专利名称：用于非共价增强受体结合的方法和组合物的制作方法
用于非共价增强受体结合的方法和组合物本申请要求2008年1月4日提交的美国临时申请61/010，007的优先权，该申请
以其整体结合于此。
背景技术：
许多配体以二聚物结合于它们的受体上。实例包括碱性成纤维细胞生长因子 (bFGF、FGF-2)、转化生长因子0 (TGF-0 )、促红细胞生成素(EP0)、粒细胞集落刺激因子 (G-CSF)以及生长激素(GH)。在一些情况下，已经证明，单体共价连接在一起形成二聚物， 可增强配体与受体的结合和随后的信号转导。多个专利申请描述了此种共价连接的配体二 聚物。
发明内容
我们并没有建立配体单体共价键合的增强结合的二聚配体，而是产生了通过形成 非共价键而增强的受体结合，例如，通过有机分子与一个或多个配体单体、以及在一些情况 下，与包括受体本身的另一个参与受体介导的细胞的过程的分子之间的范德华力或静电相 互作用。有机分子-配体相互作用导致配体/受体“结合(on time)”延长、信号转导增强 和生物/治疗活性提高。因此，总的来说，本发明的特征在于使受体结合的配体与有机分子(体外或体内) 接触，该有机分子可以是小分子(即，非肽有机分子)，或肽，该非共价结合至该配体以及针 对该受体的另一配体(第一配体的第二拷贝、或第二不同的配体)、受体本身、或二者。本发明一方面，特征在于增强第一配体与细胞受体结合的方法，该方法是通过使 第一配体与外源有机分子接触而实现的，该外源有机分子非共价结合至第一配体上并非共 价结合至(i)针对受体的第二配体(该配体可与第一配体相同或不同)或(ii)该受体本 身上。该接触可以在体外、体内，或通过计算机模拟进行。相关方面，本发明的特征在于治疗人患者中病症(medical condition)的方法，该 方法是通过向患者给予足以治疗该病症的量的有机化合物而实现的，该有机化合物非共价 结合至针对细胞受体的第一配体上，以及非共价结合至(i)针对受体的第二配体(该配体 可与第一配体相同或不同)或(ii)受体本身上，从而增强第一配体与受体的结合。示例性 病症包括脑血管疾病、外周血管疾病、心血管疾病和贫血症。本发明进一步的特征在于识别增强第一配体与细胞受体结合的有机分子的方法， 该方法通过在计算机模拟中确定有机分子是否非共价结合至第一配体，以及是否非共价结 合至(i)针对受体的第二配体(该配体可与第一配体相同或不同)或(ii)受体本身，导 致第一配体与受体的结合增强而实现。在本方法中，该有机分子可选自基于其化学和物理 性质的文库，例如以下中的一种或多种存在氢键供体的、存在氢键受体的、分子量、元素组 成、溶解度、反应性、稳定性、毒性和亲油性。该有机分子也可只包括选自C、0、N、S、P、F、C1、 Br、I、B、Na、K、Mg 和 Ca 的元素。该有机分子可用于制备给予患者的含配体复合物，或者，更优选地，它们可给予患
6者(优选口服)，以便在给予之后在患者体内发生例如与FGF-2或EP0的非共价结合。因 此，本发明的特征在于一种药物组合物，该药物组合物包含细胞受体的第一配体和/或非 共价结合至第一配体以及(i)针对受体的第二配体(该配体可与第一配体相同或不同)或 (ii)受体本身以增强第一配体与受体的结合的有机分子；以及(c)药用载体。此外，本发 明的特征在于包括药学有效量的图3、4、12或13的化合物及药用载体的药物组合物。本发明的特征还在于四分子EP0的四聚物，其中每个分子都非共价结合至两个其 他的EP0分子。该四聚物可进一步包括两个外源有机分子，该有机分子可稳定两个或两个 以上EP0分子之间非共价键的形成。两组两分子EP0优选经过Ala-l、Pro-2、Pro-3、Arg-4、 Leu-5、Ile-6、Cys-7、Asp-8、Cys-161、Arg-162、Thr-163、Gly-164、Asp-166，和 / 或 Arg-167 非共价结合。存在于该四聚物中的任何外源有机分子，可非共价结合至两分子EP0的每个 分子中的这些残基的一个或多个，从而增强这两个EP0分子的结合。第一配体是，例如，肽(少于30个氨基酸)、多肽(31到100个氨基酸之间)、或蛋 白质(多于100个氨基酸)。在优选的实施方式中，第一配体是FGF-2或EP0，受体是FGF-R1 或EP0-R。两个或两个以上配体之间和/或配体与其受体之间相互作用的示例性位点包括 (i)FGF-2 的 Asn-27、Arg-120、Thr-121、Lys-125、Lys-129、Gln-134、Lys-135、和 Ala-136 ； 以及 FGF-R1 的 Glu-159、Lys-160、Lys-163、Lys-172、Thr-173、Phe-176、Lys-177、Lys-207、 Val-208、Arg-209、Thr-212、Ile-216、Met-217、Asp-218、和 Ser-219 ； (ii) FGF-2 的 Arg-97、 Leu-98、Glu-99、Ser-100、Asn-101、和 Asn-102 ；以及 FGF-R1 的 Pro-169、Ala-170、Ala_171、 Asp-217、Ser-218、Val-219、Val-220、Pro-221、Ser-222、Asp-223、Val-248、Glu-249、 Arg-250、和 Ser-251 ； (iii)两分子 EPO 的每个分子中的 Ala_l、Pro_2、Pro_3、Arg_4、 Leu-5、Ile-6、Cys_7、Asp_8、Cys-161、Arg-162、Thr-163、Gly-164、Asp-166、和 Arg-167 ； (iv)EPO-R 的 Thr-148、Pro-149、Met-150、Thr-151、Ser-152、His-153、Arg-154、Leu-175、 Glu-176、Gly-177、和 Arg-178 ；以及 EPO 的 Asp-8、Ser-9、Arg-10、Val-ll、Leu-12、Glu_13、 Arg-14、Tyr-15、Leu-16、Leu-17、Glu-18、Ala-19、Lys-20、Glu-21、Ala-22、Glu-23、和 Lys-24。本发明有机分子优选结合至(多个)配体中的每个配体和/或配体和受体上这 些残基中的至少一个。在其他实施方式中，该有机分子结合至两个配体之间或配体和受 体之间的至少2、3、4、5或更多残基上。有机分子也可结合至受体的多个分子(multiple molecule)上。应当理解，对象之间的生物变异性可导致上述识别的残基中的一个不存在 或改变。本发明包括有机分子在所有生物学形式中用于增强FGF-2和EP0的受体结合的用 途。在特定的实施方式中，相比不存在有机分子情况下的解离速率(off-rate)，有机 分子可使配体/受体结合的解离速率降低到二分之一、五分之一、十分之一、百分之一或更 小。可替换地，或另外，该有机分子以5-200kJ/mol的强度结合至配体和/或受体。在其它 实施方式中，该有机分子不是肽，且分子量在150和5，000之间。从下面的描述、附图和权利要求可明显看出其他特征和优点。
图1是FGF-2/FGF-R1位点I的示图；有机分子可在这个位点同时结合至2个 FGF-2配体和2个FGF-R1受体分子。
图2是FGF-2/FGF-R1位点II的示图；有机分子可在这个位点同时结合至2个 FGF-2配体和2个FGF-R1受体分子。图3是在计算机模拟中被识别为能够结合至图1的位点I的有机分子的列表。图4是在计算机模拟中被识别为能够结合至图2的位点II的有机分子的列表。图5是结合至图1的位点I的有机分子的示图。可以看出，这些分子共有通用的 结构特征。图6是结合至图2的位点II的有机分子的示图。可以看出，这些分子共有通用的 结构特征。图7是结合至图1的位点I的示例分子的示图。图8是结合至图2的位点II的示例分子的示图。图9是EP0/EP0-R位点I的示图；有机分子可同时结合至2个EP0分子。图10是EP0/EP0-R位点II的示图；有机分子可同时结合至1个EP0分子和2个 EP0-R受体分子。图11是EP0的非共价四聚物的示图。图12是在计算机模拟中被识别为能够结合至图9的位点I的有机分子的列表。图13是在计算机模拟中被识别为能够结合至图10的位点II的有机分子的列表。图14是结合至图9的位点I的有机分子的示图。可以看出，这些分子共有通用的 结构特征。图15是结合至图10的位点II的有机分子的示图。可以看出，该分子共有通用的 结构特征。图16是结合至图9的位点I的示例分子的示图。图17是结合至图10的位点II的示例分子的示图。图18是示出在肝素浓度增大时FGF-2活性提高的图。
具体实施例方式总的来说，本发明提供了方法和组合物，其中有机分子增强配体与其受体的结合。 例如，通过有机分子非共价结合至多个配体(相同或不同)上形成二聚物或更大的聚合物， 例如，四聚物，或者通过有机分子非共价结合至配体(或多个配体)和受体(或多个受体) 上，可产生增强作用。这些类型的非共价相互作用的组合也包括在本发明中。使用在此描述的步骤和试验，可确定有机分子(本文有时也称为化合物)结合至 特定配体的能力。在此描述的许多单个化合物和多个类别的化合物已被广泛研究，且化合 物可以商购或使用有机化学领域中已众所周知的步骤合成。也可在计算机模拟中对本发明 有机分子进行设计。选择或设计结合至两个配体分子和/或配体与其受体的界面上位点的 化合物。本领域技术人员应当理解，有许多方法可用来选择或设计本发明的化合物，参见， 例如，U. S. 2006/0194821。这种设计或选择可从选择满足界面结合位点的各种部分开始。有许多方法可用来选择满足个别界面结合位点的部分。这些方法包括活性位点的 物理模型或计算机模型的视觉检测(visual inspection)和使选择的部分进入各种结合位 点中的模型手动对接(manual docking)。也可使用本领域中已众所周知的和可得到的建模 软件(模拟软件)。这些建模软件包括QUANTA (Molecular Simulations公司，伯灵顿，马萨诸塞州)和SYBYL (分子建模软件，Tripos Associates公司，圣路易斯，密苏里州)。在该 建模步骤之后用标准的分子力学力场如CHARMM和AMBER (AMBER =Weiner等人，J. Am. Chem. Soc. 1984，106 765 ；CHARMM =Brooks 等人，Comp. Chem. 1983,4 187)进行能量最小化。此外，许多更专业的计算机程序，可辅助理想地将完整分子或分子片段置于结合 位点中的过程。这些包括:GRID (Goodford, J. Med. Chem. 1985,28 :849_857，可从牛津大学 Mf^i^^H ) ；MCS S(Miranker ^X, Proteins Structure, Function and Genetics 1991，11，29-34，可从 Molecular Simulations 获得，伯灵顿，马萨诸塞州)；和 DOCK(Kuntz 等人，J. Mol. Biol. 1982，161 =269-288, DOCK可从加利福尼亚大学获得，旧金山，加利福尼 亚州)。已选择合适的结合取向后，可选择完整分子用于生物学评价。在分子片段的情 况下，它们可以组装成化合物。这个组装可通过将各部分连接至中央支架上完成。例如， 可通过视觉检测，接着通过再次使用诸如Quanta或Sybyl等软件建立模型，完成该组装过 程。一些其他程序也可用于帮助选择连接各片段的方式。这些包括CAVEAT(Bartlett等 人’ In Molecular Recognition in Chemical and Biological Problems,Special Pub., Royal Chem. Soc. 1989,78 :182_196)、3D 数据库系统例如 MACCS_3D(MDL Information Systems, San Leandro, Calif. ,Martin (J. Med. Chem. 1992,35 :2145))，禾口 HOOK (Molecular Simulations，伯灵顿，马萨诸塞州)。除了上述化合物的计算机辅助建模之外，还可使用空的活性位点“重新(从头， de novo)”构建本发明化合物。此种方法在本领域中是众所周知的。它们包括，例如 LUDI (Bohm, J. Comp. Aid. Molec. Design. 1992,6 61-78, LUDI nj JA Biosym Technologies 获得，圣迭哥，加利福尼亚州)、LEGEND (Nishibata，Tetrahedron 1991,47 :8985，LEGEND 可从Molecular Simulations获得，伯灵顿，马萨诸塞州)，和LeapFrog(可从Tripos Associates获得，圣路易斯，密苏里州)。可采用一些通常用于药物建模的技术(e.g.， Cohen 等人’ J. Med. Chem. 1990, 33 883 ；Navia 等人’ Current Opinions in Structural Biology 1992，2 202 ；Baldwin 等人，(J. Med. Chem. 1989，32 2510 ；Appelt 等人，J. Med. Chem. 1991,34 1925 ；禾口 Ealick 等人，Proc. Nat. Acad. Sci. USA 88，11540 (1991))。多种传统技术可用于进行上述评价和在筛选增强配体_受体结合活性的候选化 合物中必要的评价。一般地，这些技术涉及确定给定部分的位置和结合接近度(binding proximity)、结合化合物(bound Compound)的占用空间、化合物和配体/受体之间的互补 性接触表面的量、在化合物与受体的结合中产生的变形能(deformation energy)的估计和 氢键强度和/或化合物/受体结合产生的静电相互作用能的估计。在上述评价中有用的已 知准则(discipline)包括量子力学、分子力学、分子动力学、蒙特卡罗抽样(Monte Carlo sampling)、系统石if 究(systematic searches)禾口距离几何学方法(distance geometry methods) (Marshall, Ann. Rev Pharmacol. Toxicol. 1987,27 :193)。计算机软件已开发 用于在计算机模拟中筛选具有上述性质的化合物。实例包括=Gaussian (M.J.Frisch， Gaussian 公司，匹兹堡，宾夕法尼亚州)、AMBER ；QUANTA/CHARMM(Molecular Simulations 公司，伯灵顿，马萨诸塞州)、Insight II/Discover (Biosysm Technologies公司，圣迭哥， 加利福尼亚州)，和带 GLIDE 的Schr6dinger First Discovery Suite (Schrddinger公 司，波特兰，OR)。
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根据本发明，不同类别的化合物可以类似方式与配体_配体和/或配体_受体结 合位点的各种结合区域相互作用。本发明不同类别的化合物也可使用不同的支架或核芯结 构(core structure)，该支架或核芯结构中的任何一个将允许必要部分置于结合位点中以 便获得结合必需的特殊相互作用。下面就两种生物活性蛋白质成纤维细胞生长因子_2 (FGF-2)和促红细胞增长素 (EPO)，举例说明通过非共价相互作用增强配体-受体结合的有机分子被识别和使用的过程。FGF-2基于FGF-2/FGF-2受体(FGF-Rl)复合物已发表的晶体结构(图1和2) (pdb码 1FQ9 ;Schlessinger等人，Mol. Cell 2000，6 :743_750)，构建它的分子模型。这些模型示 出当结合至受体上时FGF-2单体的紧密排列(close juxtaposition)，并识别了有机分子 结合的两个位点。对于位点1(图1)，识别了有机分子可结合的下列氨基酸在FGF-2上 Asn-27、Arg-120、Thr-121、Lys-125、Lys-129、Gln-134、Lys-135、Ala-136 ；在 FGF-Rl 上 Glu-159、Lys-160、Lys-163、Lys-172、Thr-173、Phe-176、Lys-177、Lys-207、Val-208、 Arg-209、Thr-212、Ile-216、Met-217、Asp-218、和 Ser-219。本发明有机分子优选非共价结 合至FGF-2分子和FGF-Rl分子的每个分子上的这些残基中的至少一个。如图1所示，该有 机分子可同时结合至两分子FGF-2和两分子FGF-Rl。对于位点II (图2)，识别出有机分子可结合的下列氨基酸在FGF-2上Arg-97、 Leu-98、Glu-99、Ser-100、Asn-IOl 及 Asn-102 ；在 FGF-Rl 上Pro_169、Ala-170、Ala-171、 Asp-217、Ser-218、Val-219、Val-220、Pro-221、Ser-222、Asp-223、Val-248、Glu-249、 Arg-250、和Ser-251。本发明有机分子优选非共价结合至FGF-2分子和FGF-Rl分子的每个 分子上的这些残基中的至少一个。如图2所示，该有机分子可同时结合至两个FGF-2分子 和两个FGF-Rl分子。识别增强FGF-2与其受体的结合的有机分子的示例方法如下。所有运算均在运 行RedHat Linux (Fedora版本7)的3. 2Ghz PC上进行。我们采用表1中列出的文库，用 以初步识别有机分子，且我们使用了基于性质的筛�。佣≡衤恪癓ipinski Rule of Five”(Adv Drug Del Rev 1997，23 :3_25)的分子，但采用与原始Lipinski值相比较为宽松 的阈值(氢键供体彡5 ；氢键受体彡10 ； 100彡分子量彡800 ；ClogP ^ 7)，从而使损耗化合 物(wasting compound)减至最少。在用Lipinski规则筛选之后，进一步筛选该文库，从而 除去含有重金属的化合物，仅保留具有选自C、0、N、S、P、F、Cl、Br、I、B、Na、K、Mg、及Ca元素 的那些化合物进行下一步处理。MSchrodinger First Discovery Tool (Schrodinger 公司)的Iigpr印�？榇砭秆〉淖蛹�(subset)，从而除去反离子(counter ion)、调整 带电状态和产生任何适用的互变异构体。可使用Bmin�？椋扛鍪菘庵兴谢衔� 能量最小化的结构。表 权利要求
一种增强第一配体与细胞受体结合的方法，所述方法包括以下步骤使所述配体与外源有机分子接触，所述外源有机分子非共价结合至所述第一配体并非共价结合至(i)针对所述受体的第二配体或(ii)所述受体，从而增强所述第一配体与所述受体的结合。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述接触在体外进行。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述接触在体内发生。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述有机分子不是肽。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述有机分子的分子量在150至5，000之间。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一配体是肽(少于30个氨基酸)、多肽(31 至100个氨基酸之间)或蛋白质(多于100个氨基酸)。
7.根据权利要求1所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至针对所述受体的所述 第二配体。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至所述受体。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至所述第二配体和所述 受体。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至两分子的所述受体。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一配体是FGF-2。
12.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一配体是EP0。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至FGF-2的Asn-27、 Arg-120、Thr-121、Lys-125、Lys-129、Gln-134、Lys-135、和 Ala-136 中的一个；以及 FGF-R1 的 Glu-159、Lys-160、Lys-163、Lys-172、Thr-173、Phe-176、Lys-177、Lys-207、Val-208、 Arg-209、Thr-212、Ile-216、Met-217、Asp-218、和 Ser-219 中的一个。
14.根据权利要求11所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至FGF-2的Arg-97、 Leu-98、Glu-99、Ser-100、Asn-101、和 Asn-102 中的一个；以及 FGF-R1 的 Pro-169、 Ala-170、Ala-171、Asp-217、Ser-218、Val-219、Val-220、Pro-221、Ser-222、Asp-223、 Val-248、Glu-249、Arg-250、和 Ser-251 中的一个。
15.根据权利要求12所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至两分子EPO的每 个分子中的 Ala-1、Pro-2、Pro_3、Arg_4、Leu_5、Ile_6、Cys_7、Asp_8、Cys-161、Arg-162、 Thr-163、Gly-164、Asp-166、和 Arg-167 中的一个。
16.根据权利要求12所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至EP0-R的Thr-148、 Pro-149、Met-150、Thr-151、Ser-152、His-153、Arg-154、Leu-175、Glu-176、Gly-177、和 Arg-178 中的一个；以及 EPO 的 Asp_8、Ser_9、Arg-10、Val-11、Leu-12、Glu-13、Arg-14、 Tyr-15、Leu-16、Leu-17、Glu-18、Ala-19、Lys-20、Glu-21、Ala-22、Glu-23、和 Lys-24 中的 一个。
17.一种药物组合物，包含(a)细胞受体的第一配体；和/或(b)非共价结合至所述配 体和非共价结合至(i)所述受体的第二配体或(ii)所述受体以增强所述第一配体与所述 受体结合的有机分子；和(c)药用载体。
18.根据权利要求17所述的组合物，其中所述第一配体是FGF-2或EP0。
19.根据权利要求18所述的组合物，其中所述有机分子非共价结合至FGF-2的 Asn-27、Arg-120、Thr-121、Lys-125、Lys-129、Gln-134、Lys-135、和 Ala-136 中的一个；以及 FGF-R1 的 Glu-159、Lys-160、Lys-163、Lys-172、Thr-173、Phe-176、Lys-177、Lys-207、 Val-208、Arg-209、Thr-212、Ile-216、Met-217、Asp-218、和 Ser-219 中的一个。
20.根据权利要求18所述的组合物，其中所述有机分子非共价结合至FGF-2的 Arg-97、Leu-98、Glu-99、Ser-100、Asn-101、和 Asn-102 中的一个；以及 FGF-R1 的 Pro-169、 Ala-170、Ala-171、Asp-217、Ser-218、Val-219、Val-220、Pro-221、Ser-222、Asp-223、 Val-248、Glu-249、Arg-250、和 Ser-251 中的一个。
21.根据权利要求18所述的组合物，其中所述有机分子非共价结合至两分子EP0的每 个分子中的 Ala-1、Pro-2、Pro_3、Arg_4、Leu_5、Ile_6、Cys_7、Asp_8、Cys-161、Arg-162、 Thr-163、Gly-164、Asp-166、和 Arg-167 中的一个。
22.根据权利要求18所述的组合物，其中所述有机分子非共价结合至EP0-R的 Thr-148、Pro-149、Met-150、Thr-151、Ser-152、His-153、Arg-154、Leu-175、Glu-176、 Gly-177、和 Arg-178 中的一个；以及 EP0 的 Asp-8、Ser-9、Arg-10、Val-ll、Leu-12、Glu_13、 Arg-14、Tyr-15、Leu-16、Leu-17、Glu-18、Ala-19、Lys-20、Glu-21、Ala-22、Glu-23、和 Lys-24中的一个。
23.一种包含非共价结合的四分子EPO的四聚物，其中每个EPO分子非共价结合至两个 其他的EP0分子上。
24.根据权利要求23所述的四聚物，进一步包含两个外源的有机分子，所述有机分子 稳定两个或更多个EP0分子之间非共价键的形成。
25.根据权利要求23所述的四聚物，其中所述两分子的EP0经由Ala-l、Pro-2、Pro-3、 Arg-4、Leu-5、Ile_6、Cys_7、Asp-8、Cys-161、Arg-162、Thr-163, Gly-164、Asp-166 和 Arg-167非共价结合。
26.根据权利要求24所述的四聚物，其中每个所述有机分子非共价结合至两分子 EP0 的每个分子中的 Ala-1、Pro-2、Pro_3、Arg-4、Leu-5> Ile_6、Cys_7、Asp-8、Cys-161、 Arg-162、Thr-163、Gly-164、Asp-166 及 Arg-167 中的一个。
27.一种药物组合物，包含药物有效量的图3、4、12或13的化合物，和药用载体。
28.一种治疗人患者中病症的方法，所述方法包括向所述患者给予足以治疗所述病症 的量的有机化合物从而治疗所述病症，所述有机化合物非共价结合至细胞受体的第一配体 并非共价结合至(i)针对所述受体的第二配体或(ii)所述受体以增强所述第一配体与所 述受体的结合。
29.根据权利要求28所述的方法，其中所述第一配体是FGF-2或EP0。
30.根据权利要求28所述的方法，其中所述病症是贫血症。
31.根据权利要求28所述的方法，其中所述疾病是脑血管疾病。
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述脑血管疾病是中风。
33.根据权利要求28所述的方法，其中所述疾病是心血管疾病或外周血管疾病。
34.根据权利要求28所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至针对所述受体的所 述第二配体。
35.根据权利要求28所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至所述受体。
36.根据权利要求28所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至所述第二配体和所 述受体。
37.根据权利要求28所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至两分子的所述受体。
38.根据权利要求29所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至FGF-2的Asn-27、 Arg-120、Thr-121、Lys-125、Lys-129、Gln-134、Lys-135、和 Ala-136 中的一个；以及 FGF-R1 的 Glu-159、Lys-160、Lys-163、Lys-172、Thr-173、Phe-176、Lys-177、Lys-207、Val-208、 Arg-209、Thr-212、Ile-216、Met-217、Asp-218、和 Ser-219 中的一个。
39.根据权利要求29所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至FGF-2的Arg-97、 Leu-98、Glu-99、Ser-100、Asn-101、和 Asn-102 中的一个；以及 FGF-R1 的 Pro-169、 Ala-170、Ala-171、Asp-217、Ser-218、Val-219、Val-220、Pro-221、Ser-222、Asp-223、 Val-248、Glu-249、Arg-250、和 Ser-251 中的一个。
40.根据权利要求29所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至两分子EP0的每 个分子中的 Ala-1、Pro-2、Pro_3、Arg_4、Leu_5、Ile_6、Cys_7、Asp_8、Cys-161、Arg-162、 Thr-163、Gly-164、Asp-166、和 Arg-167 中的一个。
41.根据权利要求29所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至EP0-R的Thr-148、 Pro-149、Met-150、Thr-151、Ser-152、His-153、Arg-154、Leu-175、Glu-176、Gly-177、和 Arg-178 中的一个；以及 EPO 的 Asp_8、Ser_9、Arg-10、Val-11、Leu-12、Glu-13、Arg-14、 Tyr-15、Leu-16、Leu-17、Glu-18、Ala-19、Lys-20、Glu-21、Ala-22、Glu-23、和 Lys-24 中的 一个。
42.一种识别增强第一配体与细胞受体结合的有机分子的方法，所述方法包括通过在 计算机模拟中确定所述有机分子是否非共价结合至所述第一配体并且非共价结合至(i) 针对所述受体的第二配体或(ii)所述受体从而导致所述第一配体与所述受体结合增强。
43.根据权利要求42所述的方法，其中所述有机分子选自基于化学和物理性质的文库。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述化学和物理性质是以下中的一种或多种 氢键供体的存在、氢键受体的存在、分子量、元素组成、溶解度、反应性、稳定性、毒性和亲油 性。
45.根据权利要求42所述的方法，其中所述第一配体是FGF-2或EP0。
46.根据权利要求42所述的方法，其中所述有机分子仅包含选自C、0、N、S、P、F、C1、 Br、I、B、Na、K、Mg、和 Ca 的元素。
47.根据权利要求42所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至针对所述受体的所 述第二配体。
48.根据权利要求42所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至所述受体。
49.根据权利要求42所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至所述第二配体和所 述受体。
50.根据权利要求42所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至两分子的所述受体。
51.根据权利要求45所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至FGF-2的Asn-27、 Arg-120、Thr-121、Lys-125、Lys-129、Gln-134、Lys-135、和 Ala-136 中的一个；以及 FGF-R1 的 Glu-159、Lys-160、Lys-163, Lys-172, Thr-173, Phe-176, Lys-177, Lys-207, Val-208,Arg-209、Thr-212、Ile-216、Met-217、Asp-218、和 Ser-219 中的一个。
52.根据权利要求45所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至FGF-2的Arg-97、 Leu-98、Glu-99、Ser-100、Asn-101、和 Asn-102 中的一个；以及 FGF-R1 的 Pro-169、 Ala-170、Ala-171、Asp-217、Ser-218、Val-219、Val-220、Pro-221、Ser-222、Asp-223、 Val-248、Glu-249、Arg-250、和 Ser-251 中的一个。
53.根据权利要求45所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至两分子EP0的每 个分子中的 Ala-1、Pro-2、Pro_3、Arg_4、Leu_5、Ile_6、Cys_7、Asp_8、Cys-161、Arg-162、 Thr-163、Gly-164、Asp-166、和 Arg-167 中的一个。
54.根据权利要求45所述的方法，其中所述有机分子非共价结合至EP0-R的Thr-148、 Pro-149、Met-150、Thr-151、Ser-152、His-153、Arg-154、Leu-175、Glu-176、Gly-177、和 Arg-178 中的一个；以及 EPO 的 Asp_8、Ser_9、Arg-10、Val-11、Leu-12、Glu-13、Arg-14、 Tyr-15、Leu-16、Leu-17、Glu-18、Ala-19、Lys-20、Glu-21、Ala-22、Glu-23、和 Lys-24 中的 一个。
全文摘要
本发明特征在于使受体结合配体与有机分子(体外或体内)接触，该有机分子可以是小分子(即非肽有机分子)，或肽，该肽非共价结合至该配体和针对该受体的另一配体(第一配体的第二拷贝、或第二不同的配体)、受体本身、或二者。示例性配体/受体对包括FGF-2/FGF-R1和EPO/EPO-R。本发明的进一步特征在于药物组合物和使用此种组合物治疗各种病症的方法。
文档编号G01N33/53GK101978266SQ200980107192
公开日2011年2月16日 申请日期2009年1月5日 优先权日2008年1月4日
发明者塞思·P·芬克勒施泰因, 苏梅亚·雷, 马克·沙雷特 申请人:拜尔特菲克斯有限公司
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