中)，假阳性以非常低的比率发生。然而，直到培养样品在培育条件下已经被测试五天，样品的最终的阴性确定才能够被作出。因此，在一个可能的实施方案中，识别/表征仪器可以通过自动地将试样容器返回至测试的培育/搅拌/检测模式而继续测试假的“阳性”培养样品。根据本实施方案，继续的测试在被容纳在识别/表征仪器中的培育机架内发生。可选择的实施方案是将试样容器返回至相关联的检测仪器。因此，自动地再引发试样容器的培育是本公开的另外的可选择的方面。可以利用操作者干预来再引发培育，但是将需要对机构的操作识别仪器的部分的警戒。本公开的这些和很多更多的方面和特征将在下文结合所附的附图被讨论。附图简述以下的详细描述参照所附的附图。意图的是，本文公开的实施方案和附图被认为是例证性的并且以示例而不是限制性的方式被提供。图1是用于对测试样品中的微生物剂的快速的非侵入的检测的自动化系统的透视图。如所示的，该系统包括自动化加载机构。图2是图1的检测系统的透视图，示出了自动化加载机构的近视图。图3是图1的检测系统的透视图，其示出了自动化加载机构以及下抽屉，该下抽屉打开以显露出用于被测试为对于微生物剂的存在是阴性的容器的废物容器。图4是被在图1-3的检测系统中处理的试样容器中的一个试样容器的侧视图。虽然检测容器可以采取多种形式，但是在一个实施方案中其被配置为是血液培养瓶。图5A是图1的检测系统的一个配置的侧视正视图，其中上门和下门打开，示出了用于保持图4中示出的类型的多个容器的内部室和机架。图5B是图5A中示出的检测系统的透视图，其中上门和下门打开，示出了用于保持图4中示出的类型的多个容器的内部室和机架。图6是图5A和5B中示出的传递机构的透视图，示出了水平的和竖直的支撑轨道。还示出了第一旋转机构和第二旋转机构，它们可操作成将传递机构围绕一个或多个轴线旋转。图7A是图5A和5B中示出的机器人头部和竖直的支撑轨道的透视图。如图7A中所示的，机器人头部被定位为处于竖直的取向，使得被保持在机器人头部内的试样容器也处于竖直的取向。图7B是图5A和5B中示出的机器人头部和竖直的支撑轨道的另一个透视图。如图7B中所示的，机器人头部被定位为处于水平的取向，使得被保持在机器人头部内的容器也处于水平的取向。图8A-C示出了试样容器的向图5A和5B中示出的机器人头部的保持室中的随时间消逝的加载。如图8A中所示的，夹紧机构夹紧容器的顶部或帽。图8B示出了在加载过程中在中间位置中的容器。图8B示出了在被加载入机器人头部中之后的容器。图9A和9B分别是图1-3和5A-5B的检测系统的可选择的配置的透视图和侧视图，其中上门和下门打开，示出了容器保持结构的可选择的配置。在图9A和9B的实施方案中，机架以滚筒或圆柱类型的配置来布置。图10是自动化加载机构的另一个配置的透视图，示出了在水平平面中可操作的第一传送带以及在竖直平面中可操作的第二传送带。图11是自动化加载机构的又另一个配置的透视图，示出了在水平平面中可操作的第一传送带以及在竖直平面中可操作并且具有多个桨状物的第二传送带。图12是设置有自动化加载机构的罩体和覆盖物的透视图。图13是被示出为与检测系统隔离开的自动化加载机构的一个实施方案的透视图。根据本实施方案，自动化加载机构包括加载站或区域、运输机构和入口位置，用于试样容器的全自动化的加载。加载区域的一侧的一部分已经被移除以示出了本实施方案的自动化加载机构的另外的细节。图14是图14中示出的自动化加载机构的另一个透视图。容器加载区域被示出为具有可看透内部的特征以用于显露自动化加载机构的其他特征，如本文描述的。图15是图14中的滚筒状加载机构、竖直滑槽、定位装置和系统传递装置的近视透视图。滚筒状加载机构、竖直滑槽、定位装置和系统传递装置被示出为与检测系统隔离开。图16是图14-15中示出的自动化加载机构的横截面图。更具体地，图16是滚筒状加载机构和竖直滑槽的横截面图，示出了下落穿过滑槽的试样容器。如图16中所示的，在试样容器的底部下落穿过滑槽时，试样容器的顶部或帽被锥形的横档简单地保持就位，由此使试样容器直立。图17是包括图14中示出的自动化加载机构的自动化检测设备的透视图。自动化加载机构的容器加载区域被示出为处于用于微生物剂的快速的非侵入的检测的自动化系统的前部的使用者可到达位置中。自动化检测系统和容器加载区域被示出为使侧面板被移除和/或具有可看透内部的特征以显露其他特征，如本文描述的。图18是包括可选择的加载机构的自动化检测设备的透视图。自动化加载机构的容器加载区域被示出为处于用于微生物剂的快速的非侵入的检测的自动化系统的前部的使用者可到达位置中。自动化检测系统和容器加载区域被示出为使侧面板被移除和/或具有可看透内部的特征以显露其他特征，如本文描述的。图19是图17中示出的用于微生物剂的快速的非侵入的检测的自动化系统的下部分的侧视图。自动化检测系统被示出为使侧面板被移除以显露系统的其他特征，如本文描述的。图20是图17-19中示出的保持结构和自动化传递机构的透视图。如所示的，在本实施方案中，自动化传递机构包括下水平支撑物、竖直支撑物、枢轴板和机器人头部，用于传递检测设备内的试样容器。为了清楚，保持结构和自动化传递机构被示出为与检测设备隔罔幵。图21A-B是图20中示出的自动化传递机构的枢轴板和机器人头部的透视图。机器人头部被示出为具有夹紧机构和试样容器的横截面图，以显露夹紧机构的特征。如图21A中所示的，机器人头位置于枢轴板的第一端处并且处于水平的取向，使得试样容器也被定向成处于水平的取向。在图21B中，机器人头部被示出为位于枢轴板的第二端处并且处于竖直的取向，使得试样容器也被定向成处于竖直的取向。图22是自动化检测设备的可选择的配置的透视图，示出了用户界面、状态屏幕、定位器装置覆盖物和两个阳性容器端口。图23是示出了检测设备的另一个设计配置的透视图。如图23中所示的，检测系统包括第一检测设备和第二检测仪器。图24是自动化检测系统的又另一个实施方案的透视图。如所示的，自动化检测系统包括具有自动化加载机构的第一检测设备以及被联接或“串级链接”于第一检测设备的第二或下游检测设备，如本文描述的。图25A-C示出了随时间的消逝用于将试样容器从第一检测设备推动至第二或下游检测设备的推动器臂机构。图26示出了被示出为与检测系统隔离开的保持结构和搅拌组件的透视图。图27A是机架保持结构以及用于将试样容器牢固地保持在机架保持结构内的保持特征的透视图。图27B示出了图27A中示出的机架保持结构和保持特征的横截面图。图27C是图27A的机架保持结构和保持特征的俯视横截面图，示出了倾斜的螺旋弹簧的示意性的图示。图28A-B示出了用于将多个试样容器携带至检测设备的承载器的第一和第二透视图。如所示的，承载器包括多个用于保持多个试样容器的保持槽道。图28A还示出了两个相对的夹紧特征或把手，以及用于在加载站处释放多个试样容器的分离机构，如本文描述的。图29示出了检测系统的另一个可能的配置的透视图。如图29中所示的，检测系统包括用于从图28A-B中示出的承载器释放一个或多个试样容器的释放机构。图30是示出了在检测系统的操作中进行的步骤的流程图。图31是用于对在样品中存在的微生物剂的快速的识别和/或表征的自动化仪器的框图。图32是在图31中示出的仪器的一个可能的配置的透视图。仪器包括用于保持试样容器的机架、一次性物品(包括取样装置和分离装置)的暗盒、机器人传递机构、样品移除设备、离心机形式的分离和浓缩装置、以及识别和/或表征�？�(读取站)，识别和/或表征�？�(读取站)操作成询问容纳被浓缩的微生物剂的分离装置以进行微生物剂的识别和/或表征。在一个可能的实施方案中，图32的仪器可以与自动化检测仪器(见下文的图58,77-78)集成，在这种情况下，用于试样容器的机架是在检测操作期间保持试样容器的同一个结构。可选择地，识别和/或表征仪器位于自动化检测仪器的远方但是被耦合于自动化检测仪器，如图77中所示的以及在我们的在先临时申请一中并且结合图1-30所描述的。图33是图32的识别和/或表征仪器的俯视平面图，示出了阳性试样容器的机架12在一个用于培育的位置中。图34是图32的仪器的俯视平面图，示出了用于阳性试样容器的机架被运动至用于将样品从瓶子抽出的位置以进行识别和/或表征测试。图35是图32-34的实施方案的另一个透视图。图36是被与图31的识别/表征仪器共同地使用的分离装置的透视图。分离装置从阳性试样容器接收样品的一部分。微生物剂在以本文描述的方式位于分离装置中的毛细管的底部处浓缩。然后被浓缩的微生物剂被识别和/或表征读取�？檠室员碚骱�/或识别微生物剂。图37是图36的分离装置的透视图。图38是图36和37的分离装置的横截面图。图39是被装配至图36-38的分离装置的下端的端帽的横截面图。图40是图36的分离装置的横截面图，示出了在离心之后的在分离装置的毛细管中的被浓缩的微生物剂。图41是图36的分离装置中的被浓缩的微生物剂正在被识别/表征或读取�？檠实氖疽庑缘耐际�。图42是图36的分离装置的可选择的实施方案的透视图。图43是图42的分离装置的横截面。图44是在识别和/或表征仪器内使用的一次性取样装置的一个实施方案的图示。图45是示出了识别和/或表征仪器中的样品移除设备的从一次性装置的暗盒拾取图44的取样装置中的一个的操作的详细透视图。暗盒包括许多图46或42的分离装置以及许多图44的取样装置。图46是详细透视图，示出了样品移除设备的对检测容器的顶部处的阻挡器杀菌以及使检测容器通风的操作。图47是在图46中示出的位置中的样品移除设备的更详细的图示。图48是示出了样品移除设备的将检测容器内的样品的一部分抽出而送入图44的一次性取样装置中的一个中的操作的详细透视图。图49是在图48的位置中的样品移除设备的更详细的图示。图50A-50C是样品移除设备的三个透视图，示出了将样品分配入分离装置中的一个中并且将取样装置传递至废物容器的操作。图51是样品移除设备的一序列的透视图，示出了将分离装置传递至分离和浓缩站并且在识别和/或表征模块中对分离装置进行光学询问的操作。图52是分离和浓缩站以及识别和/或表征�？榈母晗傅耐际尽Ｍ�53是识别和/或表征仪器的一序列的三个透视图，示出了拾取分离装置、将分离装置传递至废物容器并且将分离装置放置在废物容器中的操作。图54是将分离装置放置入废物容器中的操作的更详细的图示。图55是识别和/或表征仪器的可选择的配置的框图，其中被浓缩的微生物剂被从分离装置移除并且在移除之后被分析。分析可以被许多不同类型的系统或单元中的任何一个进行，系统或单元包括分子诊断测试单元、质谱测定单元、或微生物识别测试装置以及相关联的处理仪器。13图56A-56C是示出了在自动地检测微生物剂在试样容器中的存在(图56A)和自动地识别和/或表征微生物剂(图56B和56C)的操作中进行的步骤的流程图。图57是用于样品中的微生物剂的快速的和自动化的识别和/或表征的仪器的第二实施方案的透视图。图58是图57的仪器的透视图，示出了用于保持试样容器的机架的一个可能的配置。在图58的实施方案中、机架包括用于试样容器的培育的特征、用于试样容器的搅拌的特征以及用于试样容器内的微生物生长的自动化检测的特征。因此，图58示出了其中自动化检测和识别仪器可以被组合为单一的仪器的一个实施方案。图59是图57和58的实施方案的另一个透视图。多轴机器人(multipleaxisrobot)用于接近试样容器并且使用一次性取样装置进行取样操作。图60是容纳一次性取样装置和一次性分离装置的暗盒的透视图，暗盒可以在图32-35或57-59的仪器中使用。图61是图59的实施方案中所使用的多轴机器人的透视图。图62是一次性取样装置的可选择的实施方案的透视图，示出了在图44中示出的大体上的设计的变化。图63是图62的取样装置的横截面图。图64是被示出为夹紧图62的取样装置的图61的机器人的臂的远端的详细的透视图。图65是被示出为夹紧图62的取样装置的图61的机器人的臂的远端的另一个详细的透视图。图66是在图61的机器人上的泵组件的透视图，泵组件操作成向取样装置提供真空和正压，以(a)从试样容器中的一个抽出样品的小部分以及(b)将样品分配入图36和60的一次性分离装置中的一个中(可选择地在使样品溶解之后)。图67是使用图62的取样装置进行对试样容器中的一个的取样操作的图61的机器人的透视图。图68是在图67中示出的取样操作的更详细的视图。图69是图62的取样装置的透视图，该取样装置被放置入图56和57中示出的旋涡器(vortexer)中以利于在从试样容器中的一个抽出的样品中的细胞组分的溶解。图69A是旋涡器的透视图，该旋涡器具有可选择的围绕取样装置的保持器的盘管加热器以加热保持器并且将取样装置内的样品保持在37摄氏度。图70是在涡流操作期间正在被机器人手保持的图62的取样装置的透视图。图7IA和71B是旋涡器和取样装置的侧视图和横截面图。图72A和72B是用于被结合入旋涡器中的取样装置的保持器的横截面图和透视图。图73A、73B和73C分别是在样品从取样装置被引入分离装置中之前取样装置和分离装置的横截面图、侧视图和透视图。图73D是取样和分离装置的另一个透视图，其中取样装置的橡胶针护套显示为被部分地除去，以示出取样装置的针。图74是处在适当位置中用于将样品的一部分注射入分离装置中的取样装置的透视图。图75是在图74中示出的注射操作的侧视图。图76是取样装置和分离装置的示出了注射操作的横截图。图76A是图57的杯和杯保持器的详细视图，示出了杯接收分离装置中的一个；图76B示出了被插入图76A的杯中的分离装置；图76C是图76A的杯保持器、杯和分离装置的横截面。图77是通过传送器而耦合于自动化识别和/或表征仪器的用于检测生物样品中的微生物剂的检测仪器的示意性的图示。图78是以自动化的方式例如通过传送器接收试样容器的组合的自动化检测和识别仪器的示意性的图示。图79是由使用者例如通过打开在仪器的前面板中的门来手动地接收试样容器的组合的自动化检测和识别仪器的示意性的图示。图79的实施方案可以例如采用在图57中示出的排列被实施。图80是示出了控制图57-86的仪器的操作的计算机系统的示意性的框图。图81A-C是示出了一序列的处理指令的流程图，其使用固有荧光测量来进行对被浓缩的微生物剂的识别和/或表征。图82-57是固有荧光(IF)测量及其变换的曲线图，其图示了图51A的预处理指令在最小化生物组内的菌株与菌株间的差异(strain-to-strainvariation)的方面的益处。图88和89是对数变换的IF测量的一阶导数的曲线图，示出了在315nm和415nm的激发波长的物种的子集之间的识别潜在性。图90是可以被与图1的识别/表征仪器共同地使用的分离装置的第二实施方案的透视图。本实施方案的分离装置具有分离的溶解室和分离的分离室，二者被流体流动通道连接。图91是图90的分离装置实施方案的透视图，示出了被从分离装置分离的顶板和基部板图92是在图90中示出的分离装置实施方案的主体部分的俯视图。图93是沿着图92中示出的分离装置实施方案的线A-A的横截面图。图94是沿着图92中示出的分离装置实施方案的线B-B的横截面图。图95是可以被与图31的识别/表征仪器共同地使用的组合的取样和分离装置的透视图。图96是具有被示出为在打开位置中的夹管阀(pinchvalve)的在图65中示出的组合的取样和分离装置的前视图。图97是具有被示出为在打开位置中的夹管阀的在图96中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图98是具有被示出为在关闭位置中的夹管阀的在图95中示出的组合的取样和分离装置的前视图。图99是具有被示出为在关闭位置中的夹管阀的在图97中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图100是组合的取样和分离装置的第二实施方案的透视图。图101是图100中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图102是图101中示出的阀的横截面图。图103是可以被与图31的识别和/或表征仪器共同地使用的组合的取样和分离装置的第三实施方案的侧视图。图104是图103中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图105是图103中示出的组合的取样和分离装置的分解图。图106是可以被与图31的识别/表征仪器共同地使用的组合的取样和分离装置的第三实施方案的透视图。图107A是图106中示出的组合的取样和分离装置的侧视图。图107B是图107A中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图108A是图106中示出的组合的取样和分离装置的侧视图。图108B是图108A中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。详细描述如在概述部分中提到的，本文件描述了用于对存在于试样容器内的微生物剂检测的自动化系统以及用于对存在于试样容器内的微生物剂检测的仪器和方法，以及用于对微生物剂自动识别和/或表征的仪器和方法。用于对微生物剂的存在进行检测的仪器和方法将在部分1中提出(图1-30)。用于对微生物剂进行识别和/或表征的仪器和方法将在部分2中描述(图31-108)。用于将两个仪器集成为分离的仪器或集成为一个组合的仪器的特征将在本文件中的多个位置处被描述。这些特征可以包括自动化加载和卸载特征、传送器特征以及在试样容器——包括但不限于以瓶子或类似物的形式的试样容器——上操作的机器人操纵特征。部分1用于对用于微生物剂生长的试样容器进行检测的自动化仪器(图1-30)本文描述了用于对被容纳在样品容器例如培养瓶内的测试样品中的微生物剂(例如微生物)的存在进行非侵入的检测的自动化系统或仪器。自动化系统或仪器的一个实施方案在本文中结合图1-8C描述。其他可能的实施方案和设计替代形式结合图9A-30被示出，并且在本文中被描述。自动化系统可以包括以下特征中的一个或多个(1)壳体，其包围内部室；(2)自动化加载机构，其用于将一个或多个容器加载入系统的内部室中；(3)自动化容器管理机构或定位器装置，其用于将容器在系统内的多个工作流程站之间运动或定位；(4)自动化传递机构，其用于容器在系统内的传递；(5)一个或多个容器保持结构，其用于保持多个试样容器，其可选择地设置有搅拌组件；(6)检测单元，其用于微生物生长的检测；和/或(7)用于将试样容器从系统自动化卸载的机构。为了更好地意识到检测系统的被图示的实施方案如何操作，本说明书可以在具体的检测仪器(血液培养仪器)和试样容器(血液培养瓶)的内容中描述自动化检测设备。然而，本领域技术人员将容易地意识至IJ，检测设备可以以其他实施方案实施，根据本文公开的具体的实施方案的变化可以被进行以适合具体的实施，并且因此用于实施本发明的优选的实施方案和最好的模式的本发明的描述以例证而不以限制的方式被提供。系统综述本文描述了自动化检测系统100(例如，如图1-3和5A-5B中图示的)，自动化检测系统100提供用于对可以在测试样品或试样样品中存在的微生物剂(例如微生物)进行自动化检测的新的构造和方法。大体上，可以使用任何已知的测试样品(例如生物样品)。例如，测试样品可以是被怀疑含有一种或多种微生物剂的临床的或非临床的样品。例如体液的临床样品包括但不限于血液、血清、血浆、血液成份、关节液、尿、精液、唾液、粪便、脑脊液、胃内容物、阴道分泌物、组织均质物、骨髓抽取液、骨均质物、痰、抽吸物、拭子和拭子擦洗物、其他体液、和类似物。可以被测试的非临床的样品包括但不限于食品、饮料、药物、化妆品、水(例如饮用水、非饮用水和废水)、海水压载物、空气、土壤、污水、植物材料(例如种子、叶、茎、根、花、果实)、血液制品(例如血小板、血清、血浆、白细胞部分等等)、捐献器官或组织样品、生物战样品、和类似物。在一个实施方案中，被测试的生物样品是血液样品。现在参照图1-30，多个配置对于检测系统100是可能的。如所示的，例如，在图1-3和5A-5B中，自动化检测系统100包括壳体102以及一个或多个自动化机构，自动化机构用于使试样容器500在检测系统100内或从检测系统100加载(见例如200，图1)、运动或定位(未示出)、传递(见例如650，图5A-5B)、搅拌(未示出)和/或卸载。壳体102包括前面板和后面板104A和104B、相对的侧面板(例如左侧面板和右侧面板)106A和106B、顶部面板或顶壁面板108A以及底部面板或地板面板108B，它们形成包围物，包围检测系统100的内部室620(见例如图5A-5B)。在一个实施方案中，检测系统100的内部室620是用于促进或增强微生物生长的气候受控室(例如其中温度被保持在约37°C的温度受控制的培育室)。如图1-3中所示的，壳体还可以包括第一端口或容器入口位置110、第二端口或读错/错误位置120、第三端口或阳性容器离开位置130、下进入面板140(图1)或抽屉142(图3)、和/或用户界面显示器150。如本领域中已知的，下进入面板140或抽屉142可以包括把手144。还如图1中所示的，壳体102还可以包括上节段160和下节段170，可选择地每个节段包括可操作门(即上门和下门)162和172(见例如图5B)。上门162和下门172可操作成允许进入到检测系统100的内部室620。然而，如本领域技术人员将意识到的，其他设计配置是可能的。例如，在另一个可能的实施方案中，整个前面板可以包括单一的可操作的门(未示出)。在一个设计可能性中，如例如图1-3中所示的，下节段170可以具有比上节段160大的轮廓或占位面积(footprint)。根据本实施方案，较大的下节段170的壳体形成搁板180，搁板180在下节段170的顶部表面上并且毗邻于上节段160或在上节段160的前方。该搁板180可以提供使用者工作站和/或通向检测系统100的工作流程进入位置。此外，搁板180可以包括自动化加载工具或机构200。搁板180还可以提供用于第一端口或容器入口位置110、第二端口或读错/错误位置120以及第三端口或阳性容器离开位置130的到达位置。在一个实施方案中，如例如图1-3和5A-5B中所示的，检测系统100可以包括自动化加载机构200，用于试样容器500向检测系统100中的自动化加载。自动化加载机构200可以包括容器加载站或区域202、运输机构204和第一端口或容器入口位置110。在操作中，使用者或技术人员可以将一个或多个试样容器500(见例如图4)放置在容器加载站或区域202处。运输机构204，例如传送带206，将把试样容器运输至第一端口或容器入口位置110，并且然后经过入口位置110并且进入检测系统100，由此将容器加载入系统中。自动化加载机构200在本文中更详细地描述。如本领域技术人员将意识到的，其他设计可以被采用以用于自动化加载机构并且在本文中的其它地方被描述。例如，可选择的自动化加载机构在图10-16中示出。在一个17实施方案中，如图13-16中所示的，并且如本文更详细地描述的，检测系统100可以采用容器加载区域或储存器302以及滚筒状加载装置308，滚筒状加载装置308用于试样容器的向检测系统100中的自动化加载。在另一个实施方案中，如例如图14-15和18中所示的，自动化检测系统100可以具有一个或多个工作流程站404，一个或多个工作流程站404用于获得试样容器的一个或多个测量、读数、扫描和/或成像，由此提供信息，例如容器类型、容器批号、容器有效期、患者信息、样品类型、测试类型、填充水平、重量测量等等。此外，一个或多个工作流程站404可以包括一个或多个容器管理站，例如容器拾取站或容器传递站。例如，自动化检测系统可以具有以下工作流程站中的一个或多个(1)条形码读取站；(2)容器扫描站；(3)容器成像站；(4)容器称重站；(5)容器拾取站；和/或(6)容器传递站。根据本实施方案，检测系统100还可以具有容器管理工具或容器定位器装置400，如例如图13-15、18和24中所示的。在操作中，容器管理装置或定位器装置400操作成将试样容器500运动或以其他方式定位至一个或多个工作流程站404。在一个设计配置中，工作流程站中的一个或多个被包括在检测系统100的壳体102内。在一个实施方案中，如在图14-15中最好地示出的，自动化加载机构300的滚筒或滚筒状加载装置308和竖直地取向的滑槽332可以操作成将试样容器存放或放置入定位器槽道402中，如本文其它地方描述的。在另一个实施方案中，如在图18和24中最好地示出的，自动化加载机构200的运输机构204或传送带206可以操作成将试样容器存放或放置入定位器槽道402中，如本文其它地方描述的。如本领域中已知的，检测系统100还可以包括一个或多个用于将试样容器导向进入定位器槽道402中的导轨(未示出)。根据这两个实施方案，然后容器管理装置或定位装置400可以旋转成将试样容器在系统内的多个工作流程站404之间运动或定位，多个工作流程站404例如条形码读取站、容器扫描站、容器成像站、容器称重站、容器拾取站和/或容器传递站。容器管理装置或定位器装置400在本文中更详细地描述。如例如图5A-8C中所示的，检测系统100还可以包括自动化传递工具或机构650，自动化传递工具或机构650用于在检测系统100的壳体102内传递试样容器500。例如，传递机构650可以将试样容器500从入口位置或端口110(见例如图1-3)传递入检测系统100的内部室620中，并且将容器500放置入接收结构或槽道602中的一个中，接收结构或槽道602被包含在多个保持结构或机架600中的一个中。在另一个实施方案中，传递机构650还可以被用于重新布置、传递或以其他方式管理系统内的试样容器500。例如，在一个实施方案中，传递机构650可以用于使被检测为对于微生物生长是阳性的试样容器500(在本文中被称为“阳性”容器)从保持结构或机架600传递至阳性容器位置，例如阳性容器离开位置或端口130(见例如图1)，在阳性容器离开位置或口130处，使用者或技术人员可以容易地从检测系统100移除阳性容器500。在另一个实施方案中，传递机构650可以用于将在指定的时间已经过去之后被确定为对于微生物生长是阴性的容器500(在本文中被称为“阴性”容器)从保持结构或机架600传递至系统内的阴性容器位置(例如阴性容器废物箱146(见例如图1))，在阴性容器位置处，使用者或技术人员可以容易地接近废物箱146以进行容器500的移除和处理。如本领域技术人员将意识到的，其他设计可以被采用以用于自动化传递机构并且在本文中的其它地方被描述。例如，另一种设计配置在本文中结合图17-21B被描述。18检测系统100将还包括用于检测试样容器500中的生长的工具(例如检测单元)(见例如图27)。通常，可以使用任何本领域中已知的用于检测容器中的微生物生长的工具。例如，如本领域中熟知的，每个保持站或机架600可以具有线性扫描光学系统，线性扫描光学系统具有非侵入地监测每个试样容器500中微生物生长的能力。在一个实施方案中，光学系统可以询问容器500中的传感器(例如液体乳液传感器(LES)传感器)514(见例如图4)，由此检测容器内的微生物生长。检测系统100还可以包括用于卸载“阳性”和/或“阴性”试样容器500的自动化卸载机构。该自动化卸载机构可以操作成确保一旦“阳性”或“阴性”读数已经对于每个试样容器500被作出，容器500便被从容器接收结构或槽道602移除(见例如图5A和5B)，留出用于另一个待被加载入检测系统100中的容器的空间，由此增加系统处理能力。试样容器试样容器500，例如在图4和27B和其他附图中示出的，以标准的培养瓶(例如血液培养瓶)的形式而示出。然而，培养瓶(例如血液培养瓶)的描述以示例而不作为限制的方式被提供。如图4中所示的，试样容器500包括顶部部分502、主体504和基部506。容器500可以包括用于在检测系统或离线设备内对容器500进行自动化读取的条件码标签508。如图4和27B中所示的，容器500的顶部部分502典型地包括窄部分或颈部510，开口516延伸穿过窄部分或颈部510以提供与容器的内部室518的连通。如图27B中所示的，容器还包括封闭器装置512(例如阻挡器)，封闭器装置512可选择地具有可刺穿的隔膜，并且容器还可以具有传感器514(例如LES传感器)，传感器514被形成或设置在容器500的底部中以用于对容器500中的微生物生长的存在进行比色检测的目的。容器500的配置不是特别重要的，并且本发明的系统和方法可以适应于被设计为用于培养测试样品(例如生物测试样品)的多种容器。图4和27B中示出的类型的容器500是本领域中熟知的并且在本文件的背景部分中所引用的专利文献中被描述。在一个实施方案中，试样容器500接种有测试样品(例如临床的或非临床的生物样品)，并且被加载入检测系统100中/从检测系统100卸载出来。容器500还可以包括用于促进和/或增强微生物或微生物生长的生长介质或培养基(growthorculturemedium)(未示出)。使用生长介质或培养基进行微生物培养是熟知的。合适的生长介质或培养基提供对于微生物生长合适的营养的和环境的条件，并且应当含有待被在试样容器500中培养的微生物所需要的所有营养。在足以允许微生物的自然放大的时间间隔(该时间间隔在物种之间不同)之后，容器500在检测系统100内被测试微生物或微生物生长的存在。测试可以连续地或周期性地进行，使得容器可以尽可能快地被确定为是对于微生物生长阳性的。在一个实施方案中，一旦容器500在检测系统100中被检测为是阳性的，那么系统将通过指示物190(例如视觉提示)、和/或通过在用户界面显示器150的通知、或通过其他工具来通知操作者。自动化加载工具或机构检测系统100可以包括用于试样容器500的向检测系统100中的自动化加载的工具或机构。在一个实施方案中，如例如图1-3和5A-5B中所示的，自动化加载机构200可以包括容器加载站或区域202、运输机构204和入口位置或端口110。然而，如本领域技术人员将意识到的，自动化加载机构可以采取许多不同的配置。例如，自动化加载机构300的另一种设计配置在本文中结合图13-16被描述。本文描述的各种设计配置以例证而非限制的方式。本文示出的自动化加载机构(例如图1-3、5A-5B和13-16)被示意性地示出并且各部分不是成比例的。使用者或技术人员可以使用任何已知的工具将一个或多个试样容器500运输至检测系统100并且将容器500放置在容器加载站或区域202处。例如，在一个实施方案中，使用者或技术人员可以使用被设计为将多个试样容器运输至检测系统100的加载站或区域202的承载器。一个可能的承载器设计在图28A和^B中示出。如图28A和^B中所示的，承载器350包括主体351，主体351具有分别的顶部表面352A和底部表面352B、分别的前部表面354A和背部表面354B、分别的相对的侧表面356A和356B(例如右侧表面和左侧表面)、以及被附接于所述相对的侧表面356A、356B的一对相对的使用者把手358A和358B。主体还包括多个通孔360，通孔360每个被配置为将单一的试样容器500保持在其中。主体351还可以包括滑动板362，滑动板362在滑动接合部364内可操作成在“关闭”位置(以束缚住被加载在承载器350内的试样容器500)和“打开”位置(以将试样容器500从承载器350释放)之间往复滑动(见例如图28k中的箭头366)，并且将它们存放至自动化加载机构上或中。滑动接合部364还可以包括弹簧或类似工具，弹簧或类似工具用于在由使用者运输至检测系统的期间将滑动板362锁定在“关闭”位置中。如图中所示的，承载器350还可以包括一对对准臂368A和368B以及释放翼片370，其可与释放机构372—起操作以将试样容器500在检测系统100的自动化加载机构200处释放。释放机构372包括释放杆376和相应于一对对准臂368A和368B的一对槽374，一对槽374用于确保承载器350在加载站或区域202处被合适地对准，从而存放试样容器300。在操作中，技术人员将容纳一个或多个试样容器500的承载器350运输至自动化加载机构200并且使承载器350压紧释放杆376，使对准臂368A和368B与释放机构372的相应的槽374对准。通过使承载器350压紧释放杆376，释放翼片370被推动或下压，由此将滑动板362运动至“打开”位置并且允许试样容器500从通孔360下落出来并且下落至加载站或区域202上。技术人员可以然后将承载器350向上提升，直到承载器主体351和多个通孔360清除试样容器500，由此将容器存放在自动化加载机构200处以自动加载入检测系统100中。如本领域技术人员将意识到的，其他设计配置是可能的。如图1-3中所示的，加载站或区域202通常是自动化加载机构200的可容易地到达的位置或区域，在该位置或区域，使用者或技术人员可以放置一个或多个试样容器500以加载入检测系统100中。一旦位于加载站202处，容器500便将通过使用运输机构204而从加载站或区域202运输至入口位置或端口110，并且然后被运输经过入口位置或端口110并且进入检测系统100中。因此，使用者或技术人员可以简单地将一个或多个试样容器500放置在加载站或区域202处而离开，同时容器500被自动地加载入检测系统100中。一旦试样容器500已经被运输入系统中，它们便可以通过使用容器管理装置或定位器装置而被运动至一个或多个工作流程站，和/或被传递至保持结构或机架，如本文其它地方描述的。在一个实施方案中，如图1-3、5A和5B中所示的，运输机构204是传送带206，传送带206可操作成将容器500运输(例如传送)至入口位置或端口110并且然后运输经过入口位置或端口110并且进入检测系统100中。然而，用于将试样容器500从加载站或区域202运输至入口位置或端口110的其他工具或机构被设想，并且可以包括但不限于进料螺杆、具有凹槽或模塑板的定时带、和类似物。在其他实施方案中，试样容器500的向检测系统100中的自动化加载的过程还可以包括使用传递机构650将容器传递至保持结构或机架，或使用容器定位器装置(见例如图M，400A)将容器运动至一个或多个工作流程站，如下文描述的。如图1-3、5A和5B中所示的，加载站或区域202和运输机构204包括传送带206。根据本实施方案，使用者或技术人员可以将一个或多个试样容器500放置在传送带206的特定的位置或区域(即加载站或区域202)处，以进行容器500的向检测系统100中的自动化加载。传送带206可以连续地运行，或可以被加载站或区域202处的容器500的物理存在激活。例如，系统控制器可以被用于基于对加载站202处的一个或多个试样容器的存在或不存在进行指示的信号(例如光传感器)来操作传送带206(即将其启动或关闭)。相似地，一个或多个传感器可以在入口位置或端口110处被使用以指示是否容器被不适当地加载和/或已经翻倒并且可能导致堵塞。传送带206操作成将容器500从加载站或区域202(例如传送带206的左部分，如图1中所示的)运动或运输至入口位置或端口110，由此将待被加载入检测系统100中的一个或多个容器500积聚在入口位置或端口110处。典型地，如图1-3和5A-5B中所示的，加载站或区域202、运输机构204或传送带206、以及入口位置或端口110被定位在检测系统100的外部或在检测系统100的壳体102上。在一个实施方案中，自动化加载机构200被定位在搁板180上，搁板180被定位在下节段170的顶部上并且毗邻于系统100的上节段160。此外，如所示的，运输机构或传送带206典型地在水平平面中操作，从而将试样容器500保持为处于竖直的或直立的取向(即，使得容器500的顶部部分506向上)以加载入检测系统100中(见例如图1-3和5A-5B)。如图1_3中所示的，运输机构或传送带206例如从左向右、或从加载站或区域202朝向入口位置或端口110运动，以运输一个或多个独立的容器500(见例如图2，箭头208)。在一个实施方案中，如例如图1-3和10-11中所示的，自动化加载机构200将还包括一个或多个导轨210，导轨210被定位为与运输机构或传送带206的一侧或两侧并列。一个或多个导轨210起到在运输机构或传送带206的操作期间将试样容器500导向或引导至入口位置或端口110的作用。在一个实施方案中，导轨操作成将试样容器引导或导向成在自动化加载机构200的背部处的单一行线(singlefileline)，在单一行线处试样容器等候其顺序以待被每次一个容器地加载入检测系统100中。在另一个设计方面，如例如图22中所示的，检测系统100还可以包括定位器装置覆盖物460，覆盖物460覆盖定位器装置(本文其它地方描述的)并且包围其中的内部定位器装置室(未示出)。定位器装置覆盖物460可以包括一个或多个容器导轨462，一个或多个容器导轨462用于在试样容器500从自动化加载机构200被运输至入口位置或端口110并且然后运输入内部室中时对试样容器500进行导向，由此自动地将试样容器加载入系统中。根据本实施方案，内部定位器装置室(未示出)被认为是内部室的一部分，内部室被在本文其它地方描述。在又另一个实施方案中，自动化加载机构200还可以包括用于在试样容器500进入检测系统100时读取或以其他方式识别试样容器500的工具或装置。例如，容器500可以包括能够被读取以进行容器识别以及在系统内的追踪的条件码标签508。根据本实施方案，检测系统100将包括在系统内的一个或多个位置处的一个或多个条形码读取器(见例如图14-15中的410)。例如，检测系统100可以包括在入口位置或端口110处的条形码读取器，以在进入检测系统时对各个容器500进行读取、识别和记录到检测系统控制器中。在另一个实施方案中，入口位置或端口110还可以包括用于在入口位置或端口110内使容器旋转以能够进行条件码标签508的读取的工具或装置(例如容器旋转器或旋转转盘，如本文其它地方描述的)。在另一个可能的实施方案中，传递机构(见例如图5B，650)可以旋转容器500以能够进行条件码标签508的读取。一旦条形码已经被读�。敲创莼菇湫偷厥谷萜�500从入口位置或端口110传递至在多个保持结构或机架600中的一个保持结构或机架600中的多个接收结构或槽道602中的一个接收结构或槽道602。在又另一个实施方案中，如果条形码508不能被合适地读取(例如标记物被读错或读取错误发生)，那么检测系统控制器(未示出)可以将容器500引导至读错/错误位置或端口120，以供使用者获得不能读取的或读错的容器500。使用者可以使用自动化加载机构200和/或根据使用者的判断来再加载容器，可以可选择地手动地加载容器500和将容器500信息手动输入系统控制器中(例如使用用户界面150)。在另一个实施方案中，检测系统100可以含有高优先级(或STAT)装载站(未示出)，用于高优先级容器的加载和/或用于在标记物已经被读错或读取错误已经发生时的容器的手动加载。自动化加载机构的另一个设计配置在图10中示出。如图10中所示的，自动化加载机构200包括加载站或区域202、第一传送带206以及入口位置或端口110。传送带206操作成将试样容器500从系统100的左边缘(即加载站202的位置)运输至入口位置或端口110。在本实施例中，运动是从左至右并且在图10中由箭头220表示。自动化加载机构200还可以包括导轨210和第二传送带212，第二传送带212围绕一组齿轮或轮214、216操作。根据本实施方案，第二传送带212在第一水平传送带206的上方的竖直平面中被定向并且可操作，并且可以以顺时针的或逆时针的方式操作(即将皮带从左向右或从右向左运动)。第二竖直定向的传送带212的顺时针的或逆时针的操作可以向试样容器500提供围绕容器的竖直轴线的分别的逆时针的或顺时针的旋转。申请人已经发现，向试样容器500提供顺时针的或逆时针的旋转可以在多个试样容器500在入口位置或端口110处积聚时防止和/或减少自动化加载机构200的阻塞或堵塞。一旦容器500已经到达入口位置或端口110，那么它们可以被运动入检测系统100中。在又另一个实施方案中，自动化加载机构200还可以含有被定位在第一传送带206的下方的水平平面中的背衬板(未示出)。如本领域技术人员将意识到的，传送带206可以具有某些屈服性、柔性，或可以以其他方式被认为是“弹性的”。传送带206的这种弹性的本质可以在容器被从加载站或区域202经过传送带206向第一端口或入口位置110运输时导致试样容器500的不稳定性，并且可以导致试样容器500倾倒或翻倒。申请人已经发现，通过在传送带206的下部包括刚性的或半刚性的背衬板，这一问题可以被减小和/或完全消除，由此减少和/或防止(例如载有已翻倒的容器500的)加载机构200的阻塞或堵塞。通常，可以使用任何已知的背衬板材料。例如，背衬板可以是由塑料、木材或金属制成的刚性的或半刚性的板。自动化加载机构的又另一个配置在图11中示出。如图11中所示的，自动化加载机构200可以包括加载站或区域202、传送带206以及入口位置或端口110。也如所示的，22传送带206可以操作成将试样容器500从系统100的前边缘(即加载站20运输至入口位置或端口110。在本实施例中，加载机构200的运动是从前向后(即从仪器的前边缘向加载端口110)并且在图11中由箭头240表示。如所示的，自动化加载机构200还可以包括一个或多个导轨210，以用于在一个或多个试样容器500被传送带206运输时将一个或多个试样容器500导向至入口位置或端口110。可选择地，如图11中所示的根据本实施方案，自动化加载机构200可以包括第二运输机构230。在一个实施方案中，第二运输机构230可以包括第二传送带232，第二传送带232被定位在第一传送带206上方的竖直平面中并且在第一传送带206上方的竖直平面中可操作。如所示的，第二运输机构230还可以包括被附接于第二传送带232的多个桨状物或板236。根据本实施方案，第一传送带206操作成将一个或多个试样容器500从加载站或区域202运动或运输至第二运输机构230，在第二运输机构230，容器500被分别地运动或运输入桨状物或板236之间的槽道或空间234中。第二传送带232围绕一组齿轮或驱动轮(未示出)操作，并且例如从左至右运行或运动经过自动化加载机构200的后边缘，由此将容器500从左向右沿着加载机构200的背部运输并且运输至入口位置或端口110(见例如箭头250)。一旦容器500已经到达入口位置或端口110，它们便可以被运动入检测系统100中。在又另一个实施方案中，自动化加载机构200可以被包围或包封在保护性壳体或罩体沈0中，如例如图12中所示的。根据本实施方案，自动化加载机构200或其的一个或多个部件(即加载区域、运输工具(例如传送带206)和/或入口位置或口(未示出)中的一个或多个)可以被容纳或包封在保护性壳体或罩体260中。保护性壳体或罩体260将具有开口沈2，开口262提供向被容纳在保护性壳体或罩体沈0中的自动化加载机构200的接近以及用于将试样容器500加载入被容纳在其中的自动化加载机构200中/上。可选择地，保护性壳体或罩体260可以还包括覆盖物工具沈4，覆盖物工具264可以被关闭或关上以保护自动化加载机构200和/或被容纳在自动化加载机构200中的容器500。覆盖物可以是如所示的可关闭的盖子266，或是用于关闭壳体或罩体沈0的其他结构或工具。例如，在另一个实施方案中，覆盖物264可以是能够在开口262上方被拉动关闭的重量轻的帘子(未示出)。保护性壳体或罩体260还可以提供用于高优先级容器(即STAT容器)和/或读错容器的加载的优先级容器加载端口270。在一个实施方案中，容器500可以被手动地加载入优先级端口270中。自动化加载机构的另一个实施方案在图13-15中示出。相似于上文描述的自动化加载机构，图13-15中示出的自动化加载机构300包括容器加载站或区域302、运输机构304和容器入口位置306，它们用于一个或多个试样容器500向检测系统100中的全自动化的加载。容器加载区域302处于在检测系统100上的可容易地到达的位置中，以允许使用者容易地将一个或多个试样容器500放置在其中，如例如图17中所示的。根据本实施方案，试样容器500被以水平的取向加载，使得它们在其侧面上躺放，如例如图13中所示的。一旦处在容器加载区域302处，试样容器500便可以被运输机构304从容器加载区域302运输至入口位置306，容器500从入口位置306将进入检测系统100，如本文更详细地描述的。出乎意料地，无论试样容器500在加载区域302中的取向如何(即与容器500的顶部部分506是正在面向检测系统100还是面向远离检测系统100的方向(如例如图14中所示的)无关)，本实施方案的自动化加载机构300都能够将试样容器500加载入检测系统100中。在一个实施方案中，容器加载站或区域302包括能够保持一个或多个试样容器500的加载储存器303，如例如图13中所示的。加载储存器303可以被设计为保持1至100个试样容器，1至80个试样容器或1至50个试样容器。在其他设计构思中，加载储存器可以保持100个或更多个试样容器500。本实施方案的自动化加载机构300还可以包括盖子或覆盖物(未示出)，使用者或技术人员可以可选择地关闭盖子或覆盖物以覆盖加载储存器303和加载区域302。各种用于盖子或覆盖物的设计是可能的并且被设想。如图13-14中所示的，加载储存器303容纳运输机构304，例如为向下朝向入口位置306倾斜从而将试样容器500从加载区域302运输至入口位置306的倾斜坡道。根据本实施方案，倾斜坡道将允许试样容器沿着坡道向下滚动或滑动至入口位置306。虽然倾斜坡道在附图中作为示例，但是用于将试样容器运输至入口位置306的运输工具或机构304的其他设计是可能的并且被设想。例如，在一个可选择的设计构思中，运输机构304可以包括传送带(未示出)。根据本设计构思，传送带可以被设计为保持一个或多个试样容器并且可以可选择地被设计为使得传送带朝向入口位置306向下倾斜。一旦处在入口位置306处，那么滚筒或滚筒状加载装置308将被用于将试样容器500加载入检测系统100中。如所示的，滚筒状加载装置308具有一个或多个水平取向的槽310，其用于将一个或多个试样容器保持在其中。每个分别的槽310能够保持单一的试样容器500。在一个实施方案中，滚筒状加载装置308具有用于将试样容器500保持在其中的多个槽，例如1至10个槽、1至8个槽、1至6个槽、1至5个槽、1至4个槽或1至3个槽。在另一个实施方案中，滚筒状加载装置308可以被设计为具有能够将单一的试样容器500保持在其中的单一的槽。滚筒状加载装置308能够围绕水平轴线旋转(沿顺时针方向或逆时针方向)，并且能够拾取各个试样容器500并且将各个试样容器500加载入检测系统100中。在操作中，滚筒或滚筒状加载装置308的旋转将水平取向的试样容器500拾取在多个水平取向的槽310中的一个槽310中，并且通过滚筒或滚筒状加载装置的旋转将容器500运动至转臂装置330(见例如图16)。本领域中的任何已知的工具可以被用于滚筒或滚筒状加载装置308的旋转。例如，系统可以采用通过使用马达(未示出)和驱动皮带316来用于滚筒状加载装置308的旋转。在另一个实施方案中，如图13中所示的，本实施方案的自动化加载机构300还可以包括单一的容器加载端口312。在操作中，使用者或技术人员可以将单一的试样容器放置入单一的容器加载口312中以进行迅速的或立即的加载，例如STAT试样容器的加载。一旦被放置在加载单一的容器加载端口312中，那么容器将通过重力而下落或掉落至第二运输机构314上，第二运输机构314例如是朝向滚筒状加载装置308向下倾斜以进行试样容器的向检测系统100中的迅速的或直接的自动化加载的倾斜坡道。如图13-16中所示的，滚筒或滚筒状加载装置308在竖直平面中旋转(即围绕或绕着水平轴线)，以将试样容器500从入口位置306运动至转臂装置330。转臂装置包括在竖直取向的滑槽332的顶部处的开口槽。一旦被运动至转臂装置330，那么试样容器被凸轮机构和竖直取向的滑槽332而直立(即试样容器被从水平的容器取向再定位为直立的竖直的容器取向)。在操作中，凸轮机构(未示出)能够感应试样容器的顶部和/或底部，并且将试样容器500沿水平方向从试样容器的基部推动，由此允许基部掉落或下落穿过竖直取向的滑槽332的开口。因此，转臂装置330操作成允许容器500的底部(通过重力)掉落，首先经过竖直滑槽332并且进入容器定位器装置400的第一定位器槽道(在本文其它地方描述)，由此将容器500再定向为竖直的直立的取向。如例如图16中所示的，转臂装置330具有两个锥形的横档334，在滚筒的每侧上有一个横档334，每个横档334在前边缘处是窄的并且在后边缘处较厚。横档334被对准，使得容器500的帽部分502将在滚筒旋转时被横档束缚或保持(即帽将在横档的顶部侧上运动使得帽将�？吭诤岬�334的顶部上)。当容器的底部下落经过竖直滑槽332时，横档334仅简单地将容器500的帽部分502保持就位。此外，容器的底部或基部506将不被横档捕获或保持。反而是，在滚筒或滚筒状加载装置308旋转时，锥形的横档334将作用成将容器500的底部或基部506沿水平方向从容器500的底部506朝向容器的顶部或帽部分502推动或滑动(见图4)。这种作用有助于确保容器的帽端502被横档334的顶部边缘保持，由此允许容器500的底部506自由地下落经过竖直滑槽332并且进入容器定位器装置400中。通过在滚筒或滚筒状加载装置308的每侧上具有横档334，处于正在旋转的滚筒中的容器500的取向不是关键的。容器500将通过转臂装置330而直立，无论容器的帽端502在滚筒状加载装置308的右侧还是左侧(见例如图16)，因为相应的横档334将起到在底部506下落经过竖直滑槽332时撑住容器的帽或顶部502的作用。在另一个实施方案中，竖直滑槽332还可以包括较窄的节段333，较窄的节段333有助于引导下落的容器500进入容器定位装置400中。在操作中，当滚筒或滚筒状加载装置308在竖直取向的滑槽332的顶部处的开口槽上旋转时，容器500的帽或顶部部分502被一个或多个横档334保持在滚筒的外边缘处(见例如图16)。横档334将容器500的帽或顶部部分502保持就位，同时允许容器的底部506自由地从滚筒或滚筒状加载装置308摆动或下落出来并且进入竖直取向的滑槽332中，由此在容器500首先通过重力掉落或下落经过竖直取向的滑槽332的底部时而使容器500直立或竖直地定向，如上文描述的。容器管理工具或定位器装置如例如图13-15、18和25々_25(中所示的，检测系统100还可以包括容器管理装置或定位器装置400。容器管理装置或定位器装置400可以被用于在一旦容器500位于检测系统100的壳体102内部时将容器500在各种工作流程站404之间进行管理、运动或以其他方式定位。在一个实施方案中，容器管理装置或定位器装置400可以与图13-15中示出的自动化加载机构300组合地使用，如所示的。在另一个实施方案中，容器管理装置或定位器装置400可以与例如图18中示出的自动化加载机构200组合地使用。图13-15和18中的容器管理装置或定位器装置400被示意性地示出并且各部分不是成比例的。容器管理装置或定位器装置400包括可旋转的轮状装置或可旋转的圆盘，可旋转的轮状装置或可旋转的圆盘具有一个或多个定位器槽道402，例如1至10个定位器槽道、1至8个定位器槽道、1至5个定位器槽道、1至4个定位器槽道或1至3个定位器槽道。在一个实施方案中，定位器装置包括可相对的平行板或圆盘(见例如图25A-25C)。每个分别的定位器槽道402能够保持单一的试样容器500。在操作中，定位器装置400在水平平面中(并且围绕或绕着竖直轴线)旋转(顺时针的或逆时针的)以将分别的容器500运动至各25种工作流程站404或在各种工作流程站404之间(即从站至站)运动。在一个实施方案中，工作流程站404可操作成获得试样容器的一个或多个测量或读�。纱颂峁┕赜谌萜鞯男畔ⅲ缛萜髋拧⑷萜饔行�、患者信息、样品类型、填充水平等等。在另一个实施方案中，一个或多个工作流程站404可以包括一个或多个容器管理站，例如容器拾取站或容器传递站。例如，定位器装置400能够将分别的试样容器500运动至一个或多个工作流程站404，例如(1)条形码读取站；(2)容器扫描站；(3)容器成像站；(4)容器称重站；(4)容器拾取站；和/或(容器传递站。在另一个实施方案中，这些测量和/或读取中的一个或多个可以在同一个站处发生。例如，容器称重、扫描、成像和/或拾取可以在单一的站位置处发生。在又另一个实施方案中，检测系统可以具有分离的拾取站。容器可以被传递机构(如本文描述的)在拾取位置处拾取，并且被传递至检测系统100内的其他位置(例如传递至保持结构和/或搅拌组件)。在又另一个实施方案中，检测系统100可以具有用于将试样容器500向另一个仪器传递的传递站，另一个仪器例如为第二自动化检测仪器。根据本实施方案，传递站可以与系统传递装置440连通。例如，如所示的，系统传递装置440可以是允许试样容器被传递至检测系统100内另一个位置的传送带，或在另一个实施方案中传递至另一个仪器(例如第二检测系统(例如如图M中所示的))的传送带。如图14-15中所示的，定位器装置400包括(1)入口站412;(2)条形码读取和/或扫描站414;(3)容器称重站416；(4)容器拾取站418；以及(用于将容器传递至另一个仪器的系统传递站420。定位器装置还可以包括用于使容器旋转以利于条形码读取和/或容器扫描的可旋转的转盘装置(turntabledevice)406，和/或用于称重容器的计量器或称重装置408。如上文描述的，在操作中，容器管理装置或定位器装置400操作成将给定的试样容器500运动至或以其他方式定位至给定的工作流程站404。在一个实施方案中，这些工作流程站404被包括在检测系统100的壳体102内。例如，如图13-15和18中所示的，自动化加载机构可以将试样容器500存放或放置入定位器槽道402中，如本文其它地方描述的。然后容器管理工具或定位装置400可以旋转成使试样容器在系统内的多个工作流程站例如条形码读取站、容器扫描站、容器成像站、容器称重站、容器拾取站和/或容器传递站之间运动或定位。传递工具或机构如例如图5-9B和17-21中所示的，自动化检测系统100还可以包括可操作成用于将试样容器500在系统内进行传递和/或用于在系统内进行容器管理的自动化传递工具或机构。如已经描述的，入口位置或端口110从例如在图1-3中最佳地示出的传送带系统206接收容器。当容器在入口位置或端口110中积聚时，容器被运动至检测系统100内，由此传递机构(例如具有容器夹紧工具的机器人传递臂)可以拾取或以其他方式接收分别的试样容器500，并且将该容器传递和放置入检测系统100内的保持结构或机架600中，如在本文中更详细地描述的。如本领域中已知的，传递机构可以使用视觉系统(例如照相机)、预编程的维度坐标和/或精确的运动控制以将试样容器传递至保持结构或机架600以及将试样容器加载入保持结构或机架600中。如图1-3和13-15中所示的，试样容器500通过使用自动化加载机构200(图1-3)或300(图13-15)而被加载入检测系统100中和/或在检测系统100内运输。如所示的，容器500被典型地以竖直的取向加载入检测系统100中(即，使得容器500的顶部或帽部分502是直立的)。根据一个实施方案，容器500被放置或保持在多个保持结构或机架600中，并且可选择地被搅拌以增强其中的微生物生长。如例如图5A和5B中所示的，保持结构或机架600的接收结构或槽道602可以被定向成沿水平轴线。因此，根据本实施方案，自动化传递机构(见例如图5B，650)必须在容器500从自动化加载机构200、300向接收结构或槽道602的传递期间将容器500从竖直的取向再定向成水平的取向。在操作中，自动化传递机构(例如图5B，650或图20，700)可以操作成将试样容器500在检测系统100的内部室620内传递或以其他方式运动、或再定位。例如，在一个实施方案中，传递机构可以将试样容器500从入口位置或端口110传递至多个保持结构或机架600中的一个。在另一个实施方案中，传递机构可以从容器定位器装置400的槽道402拾取试样容器500，并且将容器传递至保持结构或机架600的保持结构或槽道602。传递机构可以操作成将容器500放置在多个容器接收结构或槽道602中的一个中，容器接收结构或槽道602被定位在多个保持结构或机架600中的一个中。在另一个实施方案中，传递机构可以操作成从保持结构或机架600移除或卸载“阳性”和“阴性”容器。该自动化卸载机构可以操作成确保一旦“阳性”或“阴性”读数已经对于每个试样容器500被作出，容器500便被从容器接收结构或槽道602移除，留出用于另一个待被加载入检测系统100中的容器的空间，由此增加系统处理能力。在一个实施方案中，传递机构可以是机器人传递臂。通常，可以使用本领域中已知的任何类型的机器人传递臂。例如，机器人传递臂可以是多轴机器人臂(例如2、3、4、5或6轴机器人臂)。机器人传递臂可以操作成从入口位置或端口110拾取试样容器500(例如血液培养瓶)，并且将试样容器500(例如血液培养瓶)从入口位置或端口110传递至被定位在多个保持结构或机架600(可选择地具有搅拌组件)中的一个保持结构或机架中的多个容器接收结构或槽道602中的一个容器接收结构或槽道。此外，为了利于传递机构或机器人传递臂的必需的运动，检测系统100的内部室620可以包括对机器人传递臂的一个或多个支撑物。例如，可以提供一个或多个竖直支撑物和/或一个或多个水平支撑物。传递机构或机器人传递臂将向上和向下滑动并滑动经过支撑物，如为了到达保持结构或机架600的接收结构或槽道602中的任何一个所必需的。如上文描述的，机器人传递臂可以操作成将试样容器的取向从竖直的取向(即直立取向，使得容器500的顶部502向上)变化至水平的取向(即，使得容器500在其侧上躺放)，例如以利于容器从加载站或位置的传递以及容器在保持结构和/或搅拌组件内的放置。在一个实施方案中，机器人传递臂是2轴或3轴机器人臂，并且将能够将容器500在一个或多个水平轴线(例如X轴和/或Z轴)以及可选择地竖直轴线(y轴)中传递至特定的位置，例如本文描述的容器接收结构或槽道602。根据本实施方案，2轴机器人臂将允许在2个轴线(例如χ轴和ζ轴)中的运动，而3轴机器人臂将允许在3个轴线(例如χ轴、y轴和ζ轴)中的运动。在另一个实施方案中，2或3轴机器人臂还可以采用能够将试样容器500可旋转地围绕一个或多个轴线传递或运动的一个或多个旋转运动。这种旋转运动可以允许机器人传递臂将试样容器500从竖直的加载取向传递至水平的取向。例如，机器人传递臂可以采用旋转运动以将试样容器可旋转地围绕或绕着水平轴线运动。这种类型的机器人传递臂将被定义为3或4轴机器人臂。例如，允许在一个水平轴线(χ轴)、一个竖直轴线(例如y轴)和一个旋转轴线中的运动的机器人臂将被认为是3轴机器人臂。而，允许在两个水平轴线(例如χ轴和ζ轴)、一个竖直轴线(y轴)和一个旋转轴线中的运动的机器人臂将被认为是4轴机器人臂。相似地，允许在单一的水平轴线(例如χ轴)、一个竖直轴线(y轴)和两个旋转轴线中的运动的机器人臂将也被认为是4轴机器人臂。在又另一个实施方案中，机器人传递臂700可以是4、5或6轴机器人臂，由此允许在x、y和ζ轴中的运动，以及绕着或围绕一个轴线(即5轴机器人)、两个轴线(即5轴机器人臂)、或所有的三个水平的(χ、和ζ轴)和竖直的轴线(y轴)(即6轴机器人臂)的旋转运动。在又一个实施方案中，机器人传递臂可以包括一个或多个用于获得试样容器500的测量、扫描和/或读取的装置。例如，机器人传递臂可以包括一个或多个摄像机、传感器、扫描器和/或条形码读取器。根据本实施方案，摄像机、传感器、扫描器和/或条形码读取器可以辅助容器定位、容器标记物(例如条形码)的读取、容器扫描、系统的远程现场服务、和/或对于系统内的任何可能的容器泄漏的检测。在又另一个设计可能性中，机器人传递臂可以包括紫外光源以辅助自动化去污，如果必要的话。传递机构的一个设计可能性在图6-8C中示出。如图6中所示的，传递机构包括机器人传递臂650，机器人传递臂650包括上水平支撑轨道652A、下水平支撑轨道652B、单一的竖直支撑轨道6M和机器人头部656，机器人头部656将包括用于拾取、夹紧或以其他方式保持试样容器500的夹紧机构(未示出)。图6-8C中示出的传递机构被示意性地示出并且各部分不是按比例的，例如，所示出的水平支撑物652A、652B、竖直支撑物和机器人头部656不是按比例的。如本领域技术人员将容易地意识到的，水平支撑物652A、652B和竖直支撑物可以根据需要而在长度上被增加或减小。如所示的，机器人头部656被竖直支撑轨道654支撑，竖直支撑轨道6M进而被水平支撑轨道652A和652B支撑、耦合于水平支撑轨道652A和652B和/或附接于水平支撑轨道652A和652B。也如图6中所示的，传递机构可以包括可以被用于将传递机构安装在检测系统中的一个或多个安装支撑物696。在操作中，竖直支撑轨道肪4可以沿着水平支撑轨道652A和652B运动，由此将竖直支撑轨道肪4和机器人头部656沿着水平轴线(例如χ轴)运动。通常，任何本领域中已知的工具可以被用于将竖直支撑轨道6M沿着水平支撑轨道652A和652B运动。如图6中所示的，上支撑轨道和下支撑轨道652A和652B可以包括上螺纹轴和下螺纹轴(未示出)，其可操作成分别驱动上水平滑块和下水平滑块659A和659B。也如图6中所示的，上轴和下轴652A和652B可以包括中空的细长形的增强套筒653A、653B，中空的细长形的增强套筒653A.653B延伸上支撑轨道和下支撑轨道652A、652B的长度并且从而围绕上螺纹螺杆和下螺纹螺杆(见例如美国专利第6，467，362号)。套筒653Α、65!3Β将每个还包括在套筒653Α、653Β中的槽(见例如653C)，该槽延伸上支撑轨道和下支撑轨道652Α、652Β的长度。提供延伸穿过该槽(见例如653C)并且具有与被包封在增强套筒653Α、653Β中的螺纹轴(未示出)可啮合的螺纹的螺纹舌部(未示出)。当上支撑轨道和下支撑轨道652Α、652Β的螺纹轴(未示出)被第一马达657转动时，带螺纹的舌部(未示出)将水平滑块659Α、659Β沿着上支撑轨道和下支撑轨道652Α、652Β的纵向长度运动，由此将机器人头部656沿着水平轴线(例如χ轴)运动(再次地，见例如美国专利第6，467，362号)。第一马达657可以操作成转动上螺纹轴和下螺纹轴(未示出)并且从而将上水平滑块和下水平滑块659Α和659Β(分别地，各自具有啮合螺纹轴的内螺纹)在水平方向沿着上螺纹轴和下螺纹轴驱动。28在一个设计可能性中，通过包括驱动皮带660和滑轮组662，第一马达657能够用于使上螺纹轴和下螺纹轴二者转动，以使螺纹轴中的一个螺纹轴(例如下螺纹轴)在第一螺纹轴被马达657转动时平行于第一螺纹轴地转动。如图6中所示的，竖直支撑轨道6M还可以包括竖直螺纹驱动轴(未示出)，竖直螺纹驱动轴可操作成驱动竖直滑块655并且从而将机器人头部656沿着竖直轴线(例如y轴)运动。在操作中，第二马达658可以操作成转动竖直螺纹轴(未示出)并且从而将竖直滑块655在竖直方向沿着竖直螺纹轴驱动。在另一个实施方案中，如图6-7B中所示的并且如上文描述的，竖直螺纹轴还可以包括中空的细长形的增强套筒654A，中空的细长形的增强套筒654A延伸竖直支撑轨道654的长度并且从而围绕竖直螺纹轴(未示出)。套筒654A将还包括延伸竖直支撑轨道654的长度的槽654B。提供延伸穿过槽(未示出)并且具有与螺纹轴(未示出)可啮合的螺纹的螺纹舌部(未示出)。当螺纹轴(未示出)被马达658转动时，螺纹舌部(未示出)运动竖直滑块655，由此将机器人头部656沿着竖直轴线(例如1轴)运动(再次地，见例如美国专利第6，467，362号)。竖直滑块655可以被直接地附接于机器人头部656，或如图6中所示的，可以被附接于第一旋转机构664。竖直滑块655具有与螺纹竖直轴啮合并且被操作成将竖直滑块并因此将机器人头部656在竖直方向沿着螺纹竖直轴驱动的内螺纹(未示出)。传递机构650还可以包括可操作成提供绕着或围绕一个或多个轴线的旋转运动的一个或多个旋转机构。例如，如图6中所示的，机器人头部可以包括用于提供绕着或围绕y轴的旋转运动的第一旋转机构664以及用于提供绕着或围绕χ轴的旋转运动的第二旋转机构665。第一旋转机构664包括可以被附接于机器人头部656的第一旋转板667。第一旋转机构664还包括第一旋转马达668、以及第一小齿轮670和第一可相对的环形齿轮672，其操作成将第一旋转板667并因此将机器人头部656围绕竖直轴线(例如围绕y轴)旋转。在一个实施方案中，如本领域中熟知的，第一小齿轮670和第一环形齿轮672可以设置有夹紧齿(未示出)或其他夹紧特征(未示出)。第一旋转板667可以被直接地附接于机器人头部656，或如图6中所示的，可以被附接于第二旋转机构665。也如图6中所示的，第一旋转板667可以包括曲板以利于附接至第二旋转机构665。第二旋转机构665，与第一旋转机构664相似地，包括第二旋转板674。如图6中所示的，第二旋转板674被附接于机器人头部656。第二旋转机构665还包括第二旋转马达678、第二小齿轮680和第二可相对的环形齿轮682，其操作成将第二旋转板674并因此将机器人头部656围绕水平轴线(例如χ轴)旋转。在一个实施方案中，如本领域中熟知的，第二小齿轮680和第二环形齿轮682可以设置有夹紧齿(未示出)或其他夹紧特征(未示出)。在图7Β中最好地示出的机器人头部656包括壳体684，壳体684包围用于将单一的试样容器500保持在其中的保持室685。机器人头部还包括夹紧机构686和驱动机构688，驱动机构688用于使夹紧机构686运动并从而使单一的试样容器500运动入壳体684和保持室685中和从壳体684和保持室685运动出来。夹持机构686，如7Β中所示的，可以包括可操作成锁扣(snap)在试样容器500的唇部(Iip)上的弹簧夹687。在将试样容器500传递至保持结构600之后，如本文其它地方描述的，机器人头部656以及因此夹紧机构686可以相对于保持结构600被升高或下降，以释放试样容器500。驱动机构688还包括马达690、导轨692、螺纹夹紧器轴694以及夹紧器驱动块696，如图7B中所示的。在操作中，马达690使螺纹夹紧轴694转动，由此使夹紧驱动块696以及因此将夹紧机构686沿着导轨692运动。传递机构的另一个设计可能性在图9A-9B中示出。如图9A-9B中所示的，自动化传递机构820被结合入图9A-9B中示出的检测系统100中，以从入口位置或端口110夹持或拾取容器500，并且将容器500运动或传递至上或下滚筒保持结构800(本文其它地方描述的)的给定的接收结构或槽道802。自动化传递机构820在本实施方案中也可操作成将阴性容器500运动至废物位置并且然后使容器500掉落或以其他方式存放入废物箱146中，或可操作成将阳性容器运动至阳性容器位置(见例如图1中的130)。为了提供这样的运动，传递机构820包括机器人头部拟4和可旋转的支撑棒828，机器人头部拟4可以包括用于拾取和保持容器500的夹紧机构826，支撑棒828延伸经过系统100的内部室850。如所示的，机器人头部拟4被可旋转的支撑棒8支撑、耦合于可旋转的支撑棒8和/或附接于可旋转的支撑棒828。通常，夹紧机构可以是任何本领域中已知的夹紧机构。在一个实施方案中，夹紧机构可以是在上文结合图6-8C描述的夹紧机构和驱动机构。机器人头部824可运动至沿着可旋转的支撑棒828的任何位置。在操作中，支撑棒拟8可以被围绕其的纵轴线旋转，从而将机器人头部拟4朝向上或下气缸或滚筒保持结构800A、800B定向。在一个实施方案中，机器人头部820可操作成从入口位置或端口110拾取容器500并且将容器500头部首先地(即首先顶部部分502)加载入滚筒保持结构800A、800B的接收结构或槽道802中。这种取向将容器500的底部或基部506暴露于检测单元810，检测单元810可以读取被定位在容器500的底部处的传感器514，以检测容器内的微生物生长或微生物生长。传递机构的又另一个设计可能性在图17-21B中示出。如图17-21B中所示的，机器人传递臂700将包括一个或多个水平支撑物结构702、一个或多个竖直支撑物结构704、以及机器人头部710，机器人头部710将包括一个或多个用于拾取、夹紧和/或保持试样容器500的特征或装置(例如夹紧机构)。机器人头部710可以被水平支撑物和/或竖直支撑物中的一个支撑、耦合于水平支撑物和/或竖直支撑物中的一个和/或附接于水平支撑物和/或竖直支撑物中的一个。例如，在一个实施方案中，如图17-21B中所示的，机器人传递臂700包括下水平支撑物结构702B和单一的竖直支撑物结构704。虽然未示出，但是如本领域技术人员将意识到的，上水平支撑物结构(未示出)或其他相似的工具可以还被用于支撑或导向竖直支撑物结构。通常，任何本领域中已知的工具可以被用于将机器人头部710沿竖直支撑轨道704向上和向下运动(如由箭头7表示的(见图18))，并且将竖直支撑轨道704沿着水平支撑物结构702B向后和向前运动(如由箭头736表示的(见图20))。例如，如图20中所示的，机器人传递臂700还可以包括竖直驱动马达720和竖直驱动皮带722，竖直驱动马达720和竖直驱动皮带722将操作成将机器人头部710沿竖直支撑轨道704向上和向下(箭头726)传递或运动，以将容器500沿着(即向上和向下)竖直轴线(即y轴)传递或运动。竖直支撑物结构704还可以包括竖直导轨7和机器人头部支撑块708，如图20中所示的。因此，竖直支撑物结构704、竖直导轨728、竖直驱动马达720和竖直驱动皮带722允许机器人传递臂700将机器人头部支撑块708以及因此将机器人头部710和试样容器500沿着y轴运动或传递。同样地，也如图20中所示的，机器人传递臂700还可以包括第一水平驱动马达730、第一水平驱动皮带732和水平导轨738，第一水平驱动马达730、第一水平驱动皮带732和水平导轨738将操作成将竖直支撑物结构704沿着水平导轨738并且因此沿着第一水平轴线在检测系统100的壳体102内向后和向前(即从左向右和/或从右向左)运动(见箭头736)。因此，水平支撑物结构702B、第一水平驱动马达730、第一水平驱动皮带732和水平导轨738允许机器人传递臂700将试样容器500沿着χ轴运动或传递。申请人已发现，通过包括沿着水平轴线可运动的竖直支撑物，允许检测系统内的增加的容量，因为机器人传递臂在仪器内的增加的区域上是可运动的。此外，申请人相信，具有可运动的竖直支撑物的机器人传递臂可以提供更可靠的机器人传递臂。如图17-21Β中最好地示出的，自动化传递机构或机器人传递臂700还可以包括线性的或水平的滑动器706和枢轴板750。如例如图17-20中所示的，线性的或水平的滑动器706支撑机器人头部710和夹紧器机构712。线性的或水平的滑动器706和机器人头部710可以被机器人头部支撑块708和竖直导轨7(上文描述的)支撑、耦合于机器人头部支撑块708和竖直导轨7和/或附接于机器人头部支撑块708和竖直导轨728。根据本实施方案，线性的或水平的滑动器706可以被沿着竖直轴线(即y轴)向上和向下运动(见图18，箭头726)经过机器人头部支撑块708和竖直导轨728，以使机器人头部710和/或试样容器500在检测系统100的壳体102内向上和向下运动或传递(即沿着竖直轴线(y轴))。如图21A-21B中所示的，线性的或水平的滑动器706还可以包括枢轴板750，枢轴板750包括枢轴板导轨752、枢轴槽7M和枢轴槽凸轮从动件756，其可操作成允许机器人头部710从前向后或从后向前(见图18，箭头746)沿着线性的或水平的滑动器706滑动或运动，以将容器500沿着第二水平轴线(即ζ轴)传递或运动。根据本实施方案，第二水平驱动马达或水平滑动马达760和滑动皮带(未示出)可以被用于将机器人头部710沿着ζ轴运动。因此，线性的或水平的滑动器706、水平滑动马达和滑动皮带允许机器人头部710将试样容器500沿着ζ轴运动或传递。如本领域中已知的，一个或多个传感器(见例如图21A中的764)可以被用于指示机器人头部710在线性的或水平的滑动器706上的位置。如图21A-21B中所示的，当机器人头部710被沿着线性的或水平的滑动器706、枢轴板750和枢轴板导轨752运动时，枢轴槽7M和枢轴槽凸轮从动件756将枢轴托架758绕着或围绕水平轴线(即ζ轴)旋转，并且因此将机器人头部710从水平取向(如图21A中所示的)旋转至竖直取向(如图21B中所示的)，或反之亦然。如本文其它地方描述的，容器500从竖直进入取向向水平取向的传递对于将容器存放或放置在保持结构或机架600的水平取向的接收结构或槽道602中来说可以是必需的。因此，枢轴板750、枢轴槽乃4和枢轴托架758允许机器人头部710将试样容器500从被加载时的竖直取向(见例如图18)再定向成水平取向(如在例如图21A中看到的)，由此允许试样容器500从自动化加载机构(见例如图18中的200)被传递至保持结构中的槽道(例如图18中的602和600)。如图20中所示的，自动化传递机构还可以包括用于检测系统100内的电缆管理的一个或多个电缆管理链条782以及用于控制机器人传递机构的电路板784。在又另一个实施方案中，机器人传递臂700还可以包括断开机构786，断开机构786可以操作成断开竖直驱动皮带722，由此防止竖直驱动皮带722下落至仪器的底部(例如由于停电)。机器人传递臂700还可以包括用于拾取、夹紧或以其他方式保持试样容器500的夹紧机构712。如例如图21A和21B中所示的，夹紧机构可以包括两个或更多个夹紧指状物714。此外，夹紧机构712还可以包括线性致动器716和线性致动器马达718，线性致动器马31达718可以操作成使线性致动器运动以打开和关闭夹紧器指状物714。在操作中，如本领域中熟知的，致动器马达718可以被用于使夹紧器机构712的线性致动器716运动，由此使夹紧器指状物714运动。例如，线性致动器可以沿第一方向(例如朝向马达)运动，以关闭指状物和夹紧容器500。相反地，线性致动器可以沿第二方向(例如远离马达)运动，以打开夹紧器指状物和释放容器500。申请人偶然地发现，一个或多个夹紧指状物714的使用允许夹紧机构712接纳(即拾取和/或保持)很多不同的试样容器500。此外，申请人发现，通过使用从试样容器500的长度的约四分之一(1/4)处延伸至约二分之一(1/2)处的夹紧器指状物714，夹紧器指状物将接纳(即拾取和/或保持)多个本领域中熟知的容器(例如长颈血液培养瓶)。如本文进一步描述的，自动化传递机构或机器人传递臂700可以被设置成受到系统控制器(未示出)的控制并且被编程以进行检测系统100内的试样容器500管理(例如拾取、传递、放置和/或容器移除)。在又另一个实施方案中，如下文进一步讨论的，传递机构700可以被用于“阳性”和“阴性”试样容器500的自动化卸载。具有可选择的搅拌工具的保持工具或结构检测系统100的保持工具或结构可以采取多种物理配置，以用于操纵多个分别的试样容器500使得很多容器(例如200个或400个容器，取决于所使用的具体的保持结构)可以被同时处理。保持工具或结构可以被用于试样容器500的储存、搅拌和/或培育。一个可能的配置在图5A-5B中示出，并且另一个可能的配置在图9A和9B中示出。这些配置以例证而非限制的方式被提供。如本领域技术人员将意识到的，其他设计是可能的并且被设想。如图5A-5B和图17_20中所示的，一个可能的配置使用多个被竖直地堆叠的容器保持结构或机架600，其每个具有多个试样容器接收结构或槽道602，多个试样容器接收结构或槽道602每个用于保持分别的试样容器500。根据本实施方案，可以使用两个或更多个被竖直地堆叠的保持结构或机架600。例如，可以使用约2至约40、约2至约30、约2至约20或约2至约15个被竖直地堆叠的保持结构或机架。参照图5A-5B和17-20，在本配置中，检测系统100包括气候受控内部室620以及多个被竖直布置的保持结构或机架600(例如，如图5A-5B中所示的，15个被竖直地堆叠的保持结构或机架600)，气候受控内部室620包括上内部室622和下内部室624，多个被竖直布置的保持结构或机架600每个具有在其中的多个分别的容器接收结构或槽道602。每个分别的保持结构或机架600可以包括两个或更多个容器接收结构或槽道602。例如，每个保持结构或机架600可以包括在其中的约2至约40、约2至约30或约2至约20个接收结构或槽道602。在一个实施方案中，如图5A-5B中所示的，接收结构或槽道602可以包括2列竖直地对准的接收结构或槽道602。在可选择的实施方案中，接收结构或槽道602可以是交错的，从而减小每个分别的保持结构或机架600的竖直高度(见例如图20)，并且从而允许在培育室620内的给定的竖直距离中的总的保持结构或机架600的增加的数量。如例如图5A-5B中所示的，检测系统包括15个保持结构或机架600，15个保持结构或机架600每个包括两列的每列10个分别的容器接收结构或槽道602，由此给予在图5A-5B中示例的系统300个的总容器容量。在另一个可能的设计配置中，检测设备可以包括16个被竖直地堆叠的机架，每个含有25个接收结构或槽道，由此给予400个的总容器容量。此外，分别的容器接收结构或槽道602中的每个具有特定的X和Y坐标位置或地址，其中X是每个容器接收结构或槽道602的水平的位置并且Y是每个容器接收结构或槽道602的竖直的位置。分别的槽道602由传递机构例如机器人传递臂来接近，如上文参照图17-21描述的。如图17-21中所示的，自动化传递机构700可以操作成将机器人头部710和因此将试样容器500运动至机架600中的特定的X、Y位置并且将容器500存放在其中。在操作中，自动化传递机构700可以操作成拾取容器定位器装置400的入口站110或拾取站418处的试样容器500，将被确定为对于其中的微生物生长是阳性的容器500运动至阳性容器或离开位置130，和/或将被确定为对于微生物生长是阴性的容器500运动至阴性容器位置或废物箱146。在一个实施方案中，整个保持结构或机架600可以被搅拌组件(未示出)搅拌以促进或增强微生物生长。搅拌组件可以是任何已知的用于向保持结构或机架600提供搅拌(例如向后和向前摇摆运动)的工具或机构。在另一个实施方案中，保持结构或机架600可以以向后和向前运动被摇摆，以对容器内所含有的流体进行搅拌。例如，保持结构或机架600可以被从实质上竖直的位置向后和向前摇摆至实质上水平的位置，并且被重复以提供容器内所含有的流体的搅拌。在又另一个实施方案中，保持结构或机架600可以被从实质上水平的位置向后和向前摇摆至距水平的位置10度、15度、30度、45度或60度的竖直的位置，并且被重复以提供容器内的流体搅拌。在一个实施方案中，从实质上水平的位置向距水平位置约10度至约15度的竖直位置的机架运动可以是优选的。在又另一个实施方案中，保持结构或机架600可以被以线性的或水平的运动而向后和向前摇摆，以提供容器内所含有的流体的搅拌。在本实施方案中，保持结构或机架600和接收结构或槽道602可以被定向为处在竖直位置中，或可选择地处在水平位置中。申请人发现，通过保持结构600并因此通过接收结构或槽道602和试样容器500的沿水平取向的线性的或水平的搅拌运动可以使用相对最小的能量输入来提供很大的搅拌。因此，在某些实施方案中，水平的保持结构或机架600的取向和线性的或水平的搅拌运动可以是优选的。其他的搅拌保持结构或机架600并因此搅拌试样容器500内的流体的手段被设想并且将被本领域的技术人员很好地理解。这些向后和向前的、线性的和/或水平的摇摆运动可以根据需要而被重复(例如以各种循环和/或速度)以提供容器内的流体的搅拌。搅拌组件的一个可能的设计参照图沈示出。如图沈中所示的，搅拌组件6包括一个或多个保持结构600，保持结构600包括用于保持多个试样容器500的多个保持槽道602。搅拌组件拟6还包括搅拌马达628、偏心耦合器(eccentriccoupling)630、第一旋转臂632、第二旋转臂或联动臂634以及机架搅拌轴承组件636。在操作中，搅拌马达6使偏心耦合器630以偏心运动旋转，由此使第一旋转臂632以偏心圆或偏心的旋转运动而运动。第一旋转臂632的偏心旋转运动使第二旋转臂或联动臂634运动成线性运动(如由箭头635表示的)。第二旋转臂或联动臂634的线性运动使机架搅拌轴承组件636摇摆成向后和向前的摇摆运动，由此向保持结构600提供向后和向前的摇摆搅拌运动(由图沈的箭头638表示的)。在另一个可能的设计配置中，如图9A和9B中所示的，检测系统100可以包括以圆柱结构或滚筒结构的形式的上保持结构和下保持结构800A和800B，上保持结构和下保持结构800A和800B具有多个用于接收容器500中的一个容器的分别的试样容器接收结构或槽道802。在本实施方案中，圆柱的或滚筒保持结构800A、800B每个围绕水平轴线旋转，以由此提供容器500的搅拌。根据本实施方案，每个滚筒保持结构可以包括约8至约20个列(例如约8至约20、约8至约18或约10至约16个列)，每个包括约8至约20个容器接收结构或槽道802(例如约8至约20、约8至约18或约10至约16个接收结构或槽道802)。如上文描述的，自动化传递机构820被结合入图9A-9B的检测系统100中，以从入口位置或端口110夹持或拾取容器500，并且将容器500运动或传递至上或下滚筒保持结构800的给定的接收结构或槽道802，并且将容器500存放在接收结构或槽道802中。自动化传递机构820在本实施方案中可以进一步操作成将阴性容器500运动至废物箱146，或可以操作成将阳性容器运动至阳性容器位置130，如例如图1中示出的。也如上文描述的，图9A-9B的机器人头部820可以从入口位置或端口110拾取容器500并且将容器500的头部首先地(即首先顶部部分502)加载入滚筒保持结构800A、800B的接收结构或槽道802中。这种取向将容器500的底部或基部806暴露于检测单元810，检测单元810可以读取被定位在容器500的底部处的传感器514，以检测容器内的微生物生长或微生物生长。如本文其它地方描述的，阳性和阴性容器可以被机器人传递臂取回并且传递至系统内的其他位置。例如，被确定为对于微生物生长是“阳性”的容器可以通过传递机构被取回并且传递至阳性容器位置或端口，在阳性容器位置或端口处，使用者或技术人员可以容易地移除阳性容器。相似地，在指定的时间已经过去之后被确定为对于微生物生长是“阴性”的容器可以通过传递机构而被传递至阴性容器位置或废物箱以进行处置。在一个实施方案中，保持结构或机架600还可以包括可操作成将试样容器500保持或以其他方式束缚在机架600的接收结构或槽道602中的保持特征。如图27A-27C中所示的，保持装置860包括倾斜的螺旋弹簧864和V形的保持板862。根据本实施方案，通过使用倾斜的螺旋弹簧868，螺旋弹簧的多个位置接触容器表面以将瓶子束缚在机架槽道602中。倾斜的弹簧864的螺旋被设置为相对于容器的竖直轴线成角度，如图27C中所示的，其示出了扩大的螺旋以表示相对于容器的竖直轴线的螺旋角度。然而，典型地，倾斜的弹簧864是紧密螺旋弹簧。例如，倾斜的弹簧864可以相对于容器的竖直轴线成约10度至约50度、约20度至约40度或约30度的角度(如图27C中所示的)。V形的保持板862能够将所述倾斜的螺旋弹簧864相对于或毗邻于保持结构600而保持和/或束缚。如所示的，保持板862包括用于束缚倾斜的螺旋弹簧864的有ν形凹槽的束缚器板。有ν形凹槽的束缚器板864防止弹簧864的任何相对于容器500和/或保持结构600的运动。因此，与将典型地在单一的位置处与容器接触的传统的张力弹簧(例如板片弹簧)不同，倾斜的螺旋弹簧864可以被ν形的凹槽862刚性地束缚，同时螺旋将在压力下偏转。倾斜的弹簧864的使用允许负载被分布，由此提供均一的偏转。如例如图27A和27C中所示的，接收结构或槽道602还包括一个或多个肋部868。在一个设计可能性中，如图27C中所示的，这些肋部868中的两个被定位为与倾斜的螺旋弹簧864直接地相对。这两个肋部868形成一凹槽，该凹槽起到使容器500沿着竖直的中心线(未示出)在槽道602内自居中(self-center)的作用。在操作中，倾斜的螺旋弹簧864向容器500壁施加力，由此将容器牢固地保持或束缚在机架600的槽道602内。在一个实施方案中，被定位为与螺旋弹簧864相对的两个肋部868可以被间隔开30度至约90度，或被间隔开约40度至约80度。在另一个实施方案中，被定位为与倾斜的螺旋弹簧864相对的两个肋部868可以被间隔开约60度。此外，如图27C中所示的，保持结构可以包括第一列和第二列的平行的保持槽道，平行的保持列能够或可操作成将多个容器保持在其中，并且其中保持结构还包括被定位为毗邻于第一列的第一倾斜的螺旋弹簧以及被定位为毗邻于第二列的第二倾斜的螺旋弹簧，其中倾斜的螺旋弹簧中的每个可操作成将多个容器束缚在所述保持槽道中。通过使用倾斜的螺旋弹簧864、V形槽束缚器862和被定位为与所述倾斜的螺旋弹簧864相对的两个肋部868，瓶子将始终被牢固地保持在槽道602内的同一个位置中，与通过搅拌所施加的或在机架室插入期间所施加的的任何侧负载无关。倾斜的螺旋弹簧864和V形槽束缚器862还允许采用较短深度的保持槽道602和保持结构600。较短的保持槽道602深度将允许多种容器设计和容器长度被同样好地束缚，并且允许更多的容器表面被暴露于系统内的培育空气流。如本领域技术人员将意识到的，其他可能的用于保持结构600和/或搅拌组件的设计或配置是可能的并且被认为是本发明的一部分。检测单元用于检测试样容器内的微生物剂生长的检测系统100的各种可能的设计配置，如图1-6、9A-9B、21A-21B和27中所示的，可以包括相似的检测工具的使用。通常，可以使用任何本领域中已知的用于对用于微生物生长的检测的试样容器进行监测和/或询问的工具。如上文提到的，试样容器500可以在容器500在检测系统100中的培育期间被连续地或周期性地监测以对微生物生长的阳性进行检测。例如，在一个实施方案中，检测单元(例如图9B的810)读取被结合入容器500的底部或基部506中的传感器514。多种传感器技术在本领域中是可用的并且可以是合适的。在一个可能的实施方案中，检测单元采取比色测量，如在美国专利4，945，060；5，094，955；5，162，229；5，164，796；5，217，876；5，795，773；和5，856，175中描述的，它们被并入本文。阳性容器根据这些比色测量而被指示，如在这些专利中解释的。可选择地，检测也可以使用微生物的固有荧光和/或对培养基(media)的光学散射的变化的检测来实现(如例如在于2009年7月22日提交的名称为“MethodandSystemforDetectionand/orCharacterizationofaBiologicalParticleinaSample(用于样品中的生物颗粒的检测和/或表征的方法和系统)”的共同待决的美国专利申请序列号12/460，607中公开的)。在又另一个实施方案中，检测可以通过对容器的培养基或顶部空间中的挥发性有机化合物的生成进行检测或感应来实现。可以在检测系统内采用检测单元的各种设计配置。例如，一个检测单元可以被设置用于整个机架或托盘，或每个机架或每个托盘可以设置有多个检测单元。气候受控内部室如上文描述的，检测系统100可以包括气候受控内部室(或培育室)，其用于保持环境以促进和/或增强可以在试样容器500中存在的任何微生物剂(例如微生物)的生长。根据本实施方案，检测系统100可以包括加热元件或热风鼓风机以保持所述内部室内的恒定的温度。例如，在一个实施方案中，加热元件或热风鼓风机将提供和/或保持内部室处在升高的温度(即被升高至高于室温的温度)下。在另一个实施方案中，检测系统100可以包括冷却元件或冷空气鼓风机(未示出)以将内部室保持在低于室温的温度。根据本实施方案，内部室或培育室将处在约18°C至约45°C的温度。在一个实施方案中，内部室可以是培育室并且可以被保持在约35°C至约40°C、并且优选在约37°C的温度下。在另一个实施方案中，内部室可以被保持在低于室温的温度下、例如约18°C至约25°C，并且优选在约22.5°C。所提供的特别的优点是提供更恒定的温度环境以促进和/或增强试样容器500内的微生物生长。检测系统100通过提供封闭系统来实现这一点，在封闭系统中发生试样容器500的自动化加载、传递和卸载，而不需要打开任何进入面板，否则打开进入面板将扰乱内部室620的培育温度(从约30°C至40°C，优选从约37°C)。通常，检测系统100可以采用本领域中任何已知的用于保持气候受控室以促进或增强微生物生长的工具。例如，为了保持温度受控室，一个或多个加热元件或热风鼓风机、挡板和/或其他本领域中已知的合适的设备可以被使用以将检测系统100的内部保持在对于培育容器和促进和/或增强微生物生长来说是合适的温度下。典型地，在系统控制器的控制下的一个或多个加热元件或热风鼓风机被用于保持检测系统100的内部室620内的恒定的温度。如本领域中已知的，加热元件或热风鼓风机可以在内部室内的多个位置中被采用。例如，如图5和6中所示的，一个或多个加热元件或热风鼓风机740可以被定位在保持结构或机架600的基部处，以引导暖空气经过多个保持结构或机架600。相似的布置可以被设置在图9A和9B的实施方案中(见例如840)。培育特征的细节不是特别重要的，并且是本领域中已知的，因此详细描述被省略。控制器和用户界面检测系统100将包括系统控制器(例如计算机控制系统)(未示出)和固件，用于控制系统的各种操作和机构。典型地，用于控制系统的各种机构的操作的系统控制器和固件可以是本领域技术人员已知的任何常规的控制器和固件。在一个实施方案中，控制器和固件将进行用于控制系统的各种机构而所必需的所有的操作，包括试样容器在系统内的自动化加载、自动化传递、自动化检测和/或自动化卸载。控制器和固件将还提供系统内的试样容器的识别和追踪。检测系统100还可以包括用户界面150以及相关联的计算机控制系统，计算机控制系统用于对加载机构、传递机构、机架、搅拌装备、培育设备进行操作并且对来自检测单元的测量进行接收。这些细节不是特别重要的并且可以广泛地变化。当容器被检测为是阳性的时，使用者可以通过用户界面150和/或通过变为活性(即指示器灯开启)时的阳性的指示物190而被警告(见例如图1)。如本文描述的，当作出阳性的确定时，阳性容器可以被自动地运动至阳性容器位置130，如在例如图1-3、10-11和22-24中示出的，以被使用者取回。用户界面150还可以向操作者或实验室技术人员提供与被加载入检测系统中的容器有关的状态信息。用户界面可以包括以下特征中的一个或多个(1)触摸屏显示器；(2)在触摸屏上的键盘；(3)系统状态；(4)阳性警报；(5)向其他系统(DMS、LIS、BCES&其他检测或识别仪器)的通信；(6)容器或瓶子状态；(7)取回容器或瓶子；(8)视觉和听觉阳性指示物；(9)USB接口(后备物(backups)和外部系统接口)；以及(10)阳性、系统状态和错误信息的远程通知。在另一个实施方案中，如图22-23中所示的，还可以使用状态更新屏幕152。状态更新屏幕152可以被用于提供与被加载入检测系统中的容器有关的状态信息，例如(1)系统内的容器位置；(2)容器信息，例如患者信息、样品类型、输入时间等等；(3)阳性的或阴性的容器警报；(4)内部室温度；以及(5)对于废物箱被充满并且需要被清空的指示。检测系统和用户界面150和/或状态更新屏幕152的具体的外观或布局不是特别重要的并且可以广泛地变化。图1-2示出了一个可能的实施方式，其被以例证而非限制的方式被提供。图22-23示出了另一个可能的实施方式，其也被以例证而非限制的方式被提{共。自动化卸载检测系统100还可以提供“阳性”和“阴性”试样容器500的自动化传递或自动化卸载。如上文描述的，其中存在有微生物剂的容器被称为“阳性”容器，并且其中在给定时间时期之后没有微生物生长被检测到的容器被称为“阴性”容器。一旦容器被检测为是阳性的，那么检测系统将通过指示物(例如视觉提示190)和/或通过在用户界面150处的通知来通知操作者结果。现在参照图1-3和5A-5B，阳性瓶子可以通过传递机构650(例如机器人传递臂)被自动地取回并且被放置在指定的阳性容器区域中，例如阳性容器位置或出口130。这种阳性容器区域将被定位在仪器壳体的外部，以易于使用者接近容器。在一个实施方案中，容器将以竖直取向而被放置在阳性容器区域内。在一个设计配置中，阳性容器的自动化卸载将采用传递管(未示出)，阳性容器(例如阳性的血液培养瓶)可以行进经过传递管以被再定位至指定的阳性容器位置或出口130。根据这种设计特征，传递机构(例如机器人传递臂)将使阳性试样容器落入或以其他方式存放入传递管的顶端中，并且容器将通过重力行进经过传递管到达阳性容器位置或口130。在一个实施方案中，传递管(未示出)可以将一个或多个“阳性”试样容器保持在其中。例如，传递管(未示出)可以保持约1至约5个、约1至约4个或约1至约3个“阳性”试样容器。在另一个实施方案中，例如如图22-M中所示的，阳性容器位置或出口130可以包括用于一个或多个“阳性”试样容器的保持槽道，例如用于分离地保持两个“阳性”试样容器的两个保持槽道。在检测系统100的另一个实施方案中，阴性容器可以被传递机构700(例如机器人传递臂)从保持结构或机架600传递至阴性容器位置，例如废物箱146。典型地，容器将被从机器人传递臂释放并且掉落入废物箱146中，然而其他实施方式被设想并且应当是对本领域技术人员明显的。在一个设计配置中，阴性容器的自动化卸载将采用传递管(未示出)，阴性容器(例如阴性的血液培养瓶)可以行进经过传递管以被再定位至指定的阴性容器位置，例如废物箱146。根据这种设计特征，传递机构(例如机器人传递臂)将使阴性的试样容器落入或以其他方式存放入传递管的顶端中，并且容器将通过重力行进经过传递管到达阴性容器位置或废物箱146。检测系统100还可以包括进入门140或抽屉142，其打开以提供使用者能够接近阴性容器位置，例如阴性容器废物箱146。在另一个实施方案中，废物箱146可以包括用于称重废物箱146的计量器。如本领域技术人员将意识到的，通过监测废物箱146的重量，系统控制器(未示出)可以确定废物箱146的充满的程度，并且可以可选择地向使用者或技术人员提供废物箱146被充满并且因此需要被清空的信号指示(例如在用户界面150处)。自动化实验室系统如上文提出的，本公开的检测系统100可以采取多种不同的可能的配置。一个37这样的配置，特别适合于高容量实施方案的，在图M中示出。如图M中所示的，检测系统100A可以在自动化微生物学实验室系统中被采用。例如，检测仪器100可以作为自动化实验室系统的一个部件被包括。在本实施方案中，检测仪器100A可以被联接或“串级链接”于用于另外的测试的一个或多个另外的其他的分析�？榛蛞瞧�。例如，如图M中所示的，检测仪器100A可以被联接或“串级链接”于第二检测单元100B。然而，在其他实施方案中，检测仪器可以被“串级链接”或以其他方式联接于一个或多个其他的系统或�？�。这些其他的系统或�？榭梢园ɡ缡侗鸩馐韵低常缡苋萌薭ioM0rieux有限公司的VITEK或VIDAS系统、革兰氏染色器、质谱测定单元、分子诊断测试系统、平板划线器(platestreaker)、自动化表征和/或识别系统(如在于2009年5月15日提交的名称为"SystemforRapidNon-invasiveDetectionofaMicrobialAgentinaBiologicalSampleandIdentifyingand/orCharacterizingtheMicrobialAgent(用于生物样品中的微生物剂的快速的非侵入的检测以及识别和/或表征微生物剂的系统)”的共同待决的美国专利申请第60/216，339号中公开的)或其他分析系统。现在参照图24，自动化实验室系统可以包括第一检测系统100A以及第二检测系统100B。在其他实施方案中，自动化实验室系统可以包括第一检测系统100A、第二检测系统100B以及自动化表征/识别系统(未示出)。根据本实施方案，阳性容器可以被使用系统传递装置440从第一检测系统100A运动或传递至第二检测系统100B，和/或然后运动或传递至自动化表征/识别系统。在其他实施方案中，第一检测系统100A可以被耦合于微生物识别�？榛蚩刮⑸锩舾行阅？�(antimicrobialsusceptibilitymodule)(未示出)。如图M-25C中所示的，两个检测系统100A和100B被系统传递装置440“串级链接”在一起。这允许容器在第一个检测系统充满的情况下从一个检测系统被传递至另一个检测系统。相似的系统传递装置还可以被提供以用于试样容器500的从第二检测系统100B向后续的系统或模块的后续传递，如本文其它地方描述的。系统传递机构441包括第一容器定位器装置400A，第一容器定位器装置400A具有用于将容器传递至第二或下游仪器的传递站420。系统传递机构441还包括传递桥接物446和被推动器马达442控制而可操作的推动器臂444，如图M-25C中所示的。如所示的，推动器臂444可以包括一对平行的臂。在操作中，当待被传递的容器被第一容器定位器装置400A运动至传递站420时，推动器臂444被激活以使容器从传递站420推动或运动经过传递桥接物446而到达下游检测系统100B。如所示的，推动器臂444通过推动器臂支撑结构445而连接于推动器马达442。图25A-C示出了容器的从第一检测系统100A的传递站420向第二检测系统100B的传送带206B(见图的传递，并且示出了容器处在(1)在推动器臂444开始将容器推动经过传递桥接物446时的第一位置(图25A)；(2)在容器经过传递桥接物446时的第二或中间位置(图25B)；以及C3)在容器到达下游检测系统100B的传送带(未示出)时的最终位置(图25C)中。此外，如图25A-25C中所示的，系统传递装置440还可以包括桥接物导轨446、448和/或一个或多个定位器装置导轨450，定位器装置导轨450通过一个或多个导轨支撑物452而附接于定位器装置404的基部板，桥接物导轨446、448用于将容器从第一定位器装置400A导向并且使经过桥接物446而到达下游检测系统100B的自动化加载机构200B的传送带206B(见图24)。如本领域中熟知的，容器的通过第一容器定位器装置400A和推动器臂444的操作而从第一检测系统100A向第二或下游检测系统100B的传递可以被系统控38制器控制。典型地，如图M中所示的，仅第一检测系统100A需要包括用户界面150。第一检测系统100A和第二检测系统100B还可以包括状态屏幕152A、152B、阳性容器端口130A、130B、下进入面板140A、140B、自动化加载机构200A、200B和传送带206A、206B。此外，根据本实施方案，阳性容器可以被传递至自动化实验室系统中的其他系统。例如，如图M中所示的，在第一检测系统100A中被确定为是阳性的容器500可以被传递至第二检测系统100B和/或然后传递至在图31、57、77中描述的自动化表征/识别系统104，以对其中的微生物剂进行自动化表征和/或识别。如本领域技术人员将意识到的，其他可能的用于自动化实验室系统的设计或配置是可能的并且被认为是本发明的一部分。操作的方法在一个实施方案中，本文描述了用于对自动化检测系统中的微生物生长进行检测的方法；该方法包括(a)提供包括用于促进和/或增强所述微生物生长的培养基的试样容器；(b)使用待被测试微生物的存在的测试样品来接种所述试样容器；(c)使用自动化加载机构将所述被接种的试样容器加载入所述检测系统中；(d)使用自动化传递机构将所述试样容器传递至被定位在所述检测系统内的保持结构，所述保持结构包括用于保持所述试样容器中的一个或多个试样容器的多个槽道；并且所述保持结构可选择地提供所述试样容器的搅拌以促进和/或增强其中的微生物生长；(e)提供用于通过对所述容器内的微生物生长的一种或多种副产物进行检测来检测所述试样容器中的微生物生长的检测单元；并且(f)使用所述检测单元来检测微生物的生长并且从而确定所述容器对于微生物生长是阳性的。现在将参照图30描述检测系统100的操作的方法。在(例如由实验室技术人员或医生)使用待被测试的样品来接种试样容器500之后，试样容器500被递送至自动化加载机构200，以进行试样容器500的向检测系统100中的自动化加载。在步骤M0，试样容器500被加载入检测系统100中，例如通过将容器放置至运输机构204的加载站或区域202上，如例如图1中所示的。然后试样容器500被运输机构204(例如传送带)运动至入口位置或端口110，并且然后经过所述入口位置或端口110并进入检测系统100，由此自动地将试样容器500加载入检测系统100中。在步骤550，自动化传递机构700，例如机器人传递臂，如例如图5A-5B中所示的，可以然后被用于将容器500传递至被容纳在检测系统100的内部室620内的保持结构或机架600并且将容器存放在保持结构或机架600中。在步骤560，试样容器500在检测系统100内被培育。检测系统100可选择地提供保持结构或机架600的搅拌(例如使用搅拌组件)和/或用于提供温度受控环境的一个或多个暖空气鼓风机(见例如图5A-5B中的740)，以促进和/或增强试样容器500内的微生物生长。在步骤570，试样容器500被检测单元(见例如图9A和9B中的810)读�。匀范ㄊ匝萜�500是否对于微生物生长是阳性的。在步骤580，试样容器的读取被分析，以确定容器是否对于其中的微生物剂(例如微生物)的生长是阳性的。如果不是，那么过程沿着否分支582前进并且对计时器是否已经到期进行检查(步骤584)。如果计时器已经到期，那么容器被认为是阴性的并且容器在步骤586处被传递至废物容器146(见例如图1)。否则，培育继续并且试样容器500的读取(步骤580)周期性地继续。如果在步骤580，如果试样容器500被确定为是阳性的，那么过程行进至是分支590。在一个实施方案中，试样容器500在步骤594处被使用自动化传递机构(例如容器被自动地卸载，如本文其它地方描述的)运动或传递至阳性容器位置或口130(见例如图1)，以使得使用者接近容器和/或进行进一步的过程。在另一个实施方案中，试样容器可以使用系统传递装置被传递至另一个检测仪器和/或另一个分析系统(例如至图31、57、77的自动化表征和/或识别系统104)以进行进一步的过程。部分2微生物剂的自动识别和/或表征(图31-108)I.概述本文描述了一种自动化仪器，其提供用于试样样品例如生物样品中的微生物剂的自动识别和/或表征的新的构造和方法。识别和/或表征仪器104在图31中以框图形式示出。两个实施方案在本文中被很详细地描述，第一实施方案参照图32-56描述并且第二实施方案参照图57-76描述。仪器104的实施方案在容纳样品的试样容器500(图31)上操作。在一个实例中，试样容器500是用于将试样样品例如血液样品容纳在其中的标准培养瓶，例如血液培养瓶。瓶子可以是在其被递送至识别和/或表征仪器104时被上文部分的检测仪器100刚刚测试为是阳性的。通常，任何类型的可以含有微生物剂，例如细菌、真菌或酵母物种，的样品都可以被在例如用于生物样品的仪器104中测试。例如，试样样品可以是被怀疑含有一种或多种微生物剂的临床的或非临床的样品。临床的样品，例如体液，包括但不限于血液、血清、血浆、血液成份、关节液、尿、精液、唾液、粪便、脑脊液、胃内容物、阴道分泌物、组织均质物、骨髓抽取液、骨均质物、痰、抽吸物、拭子和拭子擦洗物、其他体液、以及类似物。可以被测试的非临床的样品包括但不限于食品、饮料、药物、化妆品、水(例如饮用水、非饮用水和废水)、海水压载物、空气、土壤、污水、植物材料(例如种子、叶、茎、根、花、果实)、血液制品(例如血小板、血清、血浆、白细胞部分等等)、捐献器官或组织样品、生物战样品、以及类似物。一个可能的用于本公开的仪器104的配置是在一种组合系统(上文的讨论的仪器100)中，该组合系统将试样容器中的微生物剂的检测与微生物剂的自动识别和/或表征集成。这种组合的方法还参照图27的实施方案被描述。在本配置中，试样容器500(图1)被接种有试样样品(例如临床的或非临床的样品)并且加载/卸载入自动化检测仪器102中/从自动化检测仪器102加载/卸载出来(例如图77)。在足以允许微生物的自然放大的时间间隔(该时间间隔在物种之间不同)之后，试样容器在检测仪器102内被测试微生物的存在。测试周期性地进行，使得如果试样容器被测试为是阳性的，那么其立即可以被传递至识别和/或表征仪器104以进行试样样品的进一步的分析。检测可以使用多种技术来实现，例如在专利文献中描述的比色传感器(colorimetricsensor)(见美国专利4，945，060；5，094，955；5，162，229；5，164，796；5，217，876；5,795，773；和5，856，175)。检测还可以使用微生物的固有荧光、对培养基的光学散射的变化的检测、或对培养基或顶部空间中的挥发性有机物的生成的检测来实现。这些技术是本领域中已知的并且在本文件的背景部分中的上文所引用的专利文献中被描述。一旦试样容器500在自动化检测仪器102(见图77)中被检测为是阳性的，那么检测仪器102将通过指示物(例如视觉提示)、或通过在用户界面显示器的通知、或通过其他手段来通知操作者。系统可以被设置为自动地分析阳性试样容器，或需要终端用户在下文描述的识别/表征仪器104中进行样品分析之前确认。当采用自动表征时，通过电子工具立即通知医师来自识别/表征系统的结果，这将是可能的。一旦试样容器在检测仪器102中被确定为是阳性的，那么阳性试样容器被切换或传递至下文描述的识别和/或表征仪器104。见图77。实现这一点的方式可以根据检测和识别/表征仪器102和104的物理配置而广泛地变化。能够实现这一点的方式的一个实施例在下文参照图57描述。现在具体地参照图31，试样容器或瓶子500被接收在识别和/或表征仪器104中，以自动的或手动的方式。其发生的方式不是特别重要的，并且可以根据仪器104的配置而广泛地变化。试样容器500被放置在识别和/或表征仪器104中的合适的保持结构或机架1906中。图32、35、57和58示出了多个可能的用于保持结构1906的配置。保持结构1906典型地适合于保持多个试样容器500。保持结构1906具有这样一种设施，该设施用于将试样容器旋转至高于和低于水平的倾斜位置以利于通风和样品移除，如下文描述的，以及可选择地样品的搅拌并且由此促进微生物生长。在可选择的配置中，被宣布是阳性的试样容器可以保留在检测仪器102内的机架中，并且取样可以从检测仪器直接地发生。识别和/或表征仪器104包括保持或夹持一次性取样装置1902的样品移除设备1912。它们共同地操作以移除测试样品(即在阳性试样容器500中的试样样品的一部分)，并且然后将该部分加入分离装置1904(见图36-41)中。分离装置1904可以采取多种形式，并且本文描述了一种配置，在该配置中分离装置包括用于接收样品的储存器(图38，项2602)和被连接于储存器沈02的毛细管2604。识别/表征仪器104还包括分离和/或浓缩站1916，分离和/或浓缩站1916可选择地为离心机的形式并且在分离装置1904上操作从而将微生物剂从测试样品中的其他组分分离并且将分离装置1904内的微生物剂浓缩。在一个实例中，微生物剂以小球或小球状的团块的形式在分离装置1904的毛细管沈04的底部中被浓缩。识别/表征仪器还包括询问被浓缩的微生物剂以识别和/或表征微生物剂的识别和/或表征�？榛蚨寥≌�(图31，1918)。仪器104接收一次性物品的暗盒1900。一次性物品具有两种类型(1)取样装置1902，其用于通风试样容器500和从试样容器500移除测试样品，以及(分离装置1904，其通过取样装置1902从容器500接收样品的一部分并且测试样品中的微生物剂在分离装置1904中被浓缩。在仪器的可选择的配置中，取样装置1902和分离装置1904的功能被组合为单一的一次性装置，如图60-78中所示的，在这种情况下暗盒1900将仅包括多个组合的取样和分离装置。仪器104还包括操作成接近一次性物品1902和1904的机器人传递机构1910、被保持在保持器或机架1906中的阳性试样容器500、废物容器1908、分离和浓缩装置1916、以及识别模块1918。机器人传递机构1910还可以操作成从分离的检测仪器接收阳性试样容器，并且将阳性试样容器加载入保持结构或机架1906中。机器人传递机构1910根据需要而接近废物容器、分离和浓缩站1916、识别�？�1918和仪器104中的其他�？榛虿考越邢挛拿枋龅墓δ堋４莼�1910的构建的方式可以根据仪器104的配置而广泛地变化。样品移除设备1912优选被结合入或耦合于机器人传递机构1910，如由虚线1913表示的。设备1912还包括用于夹持通风和取样装置1902、分离装置1904和/或试样容器500中的一个的机器人夹紧和操纵机构。样品移除设备1912被连接于能够进行机器人夹紧功能的气动系统1914。气动系统1914可以包括真空泵，如在下文的第二实施方案中描述的。真空泵操作成向通风和取样装置1902提供真空以从试样容器500吸取样品，并且向取样装置1902提供正压以将来自取样装置1902的样品注射入分离装置1904中。识别仪器104的这些方面将全部在下文更详细地描述。在一个实施方案中，识别�？�1918包括照射分离装置1904中的被浓缩的微生物剂的光源(例如激发光源)。响应于照射，被浓缩的微生物剂发射出可检测的荧光信号，即固有荧光，如下文描述的。此外，光源对被浓缩的微生物剂的照射将产生反射信号或瑞利散射信号；这种信号具有与激发光相同的波长并且提供另外的关于微生物剂的吸收的信息。反射信号还可以提供荧光数据的归一化的基础。识别�？�1918的配置包括用于在空间上分散反射/荧光光谱的工具，其可以采取分光计的形式。这些荧光和反射信号(光谱)被传感器阵列1920捕获，传感器阵列1920产生向计算机1拟4供应的信号。计算机执行算法以处理反射/荧光信号并且响应地识别和/或表征微生物剂。在一个实施方案中，具有识别或表征结果的报告被发送至输出装置1926(例如显示器或相关联的计算机工作站、寻呼机、移动电话或电子邮件服务器)。所述结果可以包括临床程序类型、对微生物剂的直接识别(例如达到分类层系中的属或种水平)、或有关样品中的微生物剂的其他临床信息。第一实施方案(图31-56)样品移除设备和从试样容器(例如血液培养瓶500)的取样(图31-35、45_46，项1910和1912)以样品头1912的形式的样品移除设备从取样装置1902的暗盒1900取回取样装置1902(—次性的)(图31、35)。该取样装置1902(图44，也参见图62、63)可以采取无菌有护套的针或其他器具的形式，以用于刺穿试样容器500中的阻挡器或其他封闭器构件并且通风试样容器(如果必要的话)从而使瓶子压力和大气压力平衡。取样装置(图44、62，1902)包括用于保持被抽出的测试样品的取样容器或室3204。测试样品将包括试样样品的一部分和任何存在的培养基。另一个可能的实施方案是取样装置含有无菌有护套的针并且被直接地连接于或结合入分离装置中(即组合的取样和分离装置，见图90-108)。样品移除设备1912可以可选择地包括用于在取样之前净化瓶子的表面的特征(如果需要的话)。机器人传递机构1910(图35)除了以围绕三个互相正交的平移轴线之一的一个旋转轴线运动之外，还可以以这三个互相正交的平移轴线运动，从而能够在瓶子被保持在试样容器保持器1906的机架2310中时将样品移除设备1912定位为与每个试样容器/瓶子500的接近部位(例如阻挡器或隔膜)相对。取样装置1902的有护套的针3202与瓶子接近部位的对准可以通过内置于容器500的�？刻卣�、视觉系统(例如照相机)或使用预编程的维度坐标和控制机器人传递机构1910的精确运动来实现。瓶子500优选被首先向上倾斜，使得在接近部位或阻挡器下方的空间容纳顶部空间气体并且不容纳液体培养基(liquidmedia)。本步骤的基本原理是容器应当首先被通风使得瓶子中的压力接近大气压力。这将防止气溶胶从瓶子的通风以及过量的流体传递和过分充满以及在瓶子过压状态的42情况下的可能的溢出。相似地，如果培养尚未生成显著的副产物(例如顶部空间气体)或微生物不是气体生产者，那么将有压力不足条件，或瓶子内部的压力将低于大气压力，这将使取样困难。无菌性的通风将平衡压力，使得流体样品可以被从瓶子移除。在合适的通风之后，瓶子500被倾斜，使得瓶子的进入口被向下定向并且液体样品可以被传递至取样装置1902。取样装置从试样容器抽出血液/培养基的例如0.5ml、1.0ml、或2.Oml样品。可选择地，正排量注射器(positivedisplacementsyringe)状的装置可以被开发以提供在真空或压力条件的的宽范围内的对试样容器的取样。测试样品中的组分的可选择的溶解在测试样品已经被从试样容器500抽出之后，其中所含有的任何细胞组分(例如血细胞)可能需要被溶解，使得它们不干扰下文描述的分离和识别/表征过程。可选择的溶解步骤可以使用溶解缓冲剂(其是PH被平衡的表面活性剂溶液)来进行或可以使用超声处理来实现。两种途径都导致血细胞壁的破裂。溶解操作可以通过离线地或在识别和/或表征仪器104内将溶解缓冲剂加入一次性取样装置1902中被进行。可选择地，溶解缓冲剂可以在样品向分离装置1904中的加载期间与血液/培养基样品混合。在溶解缓冲剂和血液/培养基样品被组合之后，需要进行一定量的搅拌或混合，以确保溶解缓冲剂接触血细胞以及细胞壁破裂发生。在一个可能的实施方案中，机器人传递机构可以向上和向下或以其他方式运动以实现这种混合。在另一个实施方案中，混合站(例如在下文的第二实施方案中描述的旋涡器)可以被包括在仪器104中以实现这种混合。作为替代形式，分离装置1904可以具有两个隔间，该两个隔间被热响应性凝胶分隔或被其他将允许溶解缓冲剂和血液/培养基混合物被组合然后进入微生物分离装置中的分离材料分隔。另一个途径可以结合过滤器，以将微生物收集在表面上并且然后将微生物再悬浮入接种物中以进行测试。设想，多个分离装置1904可以以诸如管壳(cartridge)、暗盒、圆盘或条的形式被提供，以利于使用者容易加载系统。分离和/或浓缩站(图31、51，项1916)和分离装置(图31、36_41、51，项1904)在试样从试样容器的抽出之后，并且在取样装置1902中的细胞组分(例如血细胞)的可选择的溶解之后，然后样品被注射或以其他方式引入分离装置1904中的一个中。在样品中存在的微生物剂被从其他组分分离并且在分离装置1904内被浓缩为小球或小球状的团块。分离装置1904中的微生物的分离和/或浓缩的细节在上文的通过引用被并入本申请的相关专利申请中描述，但是基本的方法将在下文描述。分离使用密度溶液或密度缓冲物过滤来实现。在一个实施方案中，分离装置1904预加载有密度缓冲物。分离和浓缩借助于分离装置1904的离心而发生。分离装置1904(图36-41)本身可以采取被密度溶液填充的l_2mm直径内横截面毛细管的毛细管设计的形式。在该毛细管区域上方处是开放(即通向较大的横截面区域)的槽形结构，以提供用于血液/培养基样品和密度溶液的储存器。分离装置的底部表面由具有非�：玫淖贤庀吆涂杉馔干涞牟牧现瞥�。结构的顶部具有在离心之前施用的盖子。在可选择的配置中，分离装置可以被从侧面照射，在这种情况下分离装置的下部分由具有非�：玫淖贤庀吆涂杉馔干涞牟牧现瞥桑幻腹艿暮峤孛嫘巫纯梢允窃残蔚幕蛘叫蔚�。被混合的或被溶解的样品内容物(溶解缓冲剂和测试样品)借助于将来自取样装置1902的样品注射入分离装置1904中而被加载入分离装置1904中(见图50A-C和下文的描述)。密度溶液被在识别和/或表征仪器104中在线地加载入分离装置1904中，或更优选地分离装置1904被装载成预填充有密度溶液。在混合的或溶解的样品被加载入分离装置1904中并且装置1904被加盖之后，分离装置1904被加载入离心机1916中。可选择地，该盖子被配置为具有隔膜。样品可以通过刺穿隔膜被加入装置1904，这防止了对盖子移除和更换的需要。离心机被激活和旋转，例如以高rpm进行几分钟。这种动作使微生物剂(未被溶解的)经过密度溶液并且在分离装置1904中的毛细管的基部处浓缩为在管的最底部中的小球或小球状的团块(见图40，被浓缩的微生物剂小球观04)。在一个实施方案中，加载有密度缓冲物的装置1904在测试样品的加载之前被离心，以除去任何气泡或可能以其他方式干扰分离和/或浓缩步骤的类似物。用于微生物识别和/或表征的识别/表征�？�(读取站)(图31、51、52，项1918)在分离装置1904已经如上文描述的被离心之后，离心机1916可以被旋转，使得分离装置1904在读取位置中，在读取位置，识别和/或表征模块(读取站)1918可以询问被分离的和/或被浓缩的微生物剂(图40，小球2804)。可选择地，分离装置1904可以被机器人传递机构1910从离心机移除并且被放置在处于分离位置中的读取站中。在一个形式中，读取站1918包括用于询问分离装置1904内的被浓缩的微生物剂(小球)的光学读取器组件。因为血液/培养基样品中的微生物/微生物剂在分离装置1904中被强迫至毛细管的底部表面(见图40和41)，所以微生物剂将与底部表面接触。在一个可能的实施方案中，光学读取器组件观察由于来自激发光源的照射而从被浓缩的微生物剂发射出的荧光信号(例如固有荧光信号)。荧光信号(例如固有荧光)来源于被UV、可见光谱或顶光源的激发(见图41)。光源可以是连续灯，例如用于UV的氘灯或氙灯和/或用于可见AR激发的卤钨灯。因为这些光源具有宽范围的发射，所以激发带可以使用光带通滤光器来减小。其他可以使用的用于发射波长谱宽的方法包括声光可调滤波器、液晶可调滤波器、一系列的光学干涉滤光片、棱镜光谱仪和其他仪器。可选择地，以从紫外至近红外的分立波长形式的激光是可用的；此夕卜，大量的多路方法是本领域技术人员已知的。可选择地，发光二极管可以被用作窄带激发光源。从240nm至超过700nm的峰值波长的具有20-40nm的谱宽的LED是可用的。上文的用于谱宽的减小的方法可以与LED的方法结合，以改进激发光谱和发射光谱之间的区分。从样品的发射可以通过光谱区分的任何合适的工具来测量，最优选采用分光计。分光计可以是扫描单色器，该扫描单色器检测特定的发射波长，由此使来自该单色器的输出被光电倍增管检测；和/或分光计可以被配置为成像摄谱仪，由此输出被成像检测器阵列例如电荷耦合器件(CCD)检测器阵列检测。在一个实施方案中，鉴别器允许荧光和/或散射信号通过光电探测手段(例如光电倍增管、雪崩光电二极管、CCD检测器阵列、互补金属氧化物半导体(CM0Q区域传感器阵列和/或电子倍增电荷耦合器件(EMCCD)检测器阵列)(图1，项1920)来观察。在传感器阵列的前方的光学透镜系统(图41中的2904)将使形成毛细管2604的底部的0.78-2.Omm2区域放大，使得其填充传感器阵列的框架。可选择地，一次性分离装置1902和光纤之间的耦合是没有透镜系统的直接光纤耦合；光纤探针是在远端端处的六个围绕一个的配置，使近端端具有用于发射纤维的线性配置以耦合入分光计的进入狭缝。以多个不同的波长的荧光信号强度被获取和保存在计算机存储器中。可选择的配置是将毛细管沈04减小至在直径上少于Imm以适应低生物质样品。此夕卜，毛细管区域的几何形状可以采取其他形状，例如矩形形状的内横截面。另一个可选择的实施方案是将毛细管的读取配置成用从侧面读取来代替从底部读取。这样做有两个可能的益处(1)避免了沉降至毛细管的基部的碎片或纤维以及(提供了在光学上识别多种微生物剂存在的机会。矩形形状的毛细管可以优选用于这种侧面读取应用。识别和/或表征�？�1918包括针对被存储在存储器中的荧光信号强度测量而进行操作的计算机(图31，项1拟4)。所述测量与对也被存储在存储器中的不同类型的微生物(即革兰氏阳性的、革兰氏阴性的、酵母等等)的通过实验确定的荧光光谱测量进行比较。计算机执行分类算法，并且产生微生物剂的分类结果，例如革兰氏分类、革兰氏族和物种。在一个配置中，被捕获的固有荧光信号的光谱的进一步分析被实现，使得物种识别和/或表征或对于物种识别的至少最高的三个概率(topthreeprobabilities)被实现。对由计算机执行的用于识别和/或表征的方法的细节在下文进行解释。革兰氏类型、革兰氏科和物种的识别还可以使用微拉曼评价来实现。拉曼光谱是一种非接触技术，其中样品被激光辐射照射。散射光通过与包括微生物剂的分子相互作用而被弹性地或非弹性地散射。被弹性地散射的光称为瑞利散射，而被非弹性地散射的光是拉曼散射。拉曼光谱已经被表明是潜在地可行的通过微生物的振动光谱的检验而进行的微生物识别和/或表征的方法。激光照射和散射聚集光学系统被设计为将光束聚焦于受近衍射限制的斑点尺寸。该尺寸确保在微生物上有足够的激光信号，因为拉曼散射是非常无效率的。聚集光学系统被设计为高效率地捕获散射光并且将其耦合入光学分光计中以进行分析。拉曼信号可以在一个或多个位置处被获取并且后续的信号被平均化。一旦拉曼光谱被获得，便针对光谱中的关键的峰的位置和强度对其进行分析。将结果与已知的微生物的被存储的基准数据集比较，从而可以获得革兰氏类型、形态信息和物种识别。来自已知的微生物的基准数据集可以在相同的仪器中使用相同的方法和读取仪器来获得。用于识别的方法在本文件起始处的通过引用并入本文的于2009年10月提交的共同待决的申请中被更详细地描述，并且读者被引导至这样的专利申请以获得进一步的细节。采用固有荧光和分类层系分类方法的方法也在下文被详细地解释。取样装置1902和分离装置1904的处理(图31、53，项1908)在测试样品被从取样装置1902注射入分离装置1904中之后，取样装置1902被丢弃入在识别和/或表征仪器104内的生物废物容器1908中。在分离装置1904的读取之后，分离装置1904也被丢弃在生物废物容器1908中。生物废物容器被周期性地从识别/表征仪器除去并且被清空，并且然后被放回至识别/表征仪器中。用户界面识别仪器104优选包括向操作者提供有关被加载入识别仪器的试样容器的状态信息的用户界面(未示出)。用户界面可以包括以下特征中的某些或全部触摸屏显示器在触摸屏上的键盘。系统状态阳性警报·向其他系统(DMS、LIS、BCES&其他检测或识别仪器)的通信。试样容器状态取回试样容器视觉和听觉阳性指示物·USB接口(后备ups和外部系统接口)识别和/或表征结果、系统状态和错误信息的远程通知用户界面的具体的外观或布局不是特别重要的。结果被发送至输出装置1拟6(图31)，输出装置1拟6可以是计算机存储器、仪器显示器、打印机、寻呼机、移动电话、个人数字助理、电子邮件服务器或其他装置。结果将典型地包括以下中的一个或多个微生物剂的临床革兰氏类型、微生物剂的物种的识别和/或表征、或其他临床信息。试样容器500图31中示出的试样容器500被设计为保持和容纳样品并且可以采取标准培养瓶例如血液培养瓶的形式。瓶子的优选的实施方案结合用于识别/表征仪器104或离线设备内的瓶子500的自动读取的条形码(图31)。瓶子500包括将容器与环境密封开的具有可刺穿的隔膜的阻挡器(未示出)。可选择地，如果瓶子被既用于检测又用于自动识别，那么瓶子包括比色传感器，该比色传感器被形成或放置在瓶子的底部中以用于瓶子500中的微生物生长的存在的比色检测的目的。图1中示出的类型的试样容器是本领域中熟知的并且在本文件的背景部分中引用的专利文献中被描述，因此进一步的描述是不必要的。瓶子的配置不是特别重要的，并且本发明的系统和方法可以被配适成适合用于容纳样品的多种容器。因此，血液培养试样容器的本发明的描述是以示例而不作为限制的方式被提供。II.第一实施方案的详细描述(图31-56)图32示出了识别/表征仪器104的一个可能的配置，包括一次性物品的暗盒1900、用于阳性试样容器的机架或保持器1906、废物容器1908、机器人传递机构1910、被附接于或以其他方式耦合于机器人传递机构1910的样品移除设备1912、分离和浓缩站1916和识别和/或表征�？�1918。图33是图32的布置的俯视平面图。保持器1906包括三个机架，三个机架被定向为处在用于培育和例如从远程检测仪器或手动加载门来接收新的阳性试样容器的一种位置中。在图34中，机架被运动至用于从试样容器移除样品和将样品向分离装置1904中加载的位置。图35是在图34的位置中的识别/表征仪器的透视图，更详细地示出了识别/表征仪器104。保持器1906包括三个分离的机架2310，每个机架2310保持二十个试样容器500。机架2310作为单元而围绕水平轴线可旋转，将试样容器倾斜为向上的取向(在图35中示出)从而实现使试样容器通风的目的以及将试样容器倾斜为向下的取向(见图45)从而实现样品移除的目的。机器人传递机构1910包括竖直导轨2320和水平导轨23M。样品移除设备1912借助于被连接于导轨的轴环以及马达皮带驱动组件(未示出，但是是常规的)而从左至右和向上向下运动。因此，当试样容器呈向上的或向下的取向时，样品移除设备1912可以运动至三个机架2310中的瓶子位置中的任何位置。样品移除设备1912还可以通过沿着导轨2322滑动而向前和向后运动。图35还表示出仪器104包括电子设备2300，电子设备2300包括用于处理荧光测量的计算机19M、存储分析的结果的存储器2302以及另外的用于存储用于识别/表征仪器104的操作的程序代码的存储器或处理单元2304。电子设备2300优选位于在合适的面板(未示出)的后方。一次性物品的暗盒图35示出了被加载入识别/表征仪器104中的一次性装置的暗盒1900。暗盒1900包括多个取样装置1902和分离装置1904。分离装置1904在图36-41中示出。参照这些附图，分离装置由主体M02组成，主体M02界定储存器沈02和被连接于储存器沈02的毛细管2604。主体M02界定轴线沈08并且毛细管沈04被沿着轴线沈08定向。毛细管沈10的第一端被连接于储存器沈02，并且毛细管的第二端2612与端件2502的管部分2702连通。储存器通过可移除的帽M04来被接近，其中可移除的帽M04螺纹连接至在主体M02的顶部部分处形成的螺纹2502上。主体M02的下部分通过端件2502来封闭，其中端件2502借助于装配入主体中的相应的凹陷部沈06中的脊2704以及焊接或使用粘合剂而附着于主体。端件2502的底部壁2506具有如图38中表示的减小的厚度。端件结合有与主体M02的毛细管沈04对准的毛细管2702。紧邻毛细管的第二端的主体M02由光学透明材料制成；在图37的实施方案中，端件2502是光学上透明的，以利于位于毛细管沈04的底部处的被浓缩的微生物剂观04的光学询问。分离装置1904加载有密度溶液或“缓冲物”观02(图40)，被预加载有材料或较不优选地在识别/表征仪器内将材料加入分离装置中。图42和43示出了分离装置1904的其中分离装置1904的主体是一体构造的实施方案。壁3002提供对于毛细管沈02的下部分的支撑。紧邻毛细管沈04的下部分的主体由光学透明材料制成。图41示出了分离装置1904内的被浓缩的微生物剂观04的询问操作，该操作由图31和35的识别�？�1918来实施。来自光源的光沿着光纤四02经过并且被透镜系统四04引导至分离装置1904的基部。光刺激荧光从微生物剂观04的产生，并且荧光通过光纤四06被引导经过透镜四04和纤维四02到达识别�？�1918中的光谱色散系统(图31)，到达传感器阵列(1920，图1)。取样装置1902在图44中被示意性地并且部分不按比例地示出。装置1902可以采取注射器状的装置的形式，该注射器状的装置具有界定室3204的主体3200和有护套的针3202。室3204可以预加载有选择性的溶解缓冲剂3206。室3204的顶部被密封。室可以具有端口3208，端口3208允许取样装置被连接于真空或气动单元以利于通风或样品从瓶子500的取样。溶解缓冲剂3206可以被预加载入取样装置1902中，或其可以在使用时在仪器中加载入装置1902中。在一个实施方案中，被加载入取样装置1902中的溶解缓冲剂可以被设计用于预期被发现的物种。在一个可能的配置中，选择性的溶解缓冲剂的多个储存器存在于仪器104中，并且溶解缓冲剂中的被选择为对于被容纳在给定试样容器中的样品是最优的一种溶解缓冲剂在使用时被加载入取样装置1902。此外，样品可以被各自容纳有不同选择性的溶解缓冲剂的不同取样装置来重复。样品移除设备(取样头)1912图31和35的样品移除设备1912操作成从阳性检测容器500除去在阳性检测容器500中的生物样品的一部分，并且将该部分加入至从分离装置1900的供应部获得的分离装置1904。样品移除设备1912的物理配置可以根据试样容器、取样装置和分离装置的配置而采取多种形式。在图示的实施方案中，样品移除设备1912采取打开和关闭从而夹持取样装置1902和分离装置1904的关节指状物的形式。样品移除设备1912被运动至所需的位置，以借助于机器人传递机构1910的操作来取样并向分离装置中加载。通风和取样参照图45，样品移除设备1912被运动至一位置，在该位置，样品移除设备1912被直接地放置在暗盒1900中的取样装置1902中的一个的上方。样品移除设备1912的指状物夹紧取样装置1902并且设备1912被向上升高，从暗盒1900移除取样装置1902。如图46中所示的，试样容器500被向上倾斜。在瓶子的顶部处的阻挡器使用紫外光或消毒剂(例如漂白剂或醇)而被杀菌。如图47中所示的，瓶子通过将取样装置的针3202(图44)引入穿过瓶子500的阻挡器中的可刺穿的隔膜而被通风，将瓶子的内部内的压力平衡至环境条件的压力。取样装置的端口3208在该过程期间可以被连接于气动系统(1914，图31)，例如如下文的第二实施方案中所示的滚动线式泵(rollingdiagrampump)1710。如图18和19中所示的，机架2310然后被旋转至向下的取向。样品移除设备1912与气动系统共同地将测试样品(即试样样品的一部分)从瓶子500抽出而送入取样装置1902中。溶角军取样装置1902可选择地加载有约Iml的溶解缓冲剂3206(图44)。在本实施方案中，约2ml测试样品被从瓶子500移除，并且在测试样品加载入取样装置1902中之后例如通过装置1902的搅拌而在取样装置1902中与溶解缓冲剂混合。溶解操作对非微生物组分例如血细胞是选择性的，即微生物剂细胞不被溶解。溶解缓冲剂3206选择性地溶解可能在样品中存在的非期望的细胞(即非微生物细胞)，例如血细胞和/或组织细胞。非微生物细胞的选择性的溶解允许微生物从其他可能在样品中存在的组分的分离。因此，溶解溶液是能够选择性地溶解细胞例如非微生物细胞(例如通过溶解真核细胞膜)的一种溶解溶液。溶解溶液可以包含一种或多种洗涤剂、一种或多种酶、或一种或多种洗涤剂和一种或多种酶的组合。有用的洗涤剂可以包括一种或多种非变性的溶解性洗涤剂，例如TritonCA630、41~13801￥61￥200、81^][email protected]/97、0^3、辛基β_D_吡喃葡萄糖苷、皂苷和单十二烷基九乙二醇醚(C12E9，p0lid0Cen0l)。可选择地，可以包括变性的溶解性洗涤剂，例如十二烷基硫酸钠、N-十二烷基肌氨酸、脱氧胆酸钠、胆盐、十六烷基三甲基溴化铵、SB3-10、SB3-12、胺基硫代甜菜碱-14和C7Bz0。可选择地，还可以包括增溶剂，例如Brij98、Brij58、Brij;35、Tween80、Tween20、PluronicL64、PluronicP84、非洗涤剂硫代甜菜碱(NDSB201)、amphipols(PMAL-C8)、和甲基-β-环糊精。在一个实施方案中，聚氧乙烯洗涤剂可以是优选的。聚氧乙烯洗涤剂可以包含结构C12_18/E9_1(1，其中C12-18表示12至18个碳原子的碳链长度并且E9-10表示9至10个聚氧乙烯亲水头基团。例如，聚氧乙烯洗涤剂可以选自由Brij97、Brij96V、GenapolC_100、GenapolX_100、单十二烧基九乙二醇醚(polidocanol)、乙二胺四乙酸(EDTA)或其组合组成的组。溶解溶液还可以包含一种或多种酶。可以在溶解溶液中使用的酶包括但不限于消化核酸的酶和其他堵塞膜的材料(membrane-foulingmaterial)的酶(例如蛋白酶XXIII、脱氧核糖核酸酶、神经氨酸苷酶、多糖酶、[email protected]和Pectinex)。在另一个实施方案中，可以使用一种或多种另外的剂，包括例如还原剂例如2-巯基乙醇Q-Me)或二硫苏糖醇(DTT)，稳定剂例如镁、丙酮酸盐和湿润剂，和/或螯合剂例如乙二胺四乙酸(EDTA)。溶解溶液可以以任何适合于溶解所期望的细胞的pH来被缓冲，并且PH将取决于多种因素，包括但不限于样品的类型、待被溶解的细胞以及所使用的洗涤剂。在某些实施方案中，PH可以在约2至约13、例如约6至约13、例如约8至约13、例如约10至约13的范围内。合适的pH缓冲剂包括任何能够将pH保持在期望的范围内的缓冲剂，所述范围例如约0.05M至约1.OMCAPS。向分离装置1904中的分配以及分离/浓缩如图20A和20B中所示的，样品移除设备1912将取样装置1902(加载有被混合的溶解缓冲剂和样品溶液)携带至暗盒1900中的分离装置1902中的一个的位置。样品移除设备使用取样装置1902的针3202刺穿分离装置1904的帽，并且将0.5至1.Oml的测试样品+溶解缓冲剂混合物注射入分离装置1904的储存器中。分配还可以在使分离装置1904打开盖之后和在重新加盖之后重新加盖分离装置1904之后被进行。然后样品移除设备将取样装置1902传递至废物容器1908，如图50C中所示的，并且将其存放入废物容器中。在一个实施方案中，分离通过离心步骤进行，在离心步骤中样品(例如被溶解的样品)被放置在之前被加载在分离装置1904中的约Iml液相密度缓冲物观02(图40)的顶部上，并且装置1904在允许微生物被分离和浓缩的条件下(例如10，000g)被离心(例如微生物在分离装置1904的底部和/或侧面形成小球或小球状的团块)。“密度缓冲物”是指具有整个溶液的同质的密度的溶液。缓冲物的密度被选择成使得样品中的微生物穿过缓冲物，而样品的其他组分(例如血液培养肉汤、细胞碎片)保留在缓冲物的顶部或不穿过贯穿整个密度缓冲物。用于密度缓冲物观02的材料可以是任何具有对于本发明的方法合适的密度范围的材料。通常，缓冲物的密度在约1.025g/ml至约1.120g/ml的范围内。在一个实施方案中，材料是硅胶。硅胶可以是不被包覆的(例如Ludox(W.R.Grace，加利福尼亚州))或被例如硅烧(例如PureSperm(NidaconInt'1，瑞典)或Isolate(IrvineScientific，圣安娜，加利福尼亚州))或聚乙烯吡咯烷酮(例如PercollTM、PercollPlus(Sigma-Aldrich，圣路易斯，密苏里州))包覆的。硅胶可以以任何合适的介质来稀释，以形成合适的密度，例如平衡的盐溶液、生理盐水和/或0.25M蔗糖。合适的密度可以使用以约15%至约80%ν/ν例如约20%至约65%ν/ν浓度的硅胶来获得。另一种合适的用于密度缓冲物的材料是被碘化的对比剂,例如碘海醇(OmnipaqueNycoPr印""或Nycodenz)和碘克沙醇(Visipaque或Optift^p)。合适的密度可以使用以约10%至约25%w/v浓度的碘海醇或碘克沙醇获得。蔗糖可以被用作对于血液培养样品的以约10%至约30%w/v例如约15%至约20%w/v浓度的密度缓冲物。其他合适的可以被用于制备密度缓冲物的材料包括低粘度高密度油，例如显微镜浸镜油(例如TypeDF；CargilieLabs,纽约)、矿物油(例如Drakeol5、Draketex50、Peneteck；PenrecoCo.，宾夕法尼亚州)、硅油(聚二甲硅氧烷)、氟化硅油、硅凝胶、metrizoate-Ficoll(Lymphoft^p)，例如以对于血液培养样品的约75%至约100%的浓度，泛影酸葡聚糖(Polymorphoft印)，例如以对于血液培养样品的约25%至约50%的浓度，羧甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、聚环氧乙烷(高分子量)、PlUronicF127、PluronicF68,Pluronic化合物的混合物、聚丙烯酸、交联的聚乙烯醇、交联的聚乙烯吡咯烷、PEG丙烯酸甲基醚、果胶、琼脂糖、黄原胶、结冷胶、Phytage1、山梨糖醇、Fico11(例如以对于血液培养样品的约10%至约15%的浓度的Ficoll400)、甘油、葡聚糖(例如以对于血液培养样品的约10%至约15%的浓度)、糖原、氯化铯(例如以对于血液培养样品的约15%至约25%的浓度)、全氟化碳流体(例如全氟正辛烷)、氢氟烃流体(例如VertrelXF)，以及如本领域中熟知的类似物。在一个实施方案中，密度缓冲物选自硅胶、碘克沙醇、碘海醇、氯化铯、甲基泛影酸-Ficoll、泛影酸葡聚糖、蔗糖、ficoll400和/或葡聚糖的以任何组合的的一个或多个。密度缓冲物还可以由材料的组合组成，例如硅胶和油的组合。向分离和浓缩站(离心机)的传递如图51中所示的，在使用被混合的或被溶解的测试样品加载分离装置1904之后，样品移除设备1912取回被加载的分离装置1904，将其从暗盒1900提升出来，并且将分离装置1904运动至离心机1916。然后分离器1904被放置入离心机1916的保持器或加载位置中。样品中的微生物剂的分离和浓缩使用离心机1916而在分离装置1904内发生。分离步骤可以被实施成将微生物从样品的其他组分(例如非微生物或其组分)分离以及将微生物浓缩为为了识别和表征目的而能够被询问的小球。分离不必须是完全的，即不要求发生100%分离。全部的要求是，微生物从样品的其他组分的分离应当足以允许微生物的询问而没有来自其他组分的很大的干扰。离心机在高速下旋转分离装置1904，以将微生物剂浓缩在分离装置1904内的毛细管的底部中。溶解缓冲剂在非微生物细胞(例如血细胞)上的作用、分离装置1904内的密度溶液的存在以及离心的组合会导致微生物剂从被溶解的血液/肉汤混合物分离以及微生物剂在毛细管的底部中浓缩为小球或小球状的团块，如图40和41中所示的。在一个实施方案中，分离装置1904在站1916中使用甩开转头(swingoutrotor)来被离心，使得微生物直接在分离装置1904的底部上形成小球(在图8、10和13中示出的毛细管的底部中)。分离装置1904被在充分的加速度下离心并且持续充分的时间，以使微生物从样品的其他组分中分离(例如小球被形成)。离心加速度可以是约1，OOOXg至约20，000Xg、例如约2，500Xg至约15，000Xg、例如约7，500Xg至约12，500Xg等等。离心时间可以是约30秒至约30分钟、例如约1分钟至约15分钟，例如约1分钟至约5分钟。读取50被示出为毗邻于离心机而定位的识别和/或表征�？�(读取站1918)然后使用荧光光谱(例如固有荧光和/或漫反射率)、拉曼光谱或其他光学技术来询问被浓缩的微生物剂。在其他实施方案中，小球中的微生物可以使用质谱测定技术来被询问，例如MALDI-T0F质谱测定、解吸电喷雾电离(DESI)质谱测定、GC质谱测定、LC质谱测定、电喷雾电离(ESI)质谱测定和选择性离子流管(SIFT)光谱测定。如图22中所示的，识别和/或表征模块1918可以物理地定位成紧邻离心机1916，在这种情况下分离装置1904不需要被机器人传递机构进一步运动。可选择地，识别和/或表征�？�1918可以位于识别/表征仪器内的不同的位置中，并且机器人传递机构操作成将分离装置运动至识别和/或表征�？�1918的位置。向废物的传递在读取之后，如图23中所示的，机器人传递机构1910和样品移除设备1912操作成将分离装置1904从离心机1916提升，将分离装置1904侧向地传递并且将其放置在废物容器1908中。图M示出了废物容器1904容纳多个取样装置1902和分离装置1908。当废物容器1908装满时，其被从仪器移除并且然后被空的废物容器代替。在分离装置的处理之前，分离装置的下区域的摄影图像可以使用照相机(未示出)被取得，以验证分离过程并且提供关于分离物的身份的重要的信息，例如小球尺寸、形状、颜色和密度。被浓缩的微生物剂的外部处理虽然在上文的实施方案中被浓缩的微生物剂在其仍然位于分离装置1904内时被询问，但是可以从分离装置移除被浓缩的微生物剂并且直接地测试其以识别和/或表征微生物剂。在本变化形式中，参照图55，分离装置1904被传递至移除装置或站4302。在站4302，分离装置1904的帽M04被移除并且被浓缩的微生物剂观04被从分离装置1904移除。然后微生物剂经受一个或多个另外的测试。在一个可能的配置中，微生物剂被供应至分子诊断测试单元4310，分子诊断测试单元4310可以包括一次性测试条或类似物以及用于剂的识别的处理仪器。可选择地，微生物剂的样品可以被施用于MALDI质谱测定板4314，并且板可以被插入质谱测定单元4312中。可选择地，微生物剂可以被递送至微生物识别和/或表征测试装置4318(例如测试卡)，并且该卡可以被在处理仪器4316中被培育和测试。III.操作的方法流程图(图56A、B、C)现在将参照图56A-56C来描述在试样容器500经受检测和识别两个步骤的实施方案中的识别/表征仪器104的操作方法。过程在步骤4402处以样品向容器500中的一个容器的加载以及被加载的容器500向检测仪器的递送来开始(如在上文参照图1-30描述的)。见图77，仪器102。在步骤4404，容器500被加载入检测仪器102中，例如通过将检测容器放置在将容器递送至检测仪器的传送带上或通过手动地加载容器。(见图77和78和这些图的在下文的描述)在步骤4406，容器500被在检测仪器102内培育。在步骤4408，检测容器被读取(通过仪器102中的检测单元)。在步骤4410，检测容器的读取被分析以确定容器是否是阳性的。如果否，那么过程沿着否支链4411分支，并且检查计时器是否已经到期(步骤4412)。如果计时器已经到期，那么瓶子被认为是阴性的并且瓶子在步骤4414被传递至废物容器。否则，培育继续并且步骤4406、4408和4410周期地继续。如果在步骤4410检测容器是阳性的，那么过程前进至是分支4416。检测容器在步骤4418被运动至在检测仪器中的离开位置。在步骤4420检测容器被传递至识别/表征仪器104，例如通过将检测容器500运动至传送带上并且将其运动入识别/表征仪器的入口位置中(见图77)。传递可以通过某些其他方式发生，其的细节可以广泛地变化。在步骤4422(图56B)，检测容器被放置入识别/表征仪器104的机架2310中的一个中。机器人传递机构1910可以在本过程中使用。在步骤44M，检测容器被无菌地通风。本步骤可以在取样装置的拾取之前发生或可以在拾取取样装置之后发生，见图15和16。在步骤4似6，取样装置1902中的一个被从暗盒1900拾取。取样装置1902预加载有如图15中所示的选择性的溶解缓冲剂；可选择地，溶解缓冲剂被在本时刻加入取样装置。在步骤44，如果装配了覆盖取样装置的针3202的保护性帽(未示出)，则保护性帽被移除。在步骤4430，针3202被插入直立的被通风的容器500中(见图16和17)。在步骤4432，检测容器被反转(见图48和49)并且少量样品(例如2.Oml样品)被从容器500移除。在步骤4434，容器500被旋转至直立的取向并且取样装置1902的针3202被移除。在步骤4436，小体积(例如0.5ml样品)的空气被引入取样装置中。这可以使用被连接于取样装置的气动系统1914来自动地实现。在步骤4438，如果装配了用于针3202的保护性帽，则保护性帽被更换。在步骤4440，取样装置1902被反转和搅拌以将测试样品与选择性的溶解缓冲剂彻底混合。在步骤4442，如果装配了用于针3202的保护性帽，如果适合的话，则保护性帽被再次移除。(注意装配有合适的夹紧或夹持特征的站可以被提供，以用于自动地移除和更换针的帽或可选择地帽可以保留在针上，如在第二实施方案中描述的)在步骤4444，阳性的肉汤/溶解缓冲剂混合物的小部分被丢弃入废物容器中。在步骤4446，样品移除设备将取样装置1902运动至在分离装置1904中的一个的上方的位置(见图76)并且使用取样装置的针刺穿帽。分离装置1904预加载有本实施方案中的密度缓冲物。在一个可能的变化形式中，溶解缓冲剂还被加载入具有密度缓冲物的分离装置1904中并且样品和溶解缓冲剂的混合在分离装置1904内发生。在步骤4448，样品移除设备1912轻轻地将0.5ml至1.Oml的样品/溶解缓冲剂混合物(即溶解的样品)加入已经在分离装置1904的储存器中存在的密度缓冲物的顶部。见图50A和50B。在步骤4450，样品移除设备1912被运动至废物容器1908的位置并且取样装置1902被丢弃。见图50C。在步骤4452，样品移除设备返回至分离装置1904并且将其从暗盒1900拾取出来并且将其运动至分离和浓缩站1916的位置并且将分离装置1904放置入离心机中。见图51。在步骤4妨4，开始离心机循环。在步骤4456，在离心过程完成之后，分离装置被运动至识别和/或表征模块1918(读取站)。如果读取站紧邻离心机，那么离心机被旋转至读取位置，其中分离装置1904被定位以如11中所示的进行读取。在步骤4458，开始识别和/或表征�？橹械姆掷胱爸�1904的光学扫描(见图51、52)。在步骤4460，在读取操作完成之后，分离装置1904被放置入废物容器1908中(见图53,54)。B.询问步骤4458，和在识别�？�1918中的微生物的识别和/或表征一旦在样品中存在的微生物已经在分离装置1904中被分离和/或小球化，那么被分离的样品或小球可以在步骤4458中被询问(例如利用光谱方法)以表征和/或识别样品或小球化的微生物。询问可以以非侵入的方式发生，即小球可以在其保留在分离装置1904中时被询问。以非侵入的方式识别微生物、可选择地伴随使在分离和表征/识别过程中容器自始至终被保持密封(例如气密密封)以及使程序自动化的能力，这些能力避免了对被污染的和/或传染性的样品的持续操纵并且很大地增加了整个过程的安全性。此外，通过直接询问来表征和/或识别微生物而不用对样品或小球进一步处理(例如再悬浮、平板接种和菌落的生长)的这种能力很大地增大了可以进行识别/表征的速度。在一个实施方案中，光学光谱方法可以被用于分析微生物的一种或多种固有性质，例如在不存在另外的剂例如染色剂、染料、结合剂等等时在微生物内存在的性质。在其他实施方案中，光学光谱方法可以被用于分析微生物的一种或多种非固有的性质，例如仅在另外的剂的辅助下才能够被检测的性质。询问可以使用下述光谱来实施，例如荧光光谱法、漫反射光谱法、红外光谱法、太赫兹光谱法、透射和吸收光谱法、拉曼光谱或其组合，拉曼光谱包括表面增强拉曼光谱(SERS)、空间位移拉曼光谱(SORS)、透射拉曼光谱和/或共振拉曼光谱。光谱询问可以通过本领域技术人员已知的对于检测和/或识别微生物的一种或多种固有的或非固有的性质有效的任何技术来进行。例如，正面荧光(其中激发光和发射光进入和离开同一个光学表面，并且如果样品是大体上光学厚的，那么激发光穿透至样品中非常短的距离(见例如Eisinger，J.禾口J.Flores，“Front_facefluorometryOfliquidsamples(液体样品的正面荧光分析)”Anal.Biochem.94:15(1983))可以被用于小球中的微生物的识别。其他形式的测量，例如落射荧光、反射、吸收和/或散射测量，也可以在步骤4458中采用。典型地，光源或激发源导致样品的激发，随后在预确定的时间点或连续地进行样品的荧光的发射测量。相似地，来自激发源与样品的相互作用的反射光可以被测量，以提供与识别和/或表征有关的数据。从样品的发射可以通过光谱区分的任何合适的工具来测量，最优选采用分光计。在目前优选的实施方案中，对已知的微生物进行控制测量(例如荧光光谱)，从而允许使用本领域技术人员已知的各种数学方法将被测量的测试数据与关心的微生物的表53征相关联。来自已知的微生物的被测量的测试数据存储在机器可读的存储器中，例如在仪器104本身内的或在相关联的数据处理装置例如被连接的工作站内。例如，来自正在被仪器104测试的样品的数据可以利用本领域技术人员已知的或本领域技术人员能够开发的软件程序而被与基线或控制测量比较。更特别地，数据可以被许多的多变量分析方法分析，例如一般化判别分析(GDA)、偏最小二乘法判别分析(PLSDA)、偏最小二乘法回归、主成分分析(PCA)、平行因子分析(PARAFAC)、神经网络分析(NNA)和/或支持向量机(SVM)。这些方法可以被用于在对如上文描述的用于监测、检测和/或表征生物的系统进行设计时将正在被测试的样品中的关心的未知的微生物基于现有的命名法而分类为有关的组(例如物种)，和/或基于生物的新陈代谢、致病性和/或毒力而分类为天然存在的组。对于增强拉曼(SERS)和荧光信号，微生物可以在离心之前被金和/或银纳米粒子覆层，和/或内光学表面可以被具有特定的尺寸和形状的金属胶体预涂覆(参考文献=Lakowicz,Anal.Biochem.337:171(2005)用于参考荧光；Efrima等人，J.Phys.Chem.B.(Letter)102=5947(1998)用于参考SERS)。在另一个实施方案中，纳米粒子在离心之前在密度缓冲物中存在，并且在微生物经过密度缓冲物时与微生物相关联。样品照明源(见图41)或激发源可以选自任何数量的如本领域技术人员已知的合适的光源。可以使用电磁波谱的生成有用数据的任何部分。能够进行在紫外、可见和/或近红外光谱以及电磁波谱的其他部分中的发射的光源可以被使用并且是本领域技术人员已知的。例如，光源可以是连续灯，例如用于生成紫外光的氘或氙弧灯和/或用于生成可见/近红外激发的卤钨灯。这些光源提供宽发射范围，并且对于具体的激发波长的光谱带宽可以使用光学干涉滤光片、棱柱和/或光栅来被减�。绫玖煊蛑惺熘�。可选择地，多个窄带光源，例如发光二极管和/或激光器，可以在空间上和/或在时间上是多路的，以提供多波长激发源。例如，从MOnm至大于900nm的发光二极管是可用的，并且光源具有20-40nm(半最大值全宽度)的光谱带宽。在从紫外至近红外的分立的波长方面激光器是可用的，并且可以使用为本领域技术人员所熟知的多路方法来采用激光ο这些光源中的任何的光谱选择性可以通过使用光谱区分工具例如扫描单色器而被改进。其他的区分的方法可以被使用，如本领域技术人员已知的，例如声光可调滤波器、液晶可调滤波器、一系列光学干涉滤光片、棱镜光谱仪等等，以及以任何组合的形式。在选择光谱鉴别器时的一种考虑将调整能力的范围以及选择性的水平考虑在内。例如，以例证的方式，鉴别器可以利用具有IOnm的选择性的300-800nm的波长范围。这些参数大体上确定为了实现调整能力范围以及选择性所必需的最优的技术。典型地，光源导致样品的激发，随后在预确定的时间点或连续地进行样品的荧光的发射测量。相似地，来自激发源与样品的相互作用的反射光可以被测量，以提供与检测和/或表征有关的数据。从样品的发射可以通过光谱区分的任何合适的工具来测量，最优选采用分光计。分光计可以是扫描单色器，该扫描单色器检测特定的发射波长，由此使来自从该单色器的输出被光电倍增管检测；和/或分光计可以被配置为成像摄谱仪，由此输出被成像检测器阵列例如电荷耦合器件(CCD)检测器阵列检测。在一个实施方案中，鉴别器允许荧光和/或散射信号通过光电检测工具(例如光电倍增管、雪崩光电二极管、CCD检测器阵列和/或电子倍增电荷耦合器件(EMCCD)检测器阵列)来观察。分光技术用于获得这样的测量，即被优选提供为激发-发射矩阵(EEM)测量。如在本文中使用的，EEM被定义为荧光物质的发光光谱发射强度，其作为激发波长和发射波长二者的函数，并且EEM包括全光谱或其子集，其中子集可以含有单一的或多个的激发/发射对。此外，具有固定的激发波长的EEM的横截面可以用于示出对于具体的激发波长的发射光谱，并且具有固定的发射波长的EEM的横截面可以用于示出对于样品的激发光谱。在一个实施方案中，多个EEM在多于一个具体的激发-发射波长对下被测量，例如至少在2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个具体的激发-发射波长对下。已经发现，正面荧光光谱提供在测量高度散射的且高度淬火的样品的荧光和/或反射性质中的优势。在一个实施方案中，正面方法可以是特别有用的。例如，正面荧光可能在高度吸收性的样品中是特别有用的，这是因为激发束和发射束不需要行进经过样品的大部分，并且因此可以几乎不被其中可能所含有的干扰组分(例如血细胞和微生物培养基)影响。分离装置1904的光学表面可以以使得提供可接受的结果的角度来被照明，如本领域技术人员已知的，(例如Eisinger,J.禾口J.Flores,“Front—facefiuorometryofliquidsamples(液体样品的正面荧光分析法)”Anal.Biochem.94:15-21(1983))。在一个实施方案中，系统被设计为使得光谱系统除了以最小的一个固定角度来测量被发射的荧光外，还以最小的一个固定角度来测量被漫反射的光。在又另一个实施方案中，来自将试样容器检测为“阳性”的检测系统(图77中的项102)的非光谱测量，例如探测时间和生长速率，可以被用于辅助对来自被分离的样品或小球的微生物进行表征和/或识别。此外，从分离装置的下区域的摄影图像取得的测量可以提供与被分离物的身份有关的重要信息，例如小球尺寸、形状、颜色和密度。在某些实施方案中，对被分离的样品或小球中的微生物的表征和/或识别不需要涉及精确的物种的识别。表征包括生物颗粒的宽泛的编目或分类以及单一的物种的实际的识别。对来自被分离的样品或小球的微生物的分类可以包括微生物的表型和/或形态特征的确定。例如，生物颗粒的表征可以基于可观察到的差异例如组成、形状、尺寸、成簇和/或新陈代谢而被实现。在某些实施方案中，所关心的生物颗粒的分类可以不需要在先知晓给定的生物颗粒的特征，而是仅需要与经验上的测量存在一致的相关性，从而使这种方法比基于具体的结合事件或代谢反应的方法更通用并且更容易地可适应。如在本文中使用的，“识别”意指确定先前未知的微生物属于什么科、属、物种和/或菌株。例如，识别先前未知的微生物属于什么科、属、物种和/或菌株级别。在某些情况下，表征包括分类模型，分类模型提供对于待被采取的行动足够有用的信息。如在本文中使用的，优选的分类模型包括组成以下中的一个或多个(1)革兰氏组；⑵临床革兰氏组；⑶治疗组；⑷功能组；以及(5)自然固有荧光组。(1)革兰氏组在革兰氏组分类内，微生物可以基于它们的革兰氏染饩反应和总尺寸而被放置入三个宽泛的分类种类中的一个中，所述组选自以下中的一个或多个(a)使用革兰氏染色被染成深蓝色的革兰氏阳性微生物；(b)使用革兰氏染色被染成红色的革兰氏阴性微生物；和(c)酵母细胞，其使用革兰氏染色被染成深蓝色但是在它们的形态特征和尺寸上是与细菌不同的非常大的圆形细胞。(2)临床革兰氏组革兰氏组还可以被分为代表区别件的形杰特征的多个亚类。这些亚类包括所有的被有经验的实验室技术人员报告的相关的临床信息，并且因此提供比阳性的或阴性的革兰氏反应更高的水平的识别。这种具体的分类是非常有利于的，这是因为其通过使用自动化系统来提供临床上等效的相关的信息从而消除了对依赖于革兰氏染色的品质和/或读取显微镜涂片的技术人员的技术水平的顾虑。更具体地，微生物的基于这种分类模型的亚类可以选自以下中的一个或多个(a)球菌，其是小的圆形的细胞；(b)双球菌，其是被结合在一起的两个小的圆形的细胞；(c)杆状菌(rods)，其是矩形的形状；以及(d)杆菌，其是杆状的。这些可以通过另外的形态信息被确定的亚类的实例包括(I)革兰氏阳性球菌；(ii)成链状的革兰氏阳性球菌；(iii)成簇状的(即“葡萄状”的团簇)革兰氏阳性球菌；(iv)革兰氏阳性双球菌；(ν)革兰氏阳性杆状菌；(Vi)具有内生孢子的革兰氏阳性杆状菌；(vii)革兰氏阴性杆状菌；(viii)革兰氏阴性球杆菌；(ix)革兰氏阴性双球菌；(x)酵母；以及(xi)丝状真菌。(3)治疗组治疗组包括多个微牛物物种，这㈣微牛物物种在被从具体的试样类型分离时被同一类的抗生素或抗生素的混合物治疗(例如，如在“SanfordGuidetoAntimicrobialTherapy2008”中描述的)。在很多情况下，临床医生不需要种级别的身份来使得能够进行从初始的经验疗法向更有针对性的疗法的改变，这是因为多于一个物种可以被抗生素的同一个选择治疗。这种分类级别正确地将这些“相同治疗”的微生物置于单一的治疗种类中。这种表征水平的实例包括将高度抵抗性的肠杆菌科(EB)物种与敏感的EB物种(来自大肠杆菌(E.coli)的肠杆菌属菌(Enterobacterspp.))区别开，或将对氟康唑抵抗性的念珠菌属(Candida)物种(光滑念珠菌(C.glabrata)和克鲁斯念珠菌(C.kruzei))与敏感的念珠菌属物种(白色念珠菌(C.albicans)和近平滑念珠菌(C.parapsilosis))区别等等。(4)功能组根据本发明，微生物还可以基于新陈代谢的、毒力的和/或表型的特征的组合而被置于多个组中。非发酵性生物可以与发酵性生物被清楚地区分。此外，生成溶血素的微生物物种可以独立于非溶血的物种而被分组。在某些情况下，这些组代表比属级别更宽泛的种类(例如大肠菌类、革兰氏阴性的非发酵的杆状菌)，某些处于属级别(例如肠球菌属(Enterococcus)、念珠菌属)，并且某些具有更接近于种级别的分辨(例如对凝固酶阴性的葡萄球菌、α-溶血性链球菌、β-溶血性链球菌、对凝固酶阳性的葡萄球菌即金黄色葡萄球菌(S.aureus))。(5)自然固有荧光(“IF”)组微生物还可以基于通过其自然的和/或固有荧光特征而组合在一起的自然趋势来被置于各个种类中。这些组中的某些可以是与治疗组种类和功能组种类所共有的。这些分组可以包括具有特征性IF特征的分别的物种，例如粪肠球菌(E.faecali)、化脓性链球菌(S.pyogenes)或铜绿假单胞菌(P.aeruginosa)，和/或可以含有具有相对保守的IF特征的小生物群落，例如肺炎克雷伯氏菌(K.pneumoniae)-产酸克雷伯氏菌组(K.oxytoca)或产气肠杆菌(E.aerogenes)-阴沟肠杆菌(E.cloacae)组。除为了识别目的而测量微生物的固有性质(例如固有荧光)之外，方法可以使用另外的识别物剂以辅助分离和/或识别过程。结合于特定的微生物的剂，例如亲合力配体，可以被用于分离微生物，以识别微生物的类别或物种(例如通过结合于独特的表面蛋白质或受体)和/或识别微生物的特征(例如抗生素抗性)。有用的识别物剂包括但不限于单克隆和多克隆抗体及其片段(例如用于金黄色葡萄球菌识别的抗-Eap)、核酸探针、抗生素(例如青霉素、万古霉素、多粘菌素B)、适体、肽模拟、噬菌体衍生的结合蛋白、凝集素、宿主天然免疫生物标记物(急性期蛋白、LPS结合蛋白、CD14、甘露糖结合凝集素、鸣钟状受体)、宿主防卫肽(例如防御素、抗菌肽、proteogrins、蛙皮素)、细菌素(例如抗生素，例如乳酸链球菌素、美杀菌素、表皮素、gallidermin,以及植物乳杆菌素C、以及II型肽)、噬菌体、以及对核酸选择性的染料、脂质、碳水化合物、多糖、胶囊剂/粘液或蛋白质、或其的组合任何。如果剂本身不给出可检测信号，那么剂可以被标记以提供可检测信号，例如通过将剂共轭于标记物(例如可见的或荧光的)。标记物包括但不限于荧光的、发光的、发磷光的、放射性的和/或比色的化合物。剂可以在本发明的方法中的任何步骤被加入微生物，例如当样品被获得时、在溶解期间和/或在分离期间。在某些实施方案中，剂在小球中的存在可以在小球的询问期间被确定。其他有用的识别物剂包括微生物酶的底物、螯合剂、光增敏剂、猝灭剂、还原剂、氧化剂、缓冲剂、酸、碱(base)、溶剂、固定剂、洗涤剂、表面活性剂、消毒剂(例如醇、漂白剂、过氧化氢)以及有毒化合物(例如叠氮化钠、氰化钾)以及代谢抑制剂例如环己酰亚胺等等。相似地，用于测量微生物细胞生活力、新陈代谢和/或膜电位的许多荧光化合物可以在本发明中被用作识别物剂。如本领域技术人员将容易地意识到的，具体的微生物对于任何影响其物理状态或新陈代谢的化合物例如抗生素的敏感性可以通过将该化合物加入样品、溶解缓冲剂、密度缓冲物或其的任何混合物中而被迅速地确定。现在将参照图81-89来描述用于使用固有荧光对样品中的微生物剂进行识别和/或表征的方法的一个实施方案。基本地，该方法可以被实施为一系列的处理指令，该一系列的处理指令被存储在存储器中并且使用常规的数据处理器或计算机来执行。该方法执行图81A-81C中示出的算法，其被设计为在给出来自预先限定组的发射波长的分离物的固有荧光(IF)扫描下，提供对血液培养分离物(被浓缩的小球)的识别。在优选的实施方案中，所述方法被编码以作为实施多级别识别算法的软件指令，不同的级别相应于分类层系的不同的级别。取得输入数据并且确定微生物的识别的传统的分类算法使用单一的分类模型。当被给予来自以未知生物的在预先确定组的波长下的固有荧光扫描的数据时，多级别识别算法根据分类层系的分支——革兰氏类别、科和物种而将生物分类。独特的特征是在从最高的革兰氏类别至最低的物种的每个识别步骤使用独立的分类模型。此外，该方法结合了平行的分类模型的使用，以评估结果之间的一致性。因此，精确的识别和/或表征的概率被最大化，并且不正确的识别或表征结果的产生被最小化。多级别分类层系分类方法适用于除了固有荧光数据之外的其他数据集(例如其可以被用于拉曼光谱数据或质谱数据)。识别方法包括一组数据预处理步骤(被示出为图81A的块5102、5104和5106)以及一组分析步骤(图81B、81C中的其余的块5108、5110等等)。该方法以分类层系的多级别来确定生物的识别。预处理步骤被设计为获取IF扫描数据，并且进行使给定的生物组或物种内的微生物剂的不同菌株之间的变化最小化的数据变换。数据分析步骤使用平行的分类模型来实施多级别的识别，作为将从以下的讨论被理解的。如上文提出的，优选的实施方案提供以革兰氏级别、科级别和物种级别的生物识另|J。在血液培养物中普遍发现的可以被算法识别的生物包括但不是必须受限于表格1中列出的那些。明显地，对于不同的应用(例如食品、水、环境样品等等)，生物可以是不同于表1中列出的那些生物，然而方法是相同的。表1固有荧光算法识别生物列表权利要求1.一种用于对样品中的微生物剂进行快速的检测以及识别和/或表征所述微生物剂的自动化系统，组合地包括检测仪器，其接收容纳样品的试样容器，所述检测仪器包括检测单元以及被加热的包围物，所述被加热的包围物用于培育所述试样容器，所述检测单元询问所述试样容器以检测所述试样容器是否对于所述样品中的微生物剂的存在是阳性的；一次性分离装置的供应部；以及识别/表征仪器，其接收被所述检测仪器检测为是阳性的试样容器，所述识别/表征仪器包括(a)样品移除设备，其操作成从所述试样容器移除所述样品的部分并且将所述部分加入从所述分离装置的供应部获得的分离装置；(b)分离和浓缩站，其是在接收所述样品的所述部分之后在所述分离装置上操作，从而将所述微生物剂从所述样品中的其他产物分离并且在所述分离装置内浓缩所述微生物剂；以及(c)识别和/或表征�？椋溲仕ㄋ醯奈⑸锛烈允侗鸷�/或表征所述微生物剂。2.根据权利要求1所述的系统，还包括用于将阳性的试样容器从所述检测仪器传递至所述识别/表征仪器的机器人传递机构。3.根据权利要求2所述的系统，其中所述检测仪器和所述识别/表征仪器被集成为单一的系统，并且以实质上全自动化的方式操作以检测微生物生长为阳性的试样容器以及识别和/或表征所述微生物剂。4.根据权利要求2所述的系统，其中所述试样容器包括血液培养瓶并且其中所述生物样品包括血液的样品。5.根据权利要求1所述的系统，其中所述试样容器包括可刺穿的元件，并且其中所述识别/表征仪器包括一次性取样装置的供应部并且操作成使用所述取样装置中的一个取样装置从所述试样容器移除所述样品的所述部分。6.根据权利要求5所述的系统，其中所述取样装置容纳选择性的溶解缓冲剂。7.根据权利要求1所述的系统，其中所述分离和浓缩站包括离心机，并且其中所述离心机将所述分离装置的一部分中的所述微生物剂浓缩。8.根据权利要求7所述的系统，其中所述分离装置容纳密度缓冲物和选择性的溶解缓冲剂中的至少一种。9.根据权利要求7所述的系统，其中所述分离装置包括内毛细管，并且其中所述毛细管的外周部分容纳所浓缩的微生物剂，并且其中所述识别和/或表征�？椴僮鞒裳试谒龇掷胱爸媚诘乃ㄋ醯奈⑸锛�。10.根据权利要求9所述的系统，其中所述分离装置至少部分地由透明材料制成。11.根据权利要求10所述的系统，其中所述识别和/或表征模块包括用于检测所浓缩的微生物剂的固有荧光的仪器。12.根据权利要求1所述的系统，其中所述识别和/或表征�？榘ㄓ糜诙运ㄋ醯奈⑸锛两欣馄椎南低�。13.根据权利要求1所述的系统，其中所述识别和/或表征�？榘ㄓ糜诖铀龇掷胱爸没竦盟ㄋ醯奈⑸锛恋难返淖酉低常⑶宜鍪侗鸷�/或表征�？樵谒ㄋ醯奈⑸锛链铀龇掷胱爸玫囊瞥笱仕ㄋ醯奈⑸锛�。14.根据权利要求1所述的系统，其中所述识别和/或表征仪器包括预加载有选择性的溶解缓冲剂的一次性取样装置的源。15.根据权利要求1所述的系统，其中所述识别和/或表征仪器包括多个容器，每个容器容纳不同的选择性的溶解缓冲剂。16.一种用于对样品中存在的微生物剂进行快速的识别和/或表征的方法，所述样品被加载入试样容器中，所述方法包括以自动化的方式进行以下步骤(a)培育所述试样容器；(b)周期性地询问所述试样容器，以确定所述试样容器是否对于所述试样容器内的微生物剂的存在是阳性的；(c)当所述试样容器被确定为是阳性的时，从所述试样容器抽出所述样品的部分；(d)将所述生物样品的所述部分引入一次性分离装置中；(e)在进行步骤(d)之前或之后，将所述生物样品的所述部分中的组分溶解；(f)在所述分离装置内分离和浓缩所述微生物剂；以及(g)分析所浓缩的微生物剂以识别和/或表征所述微生物剂。17.根据权利要求16所述的方法，其中步骤(a)-(g)在集成的检测和识别/表征仪器内自动地进行。18.根据权利要求16所述的方法，其中分析步骤(g)包括对所浓缩的微生物剂进行光谱分析的步骤。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述光谱分析包括(i)固有荧光光谱或(ii)拉曼光谱中的一种。20.根据权利要求16所述的方法，还包括步骤(f)(1)从所述分离装置抽出所浓缩的微生物剂，并且其中步骤(g)在所浓缩的微生物剂从所述分离装置抽出之后对所浓缩的微生物剂进行。21.根据权利要求18所述的方法，其中分析步骤(g)包括下述中的至少一个(i)对所浓缩的微生物剂进行光谱分析，(ii)对所浓缩的微生物剂进行质谱测定，(iii)对所浓缩的微生物剂进行分子测试和(iv)将所浓缩的微生物剂引入微生物表征测试装置中并且使所述测试装置经受分析。22.根据权利要求16所述的方法，其中步骤(f)包括使所述分离器装置离心的步骤。23.根据权利要求16所述的方法，其中步骤(c)包括将所述样品的部分抽出而送入至一次性取样装置中的步骤，并且其中步骤(d)包括将所述样品的所述部分分配入所述分离装置中。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述一次性取样装置或所述分离装置中的一个预加载有选择性的溶解缓冲剂。25.根据权利要求23所述的方法，还包括将所述样品的所述部分与选择性的溶解缓冲剂在用于从所述试样容器抽出所述样品的所述部分的一次性取样装置内混合的步骤，其中混合步骤在进行步骤(d)之前被进行。26.根据权利要求16所述的方法，其中步骤(a)和(b)在自动化检测仪器中进行，并且其中步骤(c)、(d)、(e)和(f)在自动化识别和/或表征仪器中进行。27.根据权利要求沈所述的方法，还包括自动地将试样容器从所述自动化检测仪器传递至所述自动化识别和/或表征仪器的步骤。28.根据权利要求27所述的方法，其中所述自动化检测仪器被结合在所述自动化识别和/或表征仪器内。29.一种用于对微生物剂进行快速的表征和/或识别的自动化方法，包括以下步骤(a)提供检测子系统和检测设备，所述检测子系统具有入口位置，所述入口位置用于接收容纳有待测试的样品的试样容器，所述检测设备用于检测何时试样容器对于所述试样容器内的样品中的微生物剂的存在已变为是阳性的；(b)当试样容器已变为阳性时，自动地将所述试样容器运动至远离所述检测子系统的识别和/或表征子系统；(c)在所述表征和/或识别子系统内，自动地进行以下步骤(1)从所述试样容器抽出所述样品的部分；(2)将所述样品的所抽出的部分分配入一次性分离装置中；(3)将所述样品的所抽出的部分内的微生物剂在所述分离装置内浓缩；以及(4)分析所浓缩的微生物剂以表征和/或识别所述微生物剂。30.根据权利要求四所述的方法，其中所述样品包括生物样品，并且其中所述方法还包括将所述样品的所抽出的部分中存在的组分溶解的步骤。31.根据权利要求四所述的方法，其中所述方法还包括以下步骤从所述分离装置移除所浓缩的微生物剂，和在从所述分离装置移除所浓缩的微生物剂之后进行分析步骤(e)G)。32.根据权利要求四所述的方法，其中步骤(e)(4)在所述微生物剂在所述分离装置内被浓缩时进行。33.根据权利要求31所述的方法，其中分析步骤(e)(4)包括对所浓缩的微生物剂进行光谱分析。34.根据权利要求32所述的方法，其中所述光谱分析包括固有荧光光谱。35.根据权利要求四所述的方法，其中浓缩步骤(e)(3)包括使所述分离器装置离心。36.根据权利要求四所述的方法，其中所述样品包括血液，并且其中所述试样容器包括血液培养瓶。全文摘要一种检测仪器确定试样容器(例如血液培养瓶)是否对于在其中的微生物剂生长的存在是阳性的。当容器被认为是阳性的时，其变为可用于(例如被传递或暴露于)进行微生物剂的识别和/或表征的自动化仪器。识别和/或表征仪器从试样容器移除样品的一部分并且将其放置入一次性的分离和浓缩装置中。微生物剂通过可选择的对可能存在的非微生物剂细胞材料的选择性的溶解以及通过离心而被浓缩。读取�？槭褂霉馄追椒ɡ绻逃杏獾牟饬坷炊寥”慌ㄋ醯奈⑸锛�。这样的询问可以在微生物剂保持在一次性装置中被浓缩时发生。文档编号G01N35/04GK102460180SQ201080031260公开日2012年5月16日申请日期2010年5月14日优先权日2009年5月15日发明者克里斯托弗·S·龙西克,布拉德福德·克莱,琼斯·海曼,瑟曼·索普,约翰·D·沃尔什,罗尼·J·鲁宾逊,马克·S·威尔逊申请人:生物梅里埃有限公司
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