专利名称：组蛋白修饰用于癌症的临床诊断和预后的制作方法
技术领域：
本发明涉及用整体组蛋白修饰预测癌症的预后，并预测患者对含胸苷酸合酶抑制剂的治疗响应的可能性。
背景技术：
胰腺癌是高度侵袭性致死癌症，其治疗选择很有限。和遗传事件一样，肿瘤相关外遗传改变也是胰腺癌起始和进展的重要决定因素(Maitra，Α.，Hruban, R. H.，Annu Rev Pathol 3 :157-88(2008) ；Hezel 等，Genes Dev 20 1218-49 Q006))并代表有希望的生物标记和治疗靶标。癌症中的外遗传改变包括全基因组和基因座特异性的DNA甲基化改变和翻译后组蛋白修饰，其影响染色质可接近性和基因活性(Bernstein等，Cell 128 669-81(2007) ；Ting等，Genes Dev 20:3215-3231 (2006) ；Esteller,M. ,Nat Rev Genet 8 286-98(2007))ο组蛋白乙酰化或甲基化的基因座特异性改变已与多个胰腺癌关键基因的表达改变相关联(Fitzgerald 等，Neoplasia 5 :427-36(2003) ；Fujii 等，J Biol Chem 283 :17324-32(2008) ；Kikuchi 等，Oncogene 21 :2741-9(2002) ；Kumagai 等，Int J Cancer 124:827-33 (2009))，而用组蛋白脱乙酰酶抑制剂处理细胞系后的微阵列分析发现基因表达的广泛变化，提示组蛋白修饰可能在胰腺癌的基因表达调控中起着更广泛的作用(Kumagai 等，Int J Cancer 124 :827-33(2009) ；Sato 等，Cancer Res 63 3735-42(2003))ο癌症相关的全基因组组蛋白修饰的改变包括其在基因组内的水平和分布的变化， 例如基因启动子、重复DNA序列和其它异染色质结构域(Esteller，Μ.，Nat Rev Genet 8 286-98(2007)).最后，肿瘤细胞核免疫组化染色中的细胞间差异表明给定肿瘤内组蛋白修饰在细胞水平上的不齐性(Kurdistani，S. K.，Br J Cancer 97 1-5 Q007))，更增加了癌症外基因组代表性变化谱的复杂性。包括癌症在内的人类疾病中发生组蛋白修饰异常。已证明癌症细胞中发生组蛋白翻译后修饰的异常，但仅发生于单独的启动子(Jacobson等，Curr. Opin. Genet. Dev. 9 175-84(1999))且未与临床结果相关联。这些异�？赏ü榈鞍仔奘蚊傅牟磺〉卑邢蚓植糠⑸谄舳哟Γ鹪谥琢龇⑸衅鹬匾饔玫母鎏寤虻牟坏北泶锘蛞种�。然而，尽管检查了大量基因，很少报道不同癌症中局部基因靶向组蛋白修饰改变的相似性。也已报道了与DNA重复序列相关的组蛋白异常修饰。这些异常包括血液恶性肿瘤和结直肠腺癌中的组蛋白H4 K16Ac和K20diMe水平较低。但是，无论是个体基因还是重复DNA元件，这些变化无一与临床结果关联。组蛋白修饰如赖氨酸(K)和精氨酸(R)的乙酰化和甲基化也发生于染色质的较大区域包括非启动子序列，这种修饰称为整体组蛋白修饰(Vogelauer等，Nature 408 495-8(2000)).如上所述，癌症中修饰组蛋白的酶的活性改变。例如，p300组蛋白乙酰转移酶的错义突变和P300基因座的杂合性丢失与结直肠癌、乳腺癌和成胶质细胞瘤相关 (Giles 等，Trends. Genet. 14 178-83 (1998) ；Gayther 等，Nat. Genet. 24 :300-3 (2000)； Muraoka等，Oncogene 12 :1565-9 (1996))。目前将组蛋白修饰酶活性改变的结果与在肿瘤生物学中起作用的少数基因的不适当表达相关联。例如，P300参与雄激素受体反式激活， 可能在前列腺癌的进展中起作用(Debes等，Cancer Res. 63 =7638-40 (2003)) 然而，除靶向启动子以外，这些酶还影响基因组内的大多数核小体，这种影响独立于明确的序列特异性DNA结合蛋白(Vogelauer等，Nature 408 :495-8(2000) ；Reid等，MoI Cell 6,1297-307(2000) ；Krebs 等，Cell 102，587-98 (2000))。此外，组蛋白修饰酶具有高度底物特异性，区分各组蛋白内的组蛋白亚型和独立侧链(Peterson等，Curr. Biol. 14， R546-51(2004) ；Suka等，Mol Cell 8 :473-9 (2001)) 因此，将以不同程度整体修饰各残基，反映组蛋白修饰酶的选择性但又广泛的活性。需要改良的癌症预后和治疗标记。本发明满足了这些需要，涉及我们对特异性组蛋白修饰在胰腺癌和其它癌症中用作预后和预测性生物标记的意外发现。这些细胞水平组蛋白修饰明确了此前未识别的具有不同外遗传表型和临床结果的胰腺癌患者子集，并代表预后和预测性生物标记，还为临床决定包括5-FU和类似化疗的使用提供信息。发明概述一方面，本发明提供为患癌的人对象提供预后的方法，所述癌症包括但不限于胰腺癌。所述方法一般包括接触来自患癌个体的测试组织样品；检测测试组织样品中选自 H3K4me2,H3K9me2,H3K18ac中的1种、2种或更多组蛋白的蛋白修饰，并与按存活史分类的患者的代表数值作比较。通常，所述组织样品是组织活检。较低水平的H3Mme2、H3K9me2 或H3K18ac组蛋白修饰与癌症患者存活降低显著相关，个体中存在相似的低水平修饰可预测存活时间或预期寿命缩短。相反，存在较高水平修饰可预测存活时间或预期寿命延长。在优选实施方式中，所述个体处于患病较早期(即低级或早期)，该分类迫切需要预后标记。另一方面，本发明提供治疗患有低级癌症的个体的方法，所述癌症包括但不限于胰腺癌，所述方法包括步骤与比较组织样品(有已知存活情况、治疗或疾病结果的人)相比，确定测试组织样品中整体组蛋白修饰水平，组蛋白修饰水平表明所述癌症根据比较可能发展成恶性或转移时，给予患者比所述病级通常所用更具攻击性的癌症疗法。在一些实施方式中，所述步骤包括从个体获取测试或活检样品，将个体的测试或活检组织样品与抗体或适体接触，所述抗体或适体特异性结合选自H;3Mme2、H3K9me2和H3K18ac的经修饰组蛋白；以及另一方面，本发明提供方法以评估癌症患者对医疗处理的响应，所述患者包括但不限于胰腺癌患者，所述方法包括步骤与治疗前、或治疗过程早期或晚期时、或在改变治疗之前或之后取自患者的组织样品相比，确定测试组织样品中组蛋白修饰水平。在一些实施方式中，所述治疗是免疫治疗、靶向分子治疗、外遗传治疗、化疗或放疗或促凋亡治疗。在一些实施方式中，测试或活检样品得自患者，所述样品接触抗体，所述抗体特异性结合选自 H3K4me2、H3K9me2或H3K18ac的经修饰组蛋白。另一方面，本发明提供包含至少两种抗体的试剂盒，所述抗体各自结合不同的组蛋白修饰。在一些实施方式中，所述抗体选自下组H;3Mme2、H;3K9me2或H3K18ac。在一些实施方式中，所述抗体标记有可检测部分。在一些实施方式中，所述试剂盒提供在这些抗体用作标记时加以检测的试剂。在一些实施方式中，所述试剂盒提供用所述抗体进行组织免疫组化染色的额外试剂和/或说明书。在一些实施方式中，所述试剂盒还包括关于如何对免疫组化染色结果就癌症风险或预后进行评估的说明。因此，本发明提供给予向对象或者为对象提供预后的方法，所述对象患有癌症，包括但不限于胰腺癌，所述方法包括确定来自癌症的组织样品中H;3Mme2、H3K9me2 或H3K18ac的组蛋白修饰水平，其中存在低水平组蛋白修饰表明存活预后较差，而存在 H3K4me2, H;3K9me2或H3K18ac的高组蛋白修饰水平表明存活预后较好。在一些实施方式中，所述对象患有淋巴结阴性癌症或正接受5-氟尿嘧啶。在上述任意方面的其它实施方式中，用组蛋白修饰H3Mme2、H;3K9me2或H3K18ac的阳性肿瘤细胞染色将患者分成低或高染色，其中低染色分类支持总体存活较差的预后。在其它实施方式中，预后是基于H3Mme2和 HIlSac两者的低水平组蛋白修饰(最差预后组定义为所述修饰中其一或两者为低水平)。 在一些实施方式中，H;3Mme2和H3K18ac两者的低水平组蛋白修饰预测存活可能性较低。在优选实施方式中，由免疫细胞化学确定组蛋白修饰水平。对象可通过选自H3Mme2、H;3K9me2 和H3K18ac的组蛋白修饰染色百分秩次分入低或高风险组。例如H3K9dime彡10%,H3K4me2 > 60%或K18ac染色> ；35百分位。另一方面，本发明提供方法预测患有胰腺癌或另一癌症的对象对5-FU或另一胸苷酸合酶抑制剂治疗(例如，雷替曲塞、培美曲塞、诺莱曲塞(nolatrexed)、ZD9331和 GS7904L)的响应，所述5-FU或另一胸苷酸合酶抑制剂治疗有或没有甲酰四氢叶酸，其中所述预测基于相对已知所述响应的比较群体所确定的数值，是否存在更低水平的H3Mme2或 HIBKlSac。在所述方法中，修饰水平低预示无病存活率差。比较组可以就修饰水平和相关存活结果作二分、连续或不连续分级。5-FU治疗的癌症包括但不限于结肠、直肠、头颈、乳腺、 卵巢癌和皮肤基底细胞癌。在大多数情况中，5-FU与甲酰四氢叶酸联用。另一方面，本发明提供方法，鉴定能受益于在5-FU外添加组蛋白脱乙酰酶抑制剂的患者，所述患者有胰腺癌或所患癌症采用5-氟尿嘧啶或另一胸苷酸合酶抑制剂作为标准化疗。在所述方法中，确定癌症患者的组织样品中的H3K18ac组蛋白修饰水平。所述修饰水平低(根据与对比群体所确定数值的相似性，已知对比群体的所述修饰和对不加抑制剂的5-FU的响应概况)指示组蛋白脱乙酰酶抑制剂用于治疗是有益的或者有补充益处。因此，本发明还提供治疗方法，其中如上鉴定出的患者随后用所述抑制剂治疗，并可选地与 5-FU或本文所述的另一疗法联用。另一方面，本发明提供方法，鉴定在5-FU治疗外添加组蛋白脱乙酰酶抑制剂能受益的癌症患者，所述癌症以5-氟尿嘧啶作标准化疗(例如，结直肠癌、乳腺癌)。在所述方法中，确定所述癌症患者组织样品中的H3K18ac组蛋白修饰水平。所述修饰水平低(根据与对比群体所确定数值的相似性，已知对比群体的所述修饰和对不加抑制剂的5-FU的响应概况)指示组蛋白脱乙酰酶抑制剂有补充益处。因此，本发明还提供治疗方法，其中如上鉴定出患者随后用5-FU和所述抑制剂进行治疗。上述任一方面的进一步实施方式中，提供预后、鉴定、评估、治疗、预测或确定方法，用组蛋白修饰H3Mme2、H3K9me2或H3K18ac的阳性肿瘤细胞染色将患者分为低或高染色，其中低染色组表明总体存活预后较差和/或胸苷酸抑制剂无响应；在其它实施方式中， 所述预后是基于H3Mme2和H3K18ac两者的低水平组蛋白修饰(预后较差组定义为这两种修饰其一或两者的水平较低)。在一些实施方式中，H3K4me2和H3K18ac两者的低水平组蛋白修饰预测存活可能性较低。在优选实施方式中，由免疫细胞化学确定组蛋白修饰水平。 对象可通过选自H;3Mme2、H;3K9me2和H3K18ac的组蛋白修饰染色百分秩次分入高或低风险组。在一些实施方式中，本发明根据组蛋白修饰模式，对鉴定为抗治疗或可能有较差结果或预后(例如，总体存活较差)的患者选用更具攻击性的疗法。在上述任一方面的一些实施方式中，用选自H;3Mme2、H3K9me2和H;3K18ac组蛋白修饰中的1种、2种或3种的组蛋白修饰水平提供预后、鉴定、评估、治疗、预测或确定。在这些实施方式中，仅选择两种修饰时，所述组蛋白修饰可选自下组H;3Mme2与H3K9me2、 H;3Mme2与H3K18ac、或H3K9me2与H3K18ac。在一些实施方式中，根据组蛋白规则对某修饰是否为低或高水平进行分类。比较组可以就修饰水平和相关存活结果作二分、连续或不连续分级。上述任一方面的任一实施方式中，所述患者可以是人，所述癌症可以是腺癌、胰腺癌、乳腺癌、前列腺癌、肺癌、乳腺癌、结肠癌、直肠癌、食道癌、胆囊癌或肾癌。在上述任一方面的一些实施方式中，所述方法提供额外的非冗余预后信息，该信息用于为癌症提供预后或选择疗法。在一些实施方式中，将各肿瘤根据按其细胞染色阳性中值百分数确定的百分秩次分配到低水平或高水平染色组，包括H3Mme2 (百分秩次< 60与> 60) ,H3K9me2 (RTOG TMA 百分秩次< 30与彡30或UCLA I/II期TMA百分秩次< 25与彡25)与H3K18ac (百分秩次 < 35 与彡 35)。附图简要说明
图1.胰腺癌中组蛋白修饰的细胞异质性。㈧低级(患者1)或高级(患者2)组织学肿瘤的组蛋白修饰的代表性免疫组化分析，IOx或40x物镜(小图)。在(B)RTOG 9704 或(C)UCLA I/II期TMA中，显示对于各组蛋白修饰，指定百分数肿瘤细胞具有阳性核染色的肿瘤分布。图2.基于指定组蛋白修饰组的UCLA I/II期胰腺癌TMA的总体患者存活率。卡普兰-迈耶(Kaplan-Meier)作图显示高水平(实线)相对低水平(虚线)组蛋白组的存活概率，(A)H3K4me2，(B) H3K18ac, (C) H3K9me2 和(D)低水平 H3K4me2 和 / 或 H3K18ac 相对高水平H3Mme2与H3K18ac。ρ值为对数秩检验。图3.在RTOG 9704 TMA中治疗组首次分组后指定组蛋白修饰的总体存活。根据辅助化疗对患者分组(A-B为5-氟尿嘧啶或C-D为吉西他滨)。然后用卡普兰-迈耶作图显示高水平(实线)相对低水平(虚线)(A，C)H3K4me2或(B，D)H3K9me2的患者的存活概率。P值为对数秩检验。图4.原发癌症组织中组蛋白修饰水平的细胞异质性，用抗H3K18ac抗体免疫组化染色来自(A)肺腺癌、im和(B)肾透明细胞癌(1级)的癌组织。含褐色核癌细胞的百分数决定给定个体的各组蛋白修饰的整体水平。放大倍数左图为IOX ；右图为40X。显示了来自(C)肺与⑶肾的癌组织中H3Mme2(黑色柱)与H3K18ac (灰色柱)水平的患者分布。这些图表示根据细胞染色百分数(χ轴)具有指定组蛋白修饰水平的患者分率(y轴)。图5.用组蛋白修饰预测不同癌症的临床结果。对各癌症类型，先将患者根据 H3K4me2与HIlSac水平分成两组，然后比较两组的临床结果。用卡普兰_迈耶作图显示 (A)肺癌(对数秩ρ = 0.018, η = 159)与⑶肾癌(对数秩ρ = 0. 028, η = 192)中两组的存活概率(第1组，黑线；第2组，红线)。图内框中列表给出各组中按级别的患者分布。图6. H3K9me2细胞水平预测前列腺癌和肾癌的临床结果。显示来自(A)前列腺与 (C)肾的癌组织中H3K9me2水平的患者分布。这些图表示根据细胞染色百分数(χ轴)具有指定组蛋白修饰水平的患者分率(y轴)。对各癌症类型，先将患者根据H3K9me2水平分成两组，然后比较两组的临床结果(第1组，H;3K9me2> 10%，黑线；第2组，H;3K9me2彡10%， 红线)。用卡普兰-迈耶作图显示(B)低级前列腺癌(对数秩ρ = 0. 0043, η = 109)与(D) 全部肾癌(对数秩P = 0.00092，η = 359)患者中两组的存活概率差异。图内框中列表给出各组中按级别的患者分布。图7.癌细胞系中组蛋白修饰水平的细胞异质性。(A)LNCaP与PC3前列腺癌细胞系中H;3K9me2的免疫组化检查。注意到PC3细胞中较低水平H3K9me2 (蓝色核)的百分数高于LNCaP细胞。(B) LNCaP与PC3细胞酸提组蛋白的^festern印迹，分析H3K9me2水平，组蛋白H3(不考虑修饰)作为加样对照。三角形指示从左向右增加加样。图8. H3K9me2整体水平与其在重复DNA元件处的水平相关。(A) LNCaP与PC3细胞中H;3K9me2的ChIP-芯片分析。每行代表给定基因标注转录起始位点(TSS)的-5. 5至 +2. 5区域，该区域分成各为500bp的16个片段。根据所述81Λ启动子区的ela-结合模式的相似性将基因分组。颜色指示各细胞经ChIP (染色质免疫沉淀)DNA (黄色)相比进样(蓝色)的相对富集或消耗。(B) LNCaP与PC3细胞之间所有启动子的16片段各处H3K9me2水平的关联。(C)ChIP-定量实时PCR分析指示DNA重复元件处的H3K9me2与H3K18ac水平。 数值表示进样的百分值。误差线代表3次独立实验的标准差。用组蛋白H3ChIP作为对照， 显示PC3细胞内的较低修饰水平不是由于核小体损失。图9.肾癌中组蛋白修饰的细胞模式。㈧基于H3Mme2和H3K18ac的细胞组蛋白修饰模式不能预测患有转移性疾病患者的结果(P = 0. 99，η = 163)。(B)将低级分类 (1和2级，η = 221)的肾癌患者根据H3Mme2与H3K18ac水平分成两组，比较两组的临床结果。用卡普兰-迈耶作图显示两组(第1组，黑线；第2组，红线)(对数秩ρ = 0. 0055， HR = 1. 9,95% CI 1. 2-3. 1)的存活概率。组蛋白修饰不能预测3级与4级肾癌患者的结果(数据未显示)。
图10. H3K9me2的细胞模式预测肾癌预后。首先根据肿瘤定位(局限性相对转移性疾病)将肿瘤分级。各级中的患者根据H;3K9me2水平分成两组一彡10%染色，第2组， 红线与蓝线；> 10%染色，第1组，黑线与绿线一比较两组的临床结果。用卡普兰-迈耶作图显示各级中两个H3K9me2组的存活概率。在局限性(黑线与红线)和转移性(绿线与蓝线)疾病中，低水平H3K9me2都预测了存活概率较差。图11.癌细胞系中组蛋白修饰水平的细胞异质性。(A) LNCaP与PC3前列腺癌细胞系中H3Mme2与H3K18ac的免疫组化检查。注意到PC3细胞中较低水平组蛋白修饰(橙色箭头指示的蓝色核)的百分数高于LNCaP细胞。染色强度也由(B)LNCaP与PC3细胞酸提组蛋白的Western印迹分析H3Mme2与H3K18ac水平三角形指示从左向右增加加样。图12.组蛋白修饰预测乳腺癌的预后。发明详述组蛋白修饰的细胞模式为多种肿瘤类型提供了额外的独立预后信息，这些肿瘤包括前列腺癌(Seligson等，Am J Pathol 174 :1619-1628(2009) ；Seligson等，Nature 435 1262-6 Q005))、肾癌(Seligson 等，Am J Pathol 174 :1619-16 Q009))、肺癌(Seligson 等，Am J Pathol 174:1619-1628(2009) ；Seligson 等，Nature 435:1262-6(2005)； Barlesi 等，J Clin Oncol 25:4358-64(2007))、胃癌(Park 等，Ann Surg Oncol 15: 1968-76(2008))和卵巢癌(Wei 等，Mol Carcinog 47 :701-6 Q008))。最近还发现H3K27me3 的低细胞水平与胰腺癌结果差相关(Wei等，Mol Carcinog 47:701-6(2008))。但是，未发现组蛋白修饰的细胞水平预测对特定疗法的响应。我们采用两个大型胰腺癌患者组的组织微阵列，检查此前未在胰腺癌中研究过的三种组蛋白修饰的细胞水平，包括H3Mme2、 H;3K9me2和H3K18ac。我们发现这些修饰在胰腺癌中是高度显著和独立的预后因子。此外， 我们发现H3Mme2与H3K9me2的细胞水平较低可特定预测接受辅助5-FU化疗患者的存活结果较差。我们的数据表明，组蛋白修饰的细胞水平代表胰腺癌的新型预后标记，有助于预测对5-FU的响应。在此，我们证明低细胞水平组蛋白修饰鉴定出不太可能从辅助5-FU化疗获得存活益处的胰腺癌患者，而高细胞水平组蛋白鉴定出从采用辅助吉西他滨或5-FU化疗会获得相似存活益处的患者。我们认为细胞组蛋白修饰水平代表了新的一类生物标记，能预测切除的胰腺癌中对辅助5-氟尿嘧啶化疗的响应，可能应用于肿瘤辅助治疗设定或晚期胰腺癌。更普遍地，在利用5-氟尿嘧啶为标准化疗的其它恶性肿瘤(即，结直肠或乳腺癌) 中，可证明细胞组蛋白修饰水平能用作对5-FU或其它胸苷酸合酶抑制剂响应的预测性生物标记。在另一方面，本发明提供治疗患有低级或早期癌症的个体的方法，通过确定所述个体是否患有低级癌症，并将所述个体的测试组织样品与抗体接触，该抗体特异性结合选自Η;3Μπιθ2、Η;3Κ9ΠΙΘ2和H3K18ac的经修饰组蛋白；并与对照组织样品比较确定所述测试组织样品中整体组蛋白修饰模式，整体组蛋白修饰模式表明所述癌症可能发展或转移时，给予患者更具攻击性的癌症疗法。可以在确定组蛋白修饰模式之前或之后确定癌症分级或分期。在其它实施方式中，本发明提供方法，根据在手术去除癌组织之前、期间或之后而另一癌症治疗之前、期间或之后所得患者组织样品中整体组蛋白修饰模式的改变，将患者靶向更具攻击性的或替代癌症疗法，或者提高癌症复发监控。可如本文所述确定所述整体组蛋白修饰模式的改变。鉴定为选自H;3Mme2、H;3K9me2和H3K18ac的整体组蛋白修饰模式有改变且转移、复发风险增大或治疗耐受性癌症的患者，可据此进一步选择免疫疗法、化疗和/或放疗。另一方面，本发明提供方法，评估癌症患者对医疗处理的响应，所述方法包括以下步骤将接受所述处理的个体的测试组织样品接触抗体，该抗体特异性结合选自H;3Mme2、 H;3K9me2与H3K18ac的经修饰组蛋白；与所述处理前、或处理过程早期或后期、或改变处理之前与之后取自所述患者的组织样品相比，确定测试组织样品中选自H;3Mme2、H3K9me2与 H;3K18aC的整体组蛋白修饰模式。在一些实施方式中，所述治疗是激素去除治疗或化疗或放疗或促凋亡治疗。另一方面，本发明提供方法为癌症提供预后，通过将来自有患癌风险或已知患有癌症的个体的测试组织样品与抗体接触，该抗体特异性结合经修饰的组蛋白，并与对照组织样品比较，确定测试组织样品中整体组蛋白修饰模式；从而通过鉴定改变的组蛋白修饰模式为给定癌症提供预后。在一些实施方式中，所述组织样品是肿瘤活检样品，在一些实施方式中，所述癌症或肿瘤是前列腺、膀胱、肾、结肠或乳腺癌。在优选实施方式中，所述个体处于患病较早期(即低级或早期)，该分类迫切需要预后标记。另一方面，本发明提供包含至少两种抗体的试剂盒，所述抗体各自结合不同的组蛋白修饰，在一些实施方式中，所述抗体选自下组H3K9乙酰化、H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4双甲基化、H3K9双甲基化与H4R3双甲基化。在一些实施方式中，所述抗体标记有可检测部分，在一些实施方式中，所述试剂盒提供试剂，用于当所述抗体结合具有其所识别组蛋白修饰的组蛋白时检测该抗体。在其它实施方式中，所述试剂盒包括将组蛋白修饰模式改变与癌症转移或发展风险的提高或降低相关联的说明。在其它实施方式中，所述试剂盒还包含在用所述抗体的免疫组化方法中应用的试剂。上述任一方面的进一步实施方式中，所述整体组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、 H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和H4R3双甲基化中的一种或多种。在其更进一步实施方式中，所述癌症或肿瘤是前列腺、膀胱、肾、结肠或乳腺癌。所述癌症可以是转移性癌症。在上述任一方面的一些实施方式中，检测1种、2种、3种、4种或至少2种或3种不同组蛋白修饰的整体组蛋白修饰模式。在进一步实施方式中，所述至少两种不同组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和H4R3 双甲基化。在一些优选实施方式中，所述组蛋白修饰是H3K4双甲基化和H3K18乙酰化。在其它实施方式中，所述组蛋白选自H3和H4组蛋白中其一或两者的甲基化和乙酰化。在其它实施方式中，所述组蛋白选自H2A和H2B组蛋白中其一或两者的甲基化和乙酰化。所述组蛋白和个体优选为人类的。在一些实施方式中，所述患有癌症或怀疑患有癌症的个体中，整体组蛋白修饰模式改变如下确定(a)从部分对象中获得组织样品，其中所述部分具有或怀疑具有癌细胞； 和(b)检测样品中1种、2种、3种、4种或更多整体组蛋白修饰，提供整体组蛋白修饰模式； 以及(c)将所述组蛋白修饰模式与对象的对照或正常整体组蛋白修饰模式作比较，鉴定出已改变的整体组蛋白修饰模式。在进一步的这类实施方式中，利用特异性结合感兴趣组蛋白修饰的抗体检测所述整体组蛋白修饰。所述抗体可以是针对感兴趣组蛋白修饰模式的单克隆抗体或多克隆抗体。在一些实施方式中，所述方法还包含固定所述细胞并检测该固定细胞内整体组蛋白修饰的步骤。在进一步的这类实施方式中，以及一般在上述任一方面中，所述免疫组化染色利用抗体特异性结合感兴趣的组蛋白修饰。所述抗体可以是针对感兴趣组蛋白修饰模式的单克隆抗体或多克隆抗体。所述抗体可标记有可检测标记(例如，放射性标记、酶标记、荧光标记、或化学发光标记或分子标签)。可通过放射自显影、荧光测定、发光测定或磷光成像分析检测结合于感兴趣组蛋白修饰的标记。在优选实施方式中，对样品中的多个单独固定细胞检测整体组蛋白修饰，对所述多个细胞确定各自的免疫组化染色强度和/或频率，从而根据在感兴趣区域上获得的染色强度确定细胞的频率分布。优选地，感兴趣区域集中在具有提示癌症的已改变表型的细胞处。所述区域可凭经验确定，根据具有最强染色(若修饰与癌症的风险、级别或发展正相关)样品的区域，或者若修饰与癌症的风险、级别或发展负相关则为最弱染色样品的区域。所述区域可以是足以有效测量感兴趣区域内染色模式的预定尺寸。可从各组织样品中取样并比较多个区域。上述任一方面的一些实施方式中，所述组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和H4R3双甲基化中的一种或多种。在其更进一步实施方式中，所述癌症或肿瘤是前列腺、膀胱、肾、结肠或乳腺癌。所述癌症可以是转移性癌症。在一些实施方式中，判定组蛋白修饰为高或低水平修饰的界值如下H;3K9dime 为约彡10%, H3K4me2为约> 60%或H3K18ac染色为约> 35百分位。上述任一方面的一些实施方式中，检测至少2种或3种不同组蛋白修饰的整体组蛋白修饰模式，在进一步实施方式中，所述至少2种不同的组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、 H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和H4R3双甲基化。在一些优选实施方式中，所述组蛋白修饰是H3K4双甲基化和H3K18乙酰化。在其它实施方式中，所述组蛋白选自H3和H4组蛋白中其一或两者的甲基化和乙酰化。所述组蛋白优选为人类的， 在一些实施方式中，所选修饰是H3或H4的修饰。在一些进一步的实施方式中，所选修饰是 H3或H4的甲基化和/或乙酰化。在其它实施方式中，所选修饰包含H3或H4的磷酸化或泛素化。在进一步实施方式中，所述至少两种不同组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4甲基化、H3K9甲基化和H4R3甲基化。鉴定整体组蛋白修饰模式能确定改变的整体组蛋白修饰，该改变具有诊断和预后价值。在上述任一方面与实施方式的其它实施方式中，所述方法使用特异性结合感兴趣组蛋白修饰的抗体以检测所述修饰。所述抗体可以是针对感兴趣组蛋白修饰模式的单克隆抗体或多克隆抗体。在一些实施方式中，确定样品的多个整体组蛋白修饰模式。分析特定修饰所用组蛋白可首先从样品中分离，再使用流体介质中的免疫化学方法检测。在一些实施方式中，经修饰组蛋白与组蛋白总水平的比例提供基于已改变的整体组蛋白修饰模式的预测性度量。例如，样品分析可采用检测修饰和未修饰形式组蛋白的抗体和选择性检测具感兴趣修饰组蛋白的抗体。确定两者在细胞群体或样品中的比例，并与正常细胞的比例作比较，建立已改变的整体组蛋白修饰的预测性比例，该比例可用于本发明所述方法。在一些实施方式中，已改变的整体组蛋白修饰模式对于某癌症或肿瘤是否难于治疗或对治疗耐受有预测性，或者提供更好的预后(例如，存活的可能性提高(例如存活6个月、1年、2年、3年、4年、5年或更久)，或癌症复发可能性降低，或癌症转移可能性降低；或对包括但不限于5-FU的胸苷酸合酶抑制治疗有阳性响应的可能性)。在上述任一方面的一些实施方式中，所述组织通过酶促、研磨或其它方式分解，通过采用本文所述抗体进行免疫荧光染色鉴定个体细胞的整体组蛋白修饰模式，然后用FACS 分选和/或计分并对细胞计数，其可提供样品的整体组蛋白修饰频率的频率分布。这类方法中，还可采用其它荧光标记鉴定特定细胞或其表型以促进特定感兴趣细胞的分选和计数。本发明涉及我们关于单独组蛋白修饰的整体水平变化与癌症的存在相关联的发现，且重要的是，该变化对临床结果有预测性(参见，WO 2006/119264和对应于2008年5月 29日所提交美国专利申请序列号11/912,4 的美国专利申请公开号US20080248039，这些申请的受让人与本申请相同，其内容通过引用全文纳入本文)。通过主要前列腺切除样品的免疫组化染色，确定组蛋白H3与H4中5个残基组蛋白乙酰化(Ac)和双甲基化(diMe)染色的细胞百分数。将具有相似修饰模式的样品分组从低级前列腺癌患者中鉴定出具有不同肿瘤复发风险的两种疾病亚型。这些组蛋白修饰模式是独立于肿瘤分期、术前前列腺特异性抗原(PSA)水平与包膜侵犯的预测指标。因此，特定组蛋白修饰的广泛变化代表前列腺癌中的新型分子异质性，并构成癌症患者所示广泛临床现象的基础。在后续工作中，所述标记被进一步鉴定为肺癌、肾癌、乳腺癌、结肠癌和其它癌症以及前列腺癌的有用标记。该证据表明癌细胞的主体或整体组蛋白修饰的变化对临床结果有预测性。此类变化的机制目前尚未明确，但可能与不同组蛋白修饰酶的表达和/或整体活性的改变有关。 已证明在2种或多种联用时，这些变化对于患者的癌症复发风险特别有预示性，尤其是对于患有低级前列腺癌的患者。考虑到组蛋白的大量修饰，其它修饰位点的整体模式信息将有助于进一步对包括高病级在内的所有患者作分类。免疫组化的使用加上有大量抗体可用于探测组蛋白修饰，有助于此方法应用于其它肿瘤和其它组蛋白修饰模式。因此，本发明一方面提供癌症诊断方法，将来自有患癌风险或怀疑患有癌症个体的测试组织样品与抗体接触，所述抗体特异性结合经修饰的组蛋白；并与对照组织样品比较，确定测试组织样品中的整体组蛋白修饰模式；从而通过鉴定出改变的整体组蛋白修饰模式来诊断所述癌症。在一些实施方式中，所述组织样品是肿瘤活检样品。在一些实施方式中，所述癌症或肿瘤是前列腺、膀胱、肾、结肠或乳腺癌。在优选实施方式中，所述个体处于患病较早期(即低级或早期)，该分类迫切需要诊断标记。所述整体组蛋白修饰模式可根据标准免疫组化方法评分。另一方面，本发明提供治疗患有低级或早期癌症的个体的方法，通过确定所述个体是否患有低级癌症，并将所述个体的测试组织样品与抗体接触，该抗体特异性结合经修饰组蛋白；并与对照组织样品比较确定所述测试组织样品中整体组蛋白修饰模式，整体组蛋白修饰模式表明所述癌症可能发展或转移时，给予患者更具攻击性的癌症疗法。可以在确定组蛋白修饰模式之前或之后确定癌症分级或分期。在其它实施方式中，本发明提供方法，根据在手术去除癌组织(如前列腺切除)之前、期间或之后而另一癌症治疗之前、期间或之后所得患者组织样品中整体组蛋白修饰模式的改变，将患者靶向更攻击性的或替代癌症疗法，或者提高癌症复发监控。可如本文所述确定所述整体组蛋白修饰模式的改变。例如，所述癌症可以是前列腺癌、卵巢癌、肾癌、肺癌、乳腺癌、结肠癌、白血病、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤或肝癌。在优选实施方式中，所述癌症是前列腺或膀胱癌。鉴定为具有与转移、复发风险增大或治疗耐受性癌症相关的整体组蛋白修饰模式改变的的患者，可据此进一步选择用外源或内源激素去除处理，可选补充有化疗和/或放疗。在前列腺癌的情况中，所述激素去除为雄激素去除(例如，用非那雄胺和其它抗睾酮或抗DHT剂处理)。另一方面，本发明提供方法评估癌症患者对医疗处理的响应，所述方法包括以下步骤将接受所述处理的个体的测试组织样品接触抗体，该抗体特异性结合经修饰组蛋白； 与所述处理前、或处理过程早期或后期、或改变处理之前与之后取自所述患者的组织样品相比，确定测试组织样品中整体组蛋白修饰模式，在一些实施方式中，所述治疗是激素去除疗法或化疗或放疗或促凋亡治疗。另一方面，本发明提供癌症预后方法，将来自有患癌风险或已知患有癌症个体的测试组织样品与抗体接触，所述抗体特异性结合经修饰的组蛋白；与对照组织样品比较，确定测试组织样品中的整体组蛋白修饰模式；从而通过鉴定出改变的整体组蛋白修饰模式来提供所述癌症的预后。在一些实施方式中，所述组织样品是肿瘤活检样品。在一些实施方式中，所述癌症或肿瘤是前列腺、膀胱、肾、结肠或乳腺癌。在优选实施方式中，所述个体处于患病较早期(即低级或早期)，该分类迫切需要预后标记。另一方面，本发明提供包含至少两种抗体的试剂盒，所述抗体各自结合不同的组蛋白修饰。在一些实施方式中，所述抗体选自H3K9乙酰化、H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、 H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和H4R3双甲基化。在一些实施方式中，所述抗体标记有可检测部分。在一些实施方式中，所述试剂盒提供试剂，用于当所述抗体结合具有其所识别组蛋白修饰的组蛋白时检测该抗体。在其它实施方式中，所述试剂盒包括将组蛋白修饰模式改变与癌症转移或发展风险的提高或降低相关联的说明。在其它实施方式中，所述试剂盒还包含在用所述抗体的免疫组化方法中应用的试剂。上述任一方面的进一步实施方式中，所述整体组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、 H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和H4R3双甲基化中的一种或多种。在其更进一步实施方式中，所述癌症或肿瘤是前列腺、膀胱、肾、结肠或乳腺癌。癌症可以是转移性癌症。在上述任一方面的一些实施方式中，检测1种、2种、3种、4种或至少2种或3种不同组蛋白修饰的整体组蛋白修饰模式。在进一步实施方式中，所述至少两种不同组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和H4R3 双甲基化。在一些优选实施方式中，所述组蛋白修饰是H3K4双甲基化和H3K18乙酰化。在其它实施方式中，所述组蛋白选自H3和H4组蛋白中其一或两者的甲基化和乙酰化。在其它实施方式中，所述组蛋白选自H2A和H2B组蛋白中其一或两者的甲基化和乙酰化。所述组蛋白和个体优选为人类的。在一些实施方式中，所述患有癌症或怀疑患有癌症的个体中，整体组蛋白修饰模式改变如下确定(a)从部分对象中获得组织样品，其中所述部分具有或怀疑具有癌细胞； 和(b)检测样品中1种、2种、3种、4种或更多整体组蛋白修饰，提供整体组蛋白修饰模式； 以及(c)将所述组蛋白修饰模式与对象的对照或正常整体组蛋白修饰模式作比较，鉴定出已改变的整体组蛋白修饰模式。在进一步的这类实施方式中，利用特异性结合感兴趣组蛋白修饰的抗体检测所述整体组蛋白修饰。所述抗体可以是针对感兴趣组蛋白修饰模式的单克隆抗体或多克隆抗体。在一些实施方式中，所述方法还包含固定所述细胞并检测固定细胞内的整体组蛋白修饰的步骤。在进一步的这类实施方式中，以及一般在上述任一方面中，所述免疫组化染色利用抗体特异性结合感兴趣的组蛋白修饰。所述抗体可以是针对感兴趣组蛋白修饰模式的单克隆抗体或多克隆抗体。所述抗体可标记有可检测标记(例如，放射性标记、酶标记、荧光标记、或化学发光标记或分子标签)。可通过放射自显影、荧光测定、发光测定或磷光成像分析检测结合于感兴趣组蛋白修饰的标记。在优选实施方式中，对样品中的多个单独固定细胞检测整体组蛋白修饰，对所述多个细胞确定各自的免疫组化染色强度和/或频率，从而根据在感兴趣区域上获得的染色强度确定细胞的频率分布。优选地，感兴趣区域集中在具有提示癌症的已改变表型的细胞处。所述区域可凭经验确定，根据具有最强染色(若修饰与癌症的风险、级别或发展正相关)样品的区域，或者若修饰与癌症的风险、级别或发展负相关则为最弱染色样品的区域。所述区域可以是足以有效测量感兴趣区域内染色模式的预定尺寸。可从各组织样品中取样并比较多个区域。上述任一方面的一些实施方式中，所述整体组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、H3K18 乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和H4R3双甲基化中的一种或多种。 在其更进一步实施方式中，所述癌症或肿瘤是前列腺、膀胱、肾、结肠或乳腺癌。所述癌症可以是转移性癌症。在上述任一方面的一些实施方式中，检测至少2种或3种不同组蛋白修饰的整体组蛋白修饰模式。在进一步实施方式中，所述至少两种不同组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、 H3K18乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和H4R3双甲基化。在一些优选实施方式中，所述组蛋白修饰是H3K4双甲基化和H3K18乙酰化。在其它实施方式中，所述组蛋白选自H3和H4组蛋白中其一或两者的甲基化和乙酰化。所述组蛋白和个体优选为人类的。在一些实施方式中，所选修饰是H3或H4的修饰。在一些进一步实施方式中，所选修饰是H3或H4的甲基化和/或乙酰化。在其它实施方式中，所选修饰包含H3或H4的磷酸化或泛素化。在进一步实施方式中，所述至少两种不同组蛋白修饰选自H3K9乙酰化、rotas 乙酰化、H4K12乙酰化、H3K4甲基化、H3K9甲基化和H4R3甲基化。鉴定整体组蛋白修饰模式能确定改变的整体组蛋白修饰，该改变具有诊断和预后价值。在一些实施方式中，用于分析的组蛋白修饰根据它们经改变的组蛋白修饰模式对癌症严重性、分级或发展可能性的预测能力进行选择。在一些实施方式中，待分析的组蛋白修饰是其组蛋白修饰模式本身，或与第二、第三或第四组蛋白修饰模式联合，能提供至少为 1. 5、2、3、4或5倍或更高，或者为1. 5-3倍或1. 5-4倍或2_5倍的相对风险，所述风险是癌症的更严重结果或分级、或转移或对胸苷酸合酶治疗无响应的可能性增加的风险。在上述任一方面与实施方式的其它实施方式中，所述方法使用特异性结合感兴趣组蛋白修饰的抗体以检测所述修饰。所述抗体可以是针对感兴趣组蛋白修饰模式的单克隆抗体或多克隆抗体。在一些实施方式中，确定样品的多个整体组蛋白修饰模式。分析特定修饰所用组蛋白可首先从样品中分离，再利用流体介质中的免疫化学方法检测。在一些实施方式中，经修饰组蛋白与组蛋白总水平的比例提供基于已改变的整体组蛋白修饰模式的预测性度量。例如，样品分析可采用检测修饰和未修饰形式组蛋白的抗体和选择性检测具感兴趣修饰组蛋白的抗体。确定两者在细胞群体或样品中的比例，并与正常细胞的比例作比较，建立已改变整体组蛋白修饰的预测性比例，该比例可用于本发明所述方法。在一些实施方式中，所述改变的整体组蛋白修饰模式对某癌症或肿瘤是否难于处理或者是治疗耐受有预测性。在上述任一方面的一些实施方式中，K4双甲基化染色值等于或大于约60百分位的癌症患者适用组蛋白规则，这些患者比染色值低于该水平的患者有更好的预后。在一些其它实施方式中，K18乙酰化和K4双甲基化染色值各自等于或大于约35百分位的癌症患者比染色值低于该水平的患者具有更好的预后。在上述任一方面的一些实施方式中，所述组织是血液，并确定血细胞经改变的组蛋白修饰模式在一些实施方式中，所述样品来自患有白血病或淋巴瘤的患者，所述已改变的组蛋白修饰模式包括白血病或淋巴瘤细胞的模式。所述整体组蛋白修饰模式的检测可采用细胞免疫荧光染色，然后用FACS分选和/或评分并对细胞计数。这些方法能提供样品中感兴趣细胞的整体组蛋白修饰频率的频率分布。这类方法中，还可采用其它荧光标记鉴定特定细胞或其表型以促进白血病或淋巴瘤细胞的分选和计数。在上述任一方面的一些实施方式中，所述组织通过酶促、研磨或其它方式分解，通过采用本文所述抗体进行免疫荧光染色鉴定个体细胞的整体组蛋白修饰模式，然后用FACS 分选和/或计分并对细胞计数，提供样品的整体组蛋白修饰频率的频率分布。这类方法中， 还可采用其它荧光标记鉴定特定细胞或其表型以促进特定感兴趣细胞的分选和计数。在一些实施方式中，根据按细胞染色的中位百分数指定的百分秩次值(分位数) 将所述修饰的分析相对于TMA数据集进行评估，用SAS系统RANK程序，采用TIES = LOW选项，该选项对等值数据取相应秩次的最低值。然后，各肿瘤可根据其百分秩次分到低水平或高水平染色组，包括H3Mme2 (百分秩次< 60相对> 60) ,H3K9me2 (RTOG TMA百分秩次< 30 相对彡30或UCLA I/II期TMA百分秩次< 25相对彡25)与H3K18ac (百分秩次< 35相对彡35) (H3K9ac ^ 10% )或者在这些数值的0. 8-1. 2,0. 9-1. 1或0. 95-1. 05倍范围内。应当理解细胞染色百分数会受所用染色方法影响。因此，在本发明的一些实施方式中，若百分数通过相同方法获得，将等同于本文所得数值。一种预测患者对胸腺酸合酶抑制剂的响应或为选择癌症疗法的方法，包括以下步骤(a)将来自有患癌风险或已知患有癌症个体的测试组织样品与特异性结合经修饰组蛋白的抗体或其免疫活性片段或适体接触；以及(b)确定H3K4双甲基化、H3K9双甲基化和/ 或H3K18乙酰化整体组蛋白修饰模式。在一些实施方式中，所述组织样品是胰腺、前列腺、 膀胱、肾、卵巢、结肠或乳腺癌的肿瘤活检样品。然后，各肿瘤可根据其百分秩次分到低水平或高水平染色组，包括H3Mme2 (百分秩次约< 60相对> 60) >H3K9me2 (百分秩次约< 30或 25相对彡30或彡25)与H3K18ac (百分秩次约< 35相对彡35)或者在这些数值的0. 8-1. 2、 0.9-1. 1或0.95-1. 05倍范围内。应当理解细胞染色百分数会受所用染色方法影响。因此， 在本发明的一些实施方式中，若百分数通过相同方法获得，将等同于本文所得数值。^X除非另有说明，本说明书和权利要求书中所用下列术语具有下文给定含义。应注意到，本说明书和所附权利要求书所用的单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数含义，
除非另有明确说明。在本文中，氨基酸可用IUPAC-IUB生物化学命名委员会推荐的通用三字母符号或单字母符号表示。“整体组蛋白修饰”指组蛋白修饰模式，其不限于启动子区域且还涵盖包括非启动子区在内的染色质较大区域。整体组蛋白修饰模式可用本领域已知的任何方式确定，包括采用能结合感兴趣组蛋白修饰的抗体、适体及抗体的免疫活性片段的免疫学方法和类似方法。免疫组化和免疫细胞学方法可用于检测经修饰的组蛋白或染色细胞以确立整体组蛋白修饰模式及对所述修饰细胞染色的百分数。也可使用质谱和电化学方法。可使用包括不基于抗体的方法在内能测量整体组蛋白修饰的所有可能方法，当染色组织的组蛋白标记使某些与染色组蛋白标记染色模式关联的形态或表型模式引起注意时，可将为检测可识别外遗传模式提供的软件程序纳入所述方法。在一些情况中，对于单一标记如H3k9me2，可将10% > =用作界值，评分低于该值表示预后差，可考虑用二分方式。通常，百分数界值包括用另一方法所确定或测得它们的对等值。在优选实施方式中，确立所述界值，划分出相对存活率、预后或对治疗的响应性差异显著的组。例如，可以为6个月、1年、2年、3年、4年、5年、 10年或更久的存活期选择界值使所提供的存活相对可能性差异，或响应治疗的存活率差异为至少 20%、30%、40、50%、60%。“组蛋白”指染色体中结合DNA的结构蛋白。组蛋白具有高比例的带正电氨基酸， 例如赖氨酸和精氨酸，其有助于结合DNA。五类主要组蛋白分成两大组核小体组蛋白H2A、 H2B、H3、H4 ；和Hl组蛋白。“经修饰组蛋白”指组蛋白具有一种或多种以下化学修饰，其包括但不限于赖氨酸乙酰化、赖氨酸甲基化(单_、双-和三甲基化)、赖氨酸泛素化、精氨酸甲基化(单_、双_、对称和不对称甲基化)、丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸磷酸化。关于氨基酸序列，组蛋白H3包括SEQ ID NO :1和SEQ ID NO :2所示蛋白质(参见Swiss 登录号Q93081(其全部自身序列通过引用纳入本文)，其天然产生的变体包括但不限于，由其经修饰的组蛋白，以及与其基本一致的蛋白质，特别是缺失上述序列位置 1处的N末端甲硫氨酸残基的蛋白质(例如，翻译后缺失所述N末端甲硫氨酸残基)。经修饰的组蛋白是本领域熟知的。例如，适当的组蛋白修饰可包括但不限于以下所列的一种或多种。下面列出可能根据本发明应用的示例性蛋白质修饰。
权利要求
1.一种预测癌症患者对5-FU或另一胸苷酸合酶抑制剂治疗的响应的方法，所述方法包括确定取自所述患者的癌组织样品中H3Mme2、H;3K9me2或H3K18ac或其组合的整体组蛋白修饰水平。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，存在所述组蛋白修饰的低水平表明当用 5-FU或另一胸苷酸合酶抑制剂治疗时的预后或存活可能性较差，而存在H3Mme2、H3K9me2 或H3K18ac的高整体组蛋白修饰水平表明当用5-FU或另一胸苷酸合酶抑制剂治疗时的存活预后较好，其中高水平和低水平之间的界值是基于比较组观察所得整体组蛋白修饰水平的统计分析，所述比较组是用胸苷酸合酶抑制剂治疗的一组已知治疗存活率或预后的癌症^^ ο
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述患者患有淋巴结阴性癌症或正接受 5-氟尿嘧啶。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其特征在于，所述组蛋白修饰H3Mme2、 H;3K9me2或H3K18ac的阳性肿瘤细胞染色用于将患者分成低或高染色，其中低染色分类支持总体存活较差的预后。
5.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其特征在于，所述预后基于H;3Mme2和 H3K18ac两者的组蛋白修饰水平，其中H3Mme2和H3K18ac两者的低组蛋白修饰水平预测较差的存活可能性。
6.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述组蛋白修饰水平由免疫细胞化学或免疫组织化学确定。
7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述选自H;3Mme2、H;3K9me2与H3K18ac的2 种或3种组蛋白修饰的组蛋白修饰水平用于提供所述预后。
8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述癌症是胰腺癌。
9.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述分类是基于组蛋白规则。
10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其特征在于，所述癌症是腺癌。
11.如权利要求10所述的方法，其特征在于，所述癌症是低级或早期癌症。
12.前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述划分组蛋白修饰为较高或较低水平的界值如下H3K9dime为约彡30%,H3K4me2为约> 60%或H3K18ac为约> 35染色百分位。
13.一种鉴定癌症患者是否能受益于补充5-FU或其它癌症疗法的组蛋白脱乙酰酶抑制剂施用的方法，所述方法包括确定取自患者的胰腺癌的组织样品中HIlSac组蛋白修饰的水平，其中所述修饰的水平低将表明组蛋白脱乙酰酶抑制剂会有益，其中低水平和高水平之间的界值是基于获自已知存活率或预后的癌症患者比较组的HIlSac整体组蛋白修饰水平。
14.如权利要求13所述的方法，其特征在于，选择5-FU和所述抑制剂以治疗患者且所述患者按此治疗或按此诊视。
15.如权利要求13所述的方法，其特征在于，所述癌症是低级或早期癌症。
16.一种治疗胰腺癌患者的方法，所述方法包括(a)将取自患者的癌组织与抗体接触，所述抗体脱乙酰结合选自H;3Mme2、H3K9me2与 H3K18ac的经修饰组蛋白；和(b)确定所述组织样品中所述经修饰组蛋白的水平与已知结果的比较群体中观察所得水平的比较；从而提供所述癌症的预后；和(C)当所述预后表明癌症可能具有降低的存活率或对采用胸苷酸合酶抑制剂的治疗无响应时，施用更具攻击性的抗癌疗法代替胸苷酸合酶抑制剂或作为所述抑制剂的补充。
17.如权利要求16所述的方法，其特征在于，所述方法预测癌症复发的可能性。
18.如权利要求16所述的方法，其特征在于，所述胸苷酸合酶抑制剂是5-FU。
19.一种鉴定用吉西他滨或非胸苷酸合酶抑制剂的药剂治疗会优于单用胸苷酸合酶抑制剂或联用胸苷酸合酶抑制剂与甲酰四氢叶酸治疗的癌症患者的方法，所述方法包括确定取自所述患者的组织样品中HIBKisac组蛋白修饰的水平，其中所述修饰相较界值的低水平将表明优选采用吉西他滨或所述药剂治疗。
20.如权利要求19所述的方法，其特征在于，给予所述患者吉西他滨。
21.如权利要求19-20中任一项所述的方法，其特征在于，所述胸苷酸合酶抑制剂是 5-FU。
22.如权利要求19所述的方法，其特征在于，所述癌症是胰腺癌。
23.如权利要求19所述的方法，其特征在于，所述界值是基于对比较组观察所得整体组蛋白修饰水平的统计分析，所述比较组是经胸苷酸合酶抑制剂治疗的已知治疗存活率或预后的癌症患者，其中所述界值将所述比较组划分入两个群体，该两个群体之间按1年存活判断的治疗响应相差至少20%。
全文摘要
通过用选自H3K4me2、H3K9me2或H3K18ac的组蛋白修饰模式的改变来鉴定癌症，本发明提出诊断包括但不限于胰腺癌的癌症并提供预后和治疗，以及对胸苷酸合酶抑制剂(例如，5-FU)治疗的反应性的方法。
文档编号G01N33/15GK102460173SQ201080025136
公开日2012年5月16日 申请日期2010年4月14日 优先权日2009年4月14日
发明者D·B·泽尔格森, D·W·道森, S·K·库尔迪斯坦尼 申请人:加利福尼亚大学董事会
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