专利名称：用于对培养试样容器进行自动地通风和取样的系统和方法
用于对培养试样容器进行自动地通风和取样的系统和方法相关申请的交叉引用本申请根据美国法典第35卷第119条第(e)款要求于2009年5月15日提交的美国临时申请序列号61/216，339的优先权，该临时申请的内容通过引用并入本文。背景本发明涉及用于从用于培养样品的试样容器获得样品并且用于使该容器向大气通风的自动化的方法和设备。目前在美国的市场上具有检测血液样品中的微生物的生长并且因此检测血液样品中的微生物存在的仪器。一种这样的仪器是本发明的受让人bioM6rieUX有限公司的BacT/ALERT 3D仪器。所述仪器接收容纳血液样品的血液培养瓶，血液样品例如来自人类患者。所述仪器培育(incubate)瓶子。在培育期间，培育器中的光学检测单元周期性地分析被结合入瓶子的比色传感器(colorimetric sensor)，以检测微生物生长是否已经在瓶子内发生。光学检测单元、试样容器和传感器在专利文献中被描述，见美国专利 4，945，060 ；5，094，955 ；5，162，229 ；5，164，796 ；5，217，876 ；5，795，773 ；和 5，856，175，它们中的每个的全部内容均通过引用并入本文。其他大体上与生物样品中的微生物的检测有关的所关心的现有技术包括以下专利:U. S. 5，770，394、U. S. 5，518，923 ；U. S. 5，498，543、 U. S. 5，432，061、U. S. 5，371，016、U. S. 5，397，709、U. S. 5，344，417、U. S. 5，374，264、 U. S. 6，709，857 ；和 U. S. 7，211，430。在检测仪器例如BacT/ALERT 3D和相似的仪器中，一旦血液培养瓶已经被测试为关对微生物存在呈阳性的，那么获得高水平的微生物剂的表征或微生物剂的物种的识别是困难的，这是由于血液组分以及人工制品的用于容纳样品的一次性系统(例如瓶子)的干扰。因此，目前的方法使用瓶子或其他合适的一次性容器以及有关的仪器以用于样品中的微生物的自然生长和检测，如上文描述的。一旦仪器指示出瓶子关于微生物剂的存在呈阳性的，那么根据目前的方法，“阳性的”瓶子被手动地从仪器取回并且样品的一部分被手动地从瓶子移除并且在琼脂板上培养。在本领域中具有使样品培养基(sample medium)在培养板上的划线培养(streaking)以及对板的培育实现自动化的仪器。一种这样的仪器在美国专利6，617，146中描述。在划线培养之后，板被手动地放置在培育器中并且被周期地检查微生物的次代培养物的生长。在次代培养物已经充分地生长之后，培养物的样品被从板取得并且放置在试管中。然后试管被引入又另一个仪器中，以通过具有多个单独的槽道(well)的一次性测试样品卡进行识别测试。一次性测试卡是在专利文献中已知的， 见例如美国专利 4，118，280,3, 963，355,4, 018，65 ；4，116，775 和 4，038，151,5, 609，828、 5，746，980,5, 766，553,5, 843，380,5, 869，005,5, 916，812,5, 932，177,5, 951，952 和 6，045，758，它们的全部内容通过引用并入本文。然后测试样品卡在本领域中已知的分析仪器例如本受让人的VITEK 2仪器中被处理。VITEK 2仪器培育测试样品卡并且使用读数器单元周期地读取测试样品卡的槽道。 在卡的其中的一个或多个槽道中的样品的生长产生微生物剂的识别。VITEK 2仪器在专利文献中被描述，见例如美国专利5，762，873和6，086，824，它们的内容通过引用并入本文。
从将样品引入血液收集瓶子中的时刻至培养、微生物存在的检测以及然后微生物的被VITEK 2仪器的识别的这一整个过程通常耗费2-5天。在阳性的瓶子检测之后发生的识别步骤通常独自占用这些天中的1-3天。如果血液样品中的微生物剂的检测和识别以及向临床医师报告结果所耗费的时间可以被从目前的2-5天减少至少于一天，那么对于患者而言的很大的并且潜在地能够挽救生命的临床益处是可能的。到目前为止本领域中尚没有满足这种需要的系统。然而，本发明使对生物样品例如血液样品中的微生物剂的这样的快速的识别和/或表征成为可能。本公开内容的方法和设备本身都是有用的；然而，它们在用于迅速地识别和/或表征微生物剂的仪器中被实施时是特别有用的，如在我们的在先临时申请中、在与本申请
同一个日期提交的共同待决的申请序列号_代理人案卷号09-271-US中以及在本文
公开的实施方案中描述的。概述在一个方面，提供了用于使试样容器自动通风的设备，其中试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器。该设备包括机架，其保持试样容器；通风装置，其具有针、与针流体连通的室以及与室流体连通的端口 ；机器人传递机构，其相对于机架可运动；以及样品移除设备，其附接于机器人传递机构，具有用于夹紧通风装置的夹紧特征。样品移除设备和机器人传递机构相对于试样容器可运动，从而自动地将通风装置的针插入穿过试样容器的封闭器，以由此使试样容器的内部通风并且获得试样容器的内部和大气之间的平衡。在另一个方面，公开了用于使瓶子形式的试样容器通风的自动化方法，其中试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器，该方法包括以下步骤将瓶子保持在机架中；自动地并且通过机器人设备的辅助来夹持通风装置，该通风装置具有针、被连接于针的室以及被连接于室的端口 ；自动地运动机器人设备，从而将通风装置放置在紧邻机架中的瓶子的一位置中；自动地将通风装置的针插入穿过封闭器，从而将针放入瓶子的内部中，并且使试样容器的内部经由针、室以及端口而与大气平衡。在另一个方面，公开了用于对试样容器进行自动取样的设备，其中试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器。该设备包括机架，其保持试样容器；取样装置，其具有针、与针流体连通的室以及与室流体连通的端口 ；机器人传递机构，其相对于机架可运动；样品移除设备，其附接于机器人传递机构，具有用于夹紧取样装置的夹紧特征； 以及气动系统，其被耦合于取样装置的端口。样品移除设备和机器人传递机构均可运动，从而自动地将取样装置的针插入穿过试样容器的封闭器，气动系统操作成使容纳在试样容器内的样品的一部分经由针而被吸入取样装置的室中。在又一个方面，公开了用于对瓶子形式的试样容器进行取样的自动化方法，其中试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器。该方法包括以下步骤(a)将瓶子保持在机架中；(b)自动地并且通过机器人设备的辅助来夹持取样装置，该取样装置具有针、被连接于针的室以及被连接于室的端口 ；(c)自动地运动机器人设备，从而将取样装置放置在紧邻机架中的瓶子的一位置中；(d)自动地将取样装置的针插入穿过封闭器，从而将针放入瓶子的内部中，以及(e)将真空施加于取样装置的端口，从而将容纳在瓶子中的样品的一部分吸入取样装置中。
在再一个方面，公开用于试样容器的取样装置，其中试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器，例如隔膜。取样装置包括针以及主体，该主体被耦合于针并且界定与针流体连通的室。主体包括在主体中形成开口的端口，端口与室流体连通。在使用中，端口提供了一种附接特征，该附接特征用于接收将取样装置连接于气动系统的管。通过结合气动系统，当针被插入试样容器中时，端口可以被用于使试样容器的出口通向大气或接收真空并且由此移除试样容器内的样品的一部分并且将该部分保持在取样装置的室中。取样装置可以包括多个可选择的特征，可选择的特征包括被放置在主体内紧邻端口的疏水过滤器、用于针的护套以及被储存在取样装置的室内的选择性的溶解剂。取样装置可以包括具有第一端和第二端的管，第一端被连接于端口，第二端被连接于选择性地将真空施加于管的气动系统，例如以将样品的一部分从试样容器抽出。在一种配置中，取样装置为具有第一端和相对的第二端的细长注射器状主体的形式，第一端被耦合于针，室在第一端和第二端之间形成，并且端口紧邻第二端。还设想了取样装置的其他配置，所述其他配置包括这样一些配置，在这些配置中取样装置还具有第二功能，即分离和浓缩装置内的微生物剂。在另一个方面，本发明可以采用容纳多个如上文描述的取样装置的暗盒的形式。 暗盒还可以被配置为容纳多个一次性分离装置。在又一个方面，公开了一种暗盒形式的取样设备，其中暗盒形成用于接收多个取样装置的保持器，取样装置中的每个取样装置包括针和主体，主体被耦合于针并且界定与针流体连通的室，主体还包括在主体中形成开口的端口，端口与室流体连通；其中主体包括具有第一端和相对的第二端的细长注射器状主体，第一端被耦合于针，室在第一端和第二端之间形成，并且其中端口紧邻第二端；并且其中取样装置被接收在暗盒中，使第二端从暗盒向上延伸，以利于使用机器人夹紧设备来夹持取样装置中的单独一个取样装置。在又一个方面，公开了被配置为用于对试样容器进行取样并且用于分离和浓缩在从试样容器抽出的测试样品中存在的微生物剂的装置，其中所述试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器。该装置包括针；主体，其被耦合于针并且界定与针流体连通的溶解室，主体还包括在主体中形成开口的端口，端口与溶解室流体连通；分离室，其与溶解室连通；以及阀或类似物，其将溶解室与分离室连接。溶解室可以被预加载有选择性的溶解剂，选择性的溶解剂用于使从试样容器抽出的测试样品中存在的非微生物剂细胞溶解。可选择地，选择性的溶解剂可以在使用时被加载至溶解室中。附图简述以下的详细描述参照了所附的附图。意图是，本文所公开的实施方案和附图被认为是例证性的并且以示例而不是限制性的方式被提供。特别地，将结合用于对试样容器内的微生物剂快速的识别和/或表征的自动化仪器的多个实施方案来描述本公开内容的发明性的通风和取样设备。对于本公开内容的设备的使用环境以示例而不是限制的方式被提{共。
图1是用于对在样品中存在的微生物剂的快速的识别和/或表征的自动化仪器的框图。本公开内容的通风和取样方面在图1的仪器中被实施；然而其可以在其他仪器中或在具有不同配置的识别仪器中被实施。
图2是在图1中示出的仪器的一种可能的配置的透视图。仪器包括用于保持试样容器的机架、一次性物品(包括取样装置和分离装置)的暗盒、机器人传递机构、样品移除设备、离心机形式的分离和浓缩装置、以及识别和/或表征�？�(读取站)，识别和/或表征�？�(读取站)操作成询问容纳被浓缩的微生物剂的分离装置以进行微生物剂的识别和 /或表征。在一个可能的实施方案中，图2的仪器可以与自动检测仪器(见下文的图观、 47-48)集成，在这种情况下，用于试样容器的机架是在检测操作期间保持试样容器的同一个结构。可选择地，识别和/或表征仪器位于自动检测仪器的远方但是被耦合于自动检测仪器，如图47中所示的以及在我们的在先临时申请和在与本申请同一个日期提交的共同待决的美国申请序列号_代理人案卷号09-271-US中描述的。图3是图2的识别和/或表征仪器的俯视平面图，示出了阳性试样容器的机架在一个用于培育的位置中。图4是图2的仪器的俯视平面图，示出了用于阳性试样容器的机架被运动至用于将样品从瓶子抽出的位置以进行识别和/或表征测试。图5是图2-4的实施方案的另一个透视图。图6是被与图1的识别/表征仪器共同地使用的分离装置的透视图。分离装置从阳性试样容器接收样品的一部分。微生物剂在以本文描述的方式位于分离装置中的毛细管的底部处浓缩。然后被浓缩的微生物剂被识别和/或表征读取�？檠室员碚骱�/或识别微生物剂。图7是图6的分离装置的透视图。图8是图6和7的分离装置的横截面图。图9是被装配至图6-8的分离装置的下端的端帽的横截面图。图10是图6的分离装置的横截面图，示出了在离心之后的在分离装置的毛细管中的被浓缩的微生物剂。图11是图6的分离装置中的被浓缩的微生物剂正在被识别/表征或读取�？檠实氖疽庑酝际�。图12是图6的分离装置的可选择的实施方案的透视图。图13是图12的分离装置的横截面。图14是在识别和/或表征仪器内使用的一次性取样装置的一个实施方案的图示。图15是示出了识别和/或表征仪器中的样品移除设备的从一次性装置的暗盒拾取图14的取样装置中的一个的操作的详细透视图。暗盒包括多个图6或12的分离装置以及多个图14的取样装置。图16是示出了样品移除设备的对检测容器的顶部处的阻挡器以及通风检测容器杀菌的操作的详细透视图。图17是在图16中示出的位置中的样品移除设备的更详细的图示。图18是示出了样品移除设备的将检测容器内的样品的一部分抽出送入图14的一次性取样装置中的一个中的操作的详细透视图。图19是在图18的位置中的样品移除设备的更详细的图示。图20A-20C是样品移除设备的三个透视图，示出了将样品分配入分离装置中的一个中并且将取样装置传递至废物容器的操作。
图21是样品移除设备的一序列的透视图，示出了将分离装置传递至分离和浓缩站并且在识别和/或表征�？橹卸苑掷胱爸媒泄庋а实牟僮�。图22是分离和浓缩站以及识别和/或表征�？榈母晗傅耐际�。图23是识别和/或表征仪器的一序列的三个透视图，示出了拾取分离装置、将分离装置传递至废物容器并且将分离装置放置在废物容器中的操作。图M是将分离装置放入废物容器中的操作的更详细的图示。图25是识别和/或表征仪器的可选择的配置的框图，其中被浓缩的微生物剂被从分离装置移除并且在移除之后被分析。分析可以被多个不同类型的系统或单元中的任何一个进行，系统或单元包括分子诊断测试单元、质谱单元、或微生物识别测试装置以及相关联的处理仪器。图26A-26C是示出了在自动地检测微生物剂在试样容器中的存在(图2&K)和自动地识别和/或表征微生物剂(图26B和^C)的操作中进行的步骤的流程图。图27是用于样品中的微生物剂的快速的和自动的识别和/或表征的仪器的第二实施方案的透视图。图观是图27的仪器的透视图，示出了用于保持试样容器的机架的一种可能的配置。在图观的实施方案中、机架包括用于试样容器的培育的特征、用于试样容器的搅拌的特征以及用于试样容器内的微生物生长的自动检测的特征。因此，图观示出了其中自动检测和识别仪器可以被组合为单一的仪器的一个实施方案。图四是图27和28的实施方案的另一个透视图。多轴机器人(multiple axis robot)用于接近试样容器并且使用一次性取样装置进行取样操作。图30是容纳一次性取样装置和一次性分离装置的暗盒的透视图，暗盒可以在图 2-5或27-29的仪器中使用。图31是图四的实施方案中所使用的多轴机器人的透视图。图32是一次性取样装置的可选择的实施方案的透视图，示出了在图14中示出的大体上的设计的变化。图33是图32的取样装置的横截面图。图34是被示出为夹紧图32的取样装置的图31的机器人的臂的远端的详细的透视图。图35是被示出为夹紧图32的取样装置的图31的机器人的臂的远端的另一个详细的透视图。图36是在图31的机器人上的泵组件的透视图，泵组件操作成向取样装置提供真空和正压，以(a)从试样容器中的一个抽出样品的小部分以及(b)将样品分配入图6和30 的一次性分离装置中的一个中(可选择地在使样品溶解之后)。图37是使用图32的取样装置进行对试样容器中的一个的取样操作的图31的机器人的透视图。图38是在图37中示出的取样操作的更详细的视图。图39是图32的取样装置的透视图，该取样装置被放入图沈和27中示出的旋涡器(VOrtexer)中以利于在从试样容器中的一个抽出的样品中的细胞组分的溶解。图39A是旋涡器的透视图，该旋涡器具有可选择的围绕取样装置的保持器的盘管加热器以加热保持器并且将取样装置内的样品保持在37摄氏度。图40是在涡流操作期间正在被机器人手保持的图32的取样装置的透视图。图41A和41B是旋涡器和取样装置的侧视图和横截面图。图42A和42B是用于被结合入旋涡器中的取样装置的保持器的横截面图和透视图。图43A、4!3B和43C分别是在样品从取样装置被引入分离装置中之前取样装置和分离装置的横截面图、侧视图和透视图。图43D是取样和分离装置的另一个透视图，其中取样装置的橡胶针护套显示为被部分地除去，以示出取样装置的针。图44是处在适当位置中用于将样品的一部分注射入分离装置中的取样装置的透视图。图45是在图44中示出的注射操作的侧视图。图46是取样装置和分离装置的示出了注射操作的横截图。图46A是图27的杯和杯保持器的详细视图，示出了杯接收分离装置中的一个；图 46B示出了被插入图46A的杯中的分离装置；图46C是图46A的杯保持器、杯以及分离装置的横截面。图47是通过传送带而耦合于自动识别和/或表征仪器的用于检测生物样品中的微生物剂的检测仪器的示意性的图示。图48是以自动的方式例如通过传送带来接收试样容器的组合的自动检测和识别仪器的示意性的图示。图49是由使用者例如通过打开在仪器的前面板中的门来手动地接收试样容器的组合的自动检测和识别仪器的示意性的图示。图49的实施方案可以例如采用在图27中示出的布置被实施。图50是示出了控制图27-46的仪器的操作的计算机系统的示意性的框图。图51是可以被与图1的识别/表征仪器共同地使用的分离装置的第二实施方案的透视图。本实施方案的分离装置具有分离的溶解室和分离的分离室，二者被流体流动通道连接。图52是图51的分离装置实施方案的透视图，示出了被从分离装置分离的顶部板和基部板。图53是在图51中示出的分离装置实施方案的主体部分的俯视图。图M是沿着图53中示出的分离装置实施方案的线A-A的横截面图。图55是沿着图53中示出的分离装置实施方案的线B-B的横截面图。图56是可以被与图1的识别/表征仪器共同地使用的组合的取样和分离装置的透视图。图57是具有被示出为在打开位置中的夹管阀(pinch valve)的在图56中示出的组合的取样和分离装置的前视图。图58是具有被示出为在打开位置中的夹管阀的在图57中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图59是具有被示出为在关闭位置中的夹管阀的在图56中示出的组合的取样和分离装置的前视图。
图60是具有被示出为在关闭位置中的夹管阀的在图58中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图61是组合的取样和分离装置的第二实施方案的透视图。图62是图61中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图63是图62中示出的阀的横截面图。图64是可以被与图1的识别和/或表征仪器共同地使用的组合的取样和分离装置的第三实施方案的侧视图。图65是图64中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图66是图64中示出的组合的取样和分离装置的分解图。图67是可以被与图1的识别/表征仪器共同地使用的组合的取样和分离装置的第三实施方案的透视图。图68A是图67中示出的组合的取样和分离装置的侧视图。图68B是图68A中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。图69A是图67中示出的组合的取样和分离装置的侧视图。图69B是图69A中示出的组合的取样和分离装置的横截面图。详细描述I.概述本文描述了一种自动化仪器，其提供用于试样样品例如生物样品中的微生物剂的自动识别和/或表征的新的构造和方法。识别和/或表征仪器104在图1中以框图形式示出。两个实施方案在本文中被很详细地描述，第一实施方案参照图216描述并且第二实施方案参照图27-46描述。仪器104的实施方案在容纳样品的试样容器500(图1)上操作。 在一个实例中，试样容器500是用于将试样样品例如血液样品容纳在其中的标准培养瓶， 例如血液培养瓶。本发明的通风和取样方面被作为仪器104的如根据下文的讨论而将变得明显的特征来包括。通常，任何类型的可以含有微生物剂例如细菌、真菌或酵母物种的样品都可以在例如用于生物样品的仪器104中测试。例如，试样样品可以是被怀疑含有一种或多种微生物剂的临床的或非临床的样品。临床的样品，例如体液，包括但不限于血液、血清、血浆、血液成份、关节液、尿、精液、唾液、粪便、脑脊液、胃内容物、阴道分泌物、组织均质物、骨髓抽取液、骨均质物、痰、抽吸物、拭子和拭子擦洗物、其他体液、以及类似物。可以被测试的非临床的样品包括但不限于食品、饮料、药物、化妆品、水(例如饮用水、非饮用水和废水)、海水压载物、空气、土壤、污水、植物材料(例如种子、叶、茎、根、花、果实)、血液制品(例如血小板、血清、血浆、白细胞部分等等)、捐献器官或组织样品、生物战样品、以及类似物。一种可能的用于本公开的仪器104的配置是在一种组合系统中，该组合系统将试样容器中的微生物剂的检测与微生物剂的自动识别和/或表征集成。这样的组合的途径描
述于在先临时申请中以及与本申请同一个日期提交的共同待决的申请序列号_、
代理人案卷号09-271-US中。这种组合的方法还参照图27的实施方案被描述。在本配置中，试样容器500(图1)被接种有试样样品(例如临床的或非临床的样品)并且加载/卸载入自动检测仪器102中/从自动检测仪器102加载/卸载出来(例如图47)。在足以允许微生物的自然放大的时间间隔(该时间间隔在物种之间不同)之后，试样容器在检测仪器102内被测试微生物的存在。测试周期性地进行，使得如果试样容器被测试为是阳性的，那么其立即可以被传递至识别和/或表征仪器104以进行试样样品的进一步的分析。检测可以使用多种技术来实现，例如在专利文献中描述的比色传感器 (colorimetric sensor)(见美国专利 4，945，060 ；5，094，955 ；5，162，229 ；5，164，796 ； 5，217，876 ；5，795，773 ；和5，856，175)。检测还可以使用微生物的固有荧光、对培养基 (media)的光学散射的变化的检测、或对培养基或顶部空间中的挥发性有机物的生成的检测来实现。这些技术是本领域中已知的，并且在本文件的背景部分中的上文所引用的专利文献中被描述。一旦试样容器500在自动检测仪器102 (见图47)中被检测为是阳性的，那么检测仪器102将通过指示物(例如视觉提示)、或通过在用户界面显示器的通知、或通过其他手段来通知操作者。系统可以被设置为自动地分析阳性试样容器，或需要终端用户在下文描述的识别/表征仪器104中进行样品分析之前确认。当采用自动表征时，通过电子手段立即通知医师来自识别/表征系统的结果，这将是可能的。一旦试样容器在检测仪器102中被确定为是阳性的，那么阳性试样容器被切换或被传递至下文描述的识别和/或表征仪器104。见图47。实现这一点的方式可以根据检测和识别/表征仪器102和104的物理配置而广泛地变化。能够实现这一点的方式的一个实施例在下文参照图27描述。现在具体地参照图1，试样容器或瓶子500被接收在识别和/或表征仪器104中， 以自动的或手动的方式。其发生的方式不是特别重要的，并且可以根据仪器104的配置而广泛地变化。试样容器500被放置在识别和/或表征仪器104中的合适的保持结构或机架 1906中。图2、5、27和观示出了多个可能的用于保持结构1906的配置。保持结构1906典型地适合于保持多个试样容器500。保持结构1906具有这样一种设施，该设施用于将试样容器旋转至高于和低于水平的倾斜位置以利于通风和样品移除，如下文描述的，以及可选择地样品的搅拌并且由此促进微生物生长。在可选择的配置中，被宣布是阳性的试样容器可以保留在检测仪器102内的机架中，并且取样可以从检测仪器直接地发生。识别和/或表征仪器104包括保持或夹持一次性通风和/或取样装置1902的样品移除设备1912。它们共同地操作以使试样容器通风并且移除测试样品(即在阳性试样容器500中的试样样品的一部分)，并且然后将该部分加入分离装置1904(见图6-11)中。 分离装置1904可以采取多种形式，并且本文描述了一种配置，在该配置中分离装置包括用于接收样品的储存器(图8，项260 和被连接于储存器沈02的毛细管沈04。识别/表征仪器104还包括分离和/或浓缩站1916，分离和/或浓缩站1916可选择地为离心机的形式并且在分离装置1904上操作从而将微生物剂从测试样品中的其他组分分离并且将分离装置1904内的微生物剂浓缩。在一个实例中，微生物剂以小球或小球状的团块的形式在分离装置1904的毛细管沈04的底部中被浓缩。识别/表征仪器还包括询问被浓缩的微生物剂以识别和/或表征微生物剂的识别和/或表征�？榛蚨寥≌�(图1，1918)。仪器104接收一次性物品的暗盒1900。一次性物品具有两种类型(1)取样装置1902，其用于使试样容器500通风和从试样容器500移除测试样品，以及( 分离装置1904，其通过通风和/或取样装置1902从容器500接收样品的一部分并且测试样品中的微生物剂在在分离装置1904中被浓缩。在仪器的可选择的配置中，通风和/或取样装置1902 和分离装置1904的功能被组合为单一的一次性装置，如图51-60中所示的，在这种情况下暗盒1900将仅包括多个组合的取样和分离装置。仪器104还包括操作成接近一次性物品1902和1904的机器人传递机构1910、被保持在保持器或机架1906中的阳性试样容器500、废物容器1908、分离和浓缩装置1916、以及识别�？�1918。机器人传递机构1910还可以操作成从分离的检测仪器接收阳性试样容器，并且将阳性试样容器加载入保持结构或机架1906中。机器人传递机构1910根据需要而接近废物容器、分离和浓缩站1916、识别�？�1918以及仪器104中的其他�？榛虿考越邢挛拿枋龅墓δ�。传递机构1910的构建的方式可以根据仪器104的配置而广泛地变化。样品移除设备1912优选被结合入或耦合于机器人传递机构1910，如由虚线1913 表示的。设备1912还包括用于夹持通风和取样装置1902、分离装置1904和/或试样容器 500中的一个的机器人夹紧和操纵机构。样品移除设备1912被连接于能够进行机器人夹紧功能的气动系统1914。气动系统1914可以包括真空泵，如在下文的第二实施方案中描述的。真空泵操作成向通风和取样装置1902提供真空以从试样容器500吸取样品，并且向取样装置1902提供正压以将来自取样装置1902的样品注射入分离装置1904中。识别仪器 104的这些方面将全部在下文更详细地描述。在一个实施方案中，识别�？�1918包括照射分离装置1904中的被浓缩的微生物剂的光源(例如激发光源)。响应于照射，被浓缩的微生物剂发射出可检测的荧光信号，即固有荧光，如下文描述的。此外，光源对被浓缩的微生物剂的照射将产生反射信号或瑞利散射信号；这种信号具有与激发光相同的波长并且提供另外的关于微生物剂的吸收的信息。 反射信号还可以提供荧光数据的归一化的基础。识别�？�1918的配置包括用于在空间上分散反射/荧光光谱的手段，其可以采取分光计的形式。这些荧光和反射信号(光谱)被传感器阵列1920捕获，传感器阵列1920产生向计算机1拟4供应的信号。计算机执行算法以处理反射/荧光信号并且响应地识别和/或表征微生物剂。在一个实施方案中，具有识别或表征结果的报告被发送至输出装置1926(例如显示器或相关联的计算机工作站、寻呼机、移动电话或电子邮件服务器)。所述结果可以包括临床程序类型、对微生物剂的直接识别(例如达到分类层系中的属或种水平)、或有关样品中的微生物剂的其他临床信息。第一实施方案(图1-26)样品移除设备和从试样容器(例如血液培养瓶500)的取样(图1-5、15_16，项 1910 和 1912)以样品头1912的形式的样品移除设备从取样装置1902的暗盒1900取回取样装置1902( —次性的)(图1、幻。该取样装置1902(图14，也参见图32、33)可以采取无菌有护套的针或其他器具的形式，以用于刺穿试样容器500中的阻挡器或其他封闭器构件并且使试样容器通风(如果必要的话)从而使瓶子压力与大气压力平衡。取样装置(图14、32， 1902)包括用于保持被抽出的测试样品的取样容器或室3204。测试样品将包括试样样品的一部分和任何存在的培养基。另一个可能的实施方案是取样装置含有无菌有护套的针并且被直接地连接于或结合入分离装置中(即组合的取样和分离装置，见图60-78)。样品移除设备1912可以可选择地包括用于在取样之前净化瓶子的表面的特征(如果需要的话)。机器人传递机构1910(图5)除了以围绕三个正交的平移轴线之一的旋转轴线运动之外，还可以以这三个互相正交的平移轴线运动，从而能够在瓶子被保持在试样容器保持器1906的机架2310中时将样品移除设备1912定位为与每个试样容器/瓶子500的接近部位(例如阻挡器或隔膜)相对。取样装置1902的有护套的针3202与瓶子接近部位的对准可以通过内置于容器500的�？刻卣鳌⑹泳跸低�(例如照相机)或使用预编程的维度坐标和控制机器人传递机构1910的精确运动来实现。瓶子500优选被首先向上倾斜，使得在接近部位或阻挡器下方的空间容纳顶部空间气体并且不容纳液体培养基(liquid media)。 本步骤的基本原理是容器应当首先被通风使得瓶子中的压力接近大气压力。这将防止气溶胶从瓶子的通风以及过量的流体传递和过分充满以及在瓶子过压状态的情况下的可能的溢出。相似地，如果培养尚未生成显著的副产物(例如顶部空间气体)或微生物不是气体生产者，那么将有压力不足条件，或瓶子内部的压力将低于大气压力，这将使取样困难。 无菌性的通风将平衡压力，使得流体样品可以被从瓶子移除。在合适的通风之后，瓶子500被倾斜，使得瓶子的进入口被向下定向并且液体样品可以被传递至取样装置1902。取样装置从试样容器抽出例如0. 5ml、l. 0ml、或2. Oml样品的血液/培养基。可选择地，正排量注射器(positive displacement syringe)状的装置可以被开发以提供在真空或压力条件的的宽范围内的对试样容器的取样。通风和取样的功能可以由分离的一次性装置1902进行，每个分离的一次性装置 1902具有图14和32的配置。可选择地，通风和取样的功能可以被包括分离和浓缩功能的装置进行，见图51-60和下文的讨论。 测试样品中的组分的可选择的溶解在测试样品已经被从试样容器500抽出之后，其中所含有的任何细胞组分(例如血细胞)可能需要被溶解，使得它们不干扰下文描述的分离和识别/表征过程。可选择的溶解步骤可以使用溶解缓冲剂(其是PH被平衡的表面活性剂溶液)来进行或可以使用超声处理来实现。两种途径都导致血细胞壁的破裂。溶解操作可以通过离线地或在识别和/ 或表征仪器104内将溶解缓冲剂加入一次性取样装置1902中来进行。可选择地，溶解缓冲剂可以在样品向分离装置1904中的加载期间与血液/培养基样品混合。在溶解缓冲剂和血液/培养基样品被组合之后，需要进行一定量的搅拌或混合，以确保溶解缓冲剂接触血细胞以及细胞壁破裂发生。在一个可能的实施方案中，机器人传递机构可以向上和向下或以其他方式运动以实现这种混合。在另一个实施方案中，混合站(例如在下文的第二实施方案中描述的旋涡器)可以被包括在仪器104中以实现这种混合。作为替代形式，分离装置1904可以具有两个隔间，该两个隔间被热响应性凝胶分隔或被其他将允许溶解缓冲剂和血液/培养基混合物被组合然后进入微生物分离装置中的分离材料分隔。另一个途径可以结合过滤器，以将微生物收集在表面上并且然后将微生物再悬浮入接种物中以进行测试。设想，多个分离装置1904可以以诸如管壳、暗盒、圆盘或条的形式被提供，以利于使用者容易加载系统。
分离和/或浓缩站(图1、21，项1916)和分离装置(图1、6_11、21，项1904)在试样从试样容器的抽出之后，并且在取样装置1902中的细胞组分(例如血细胞)的可选择的溶解之后，然后样品被注射或以其他方式引入分离装置1904中的一个中。 在样品中存在的微生物剂被从其他组分分离并且在分离装置1904内被浓缩为小球或小球状的团块。分离装置1904中的微生物的分离和/或浓缩的细节在上文的通过引用被并入本申请的相关专利申请中描述，但是基本的方法将在下文描述。分离使用密度溶液或密度缓冲物过滤来实现。在一个实施方案中，分离装置1904预加载有密度缓冲物。分离和浓缩借助于分离装置1904的离心而发生。分离装置1904(图6-11)本身可以采取被密度溶液填充的l_2mm直径内横截面毛细管的毛细管设计的形式。在该毛细管区域上方处是开放(即通向较大的横截面区域)的槽形结构，以提供用于血液/培养基样品和密度溶液的储存器。分离装置的底部表面由具有非�：玫淖贤庀吆涂杉馔干涞牟牧现圃�。结构的顶部具有在离心之前施用的盖子。在可选择的配置中，分离装置可以被从侧面照射，在这种情况下分离装置的下部分由具有非�：玫淖贤庀吆涂杉馔干涞牟牧现圃欤幻腹艿暮峤孛嫘巫纯梢允窃残蔚幕蛘叫蔚�。被混合的或被溶解的样品内容物(溶解缓冲剂和测试样品)借助于将来自取样装置1902的样品注射入分离装置1904中而被加载入分离装置1904中(见图20A-C和下文的描述)。密度溶液被在识别和/或表征仪器104中在线地加载入分离装置1904中，或更优选地分离装置1904被装载成预填充有密度溶液。在混合的或溶解的样品被加载入分离装置1904中并且装置1904被加盖之后，分离装置1904被加载入离心机1916中。可选择地，该盖子被配置为具有隔膜。样品可以通过刺穿隔膜被加入装置1904，这防止了对盖子移除和更换的需要。离心机被启动和旋转，例如以高rpm进行几分钟。这种动作使微生物剂(未被溶解的)经过密度溶液并且在分离装置1904中的毛细管的基部处浓缩为在管的最底部中的小球或小球状的团块(见图10，被浓缩的微生物剂小球观04)。在一个实施方案中，加载有密度缓冲物的装置1904在测试样品的加载之前被离心，以除去任何气泡或可能以其他方式干扰分离和/或浓缩步骤的类似物。再次地，组合的取样和分离装置可以被用于从试样容器除去测试样品和浓缩微生物剂；见图51-60以及下文的讨论。用于微生物识别和/或表征的识别/表征�？�(读取站)(图1、21、22，项1918)在分离装置1904已经如上文描述的被离心之后，离心机1916可以被旋转，使得分离装置1904在读取位置中，在读取位置，识别和/或表征�？�(读取站)1918可以询问被分离的和/或被浓缩的微生物剂(图10，小球2804)。可选择地，分离装置1904可以被机器人传递机构1910从离心机移除并且被放置在处于分离地点中的读取站中。在一个形式中，读取站1918包括用于询问分离装置1904内的被浓缩的微生物剂 (小球)的光学读取器组件。因为血液/培养基样品中的微生物/微生物剂在分离装置 1904中被强迫至毛细管的底部表面(见图10和11)，所以微生物剂将与底部表面接触。在一个可能的实施方案中，光学读取器组件观察由于来自激发光源的照射而从被浓缩的微生物剂发射出的荧光信号(例如固有荧光信号)。荧光信号(例如固有荧光)来源于被UV、可见光谱或顶光源的激发(见图11)。光源可以是连续灯，例如用于UV的氘灯或氙灯和/或用于可见AR激发的卤钨灯。因为这些光源具有宽范围的发射，所以激发带可以使用光带通滤光器来减小。其他可以使用的用于发射波长谱宽的方法包括声光可调滤波器、液晶可调滤波器、一系列的光学干涉滤光片、 棱镜光谱仪和其他仪器。可选择地，以从紫外至近红外的分立波长形式的激光是可用的；此夕卜，大量的多路方法是本领域技术人员已知的。可选择地，发光二极管可以被用作窄带激发光源。从240nm至超过700nm的峰值波长的具有20-40nm的谱宽的LED是可用的。上文的用于谱宽的减小的方法可以与LED的方法结合，以改进激发光谱和发射光谱之间的区分。从样品的发射可以通过任何合适的光谱区分的手段来测量，最优选采用分光计。 分光计可以是扫描单色器，该扫描单色器检测特定的发射波长，由此从该单色器的输出被光电倍增管检测；和/或分光计可以被配置为成像摄谱仪，由此输出被成像检测器阵列例如电荷耦合器件(CCD)检测器阵列检测。在一个实施方案中，鉴别器允许荧光和/或散射信号通过光电探测手段(例如光电倍增管、雪崩光电二极管、CCD检测器阵列、互补金属氧化物半导体(CM0Q区域传感器阵列和/或电子倍增电荷耦合器件(EMCCD)检测器阵列) (图1，项1920)来观察。在传感器阵列的前方的光学透镜系统(图11中的2904)将使形成毛细管沈04的底部的0. 78-2. Omm2区域放大，使得其填充传感器阵列的框架。可选择地， 一次性分离装置1902和光纤之间的耦合是没有透镜系统的直接光纤耦合；光纤探针是在远端端处的六个围绕一个的配置，使近端端具有用于发射纤维的线性配置以耦合入分光计的进入狭缝。以多个不同的波长的荧光信号强度被获取和保存在计算机存储器中。可选择的配置是将毛细管沈04减小至在直径上少于Imm以适应低生物质样品。此夕卜，毛细管区域的几何形状可以采取其他形状，例如矩形形状的内横截面。另一个可选择的实施方案是将毛细管的读取配置成用从侧面读取来代替从底部读取。这样做有两个可能的益处(1)避免了沉降至毛细管的基部的碎片或纤维以及( 提供了在光学上识别多种微生物剂存在的机会。矩形形状的毛细管可以优选用于这种侧面读取应用。识别和/或表征模块1918包括针对被存储在存储器中的荧光信号强度测量而进行操作的计算机(图1，项1拟4)。所述测量与对也被存储在存储器中的不同类型的微生物(即革兰氏阳性的、革兰氏阴性的、酵母等等)的通过实验确定的荧光光谱测量进行比较。计算机执行分类算法，并且产生微生物剂的分类结果，例如革兰氏分类、革兰氏族和物种。在一个配置中，被捕获的固有荧光信号的光谱的进一步分析被实现，使得物种识别和/ 或表征或对于物种识别的至少最高的三个概率(top three probabilities)被实现。由计算机执行的方法的细节对本发明不是特别重要的，并且因此为了简洁的目的而省略了详细的讨论。取样装置1902和分离装置1904的处理(图1、23，项1908)在测试样品被从取样装置1902注射入分离装置1904中之后，取样装置1902被丢弃入在识别和/或表征仪器104内的生物废物容器1908中。在分离装置1904的读取之后， 分离装置1904也被丢弃在生物废物容器1908中。生物废物容器被周期性地从识别/表征仪器除去并且被清空，并且然后被放回至识别/表征仪器中。用户界面识别仪器104优选包括向操作者提供有关被加载入识别仪器的试样容器的状态信息的用户界面(未示出)。用户界面可以包括以下特征中的某些或全部 触摸屏显示器 在触摸屏上的键盘。 系统状态 阳性警报·向其他系统(DMS、LIS、BCES&其他检测或识别仪器)的通信。 试样容器状态 取回试样容器 视觉和听觉阳性指示物· USB接口(后备ups和外部系统接口) 识别和/或表征结果、系统状态以及错误信息的远程通知用户界面的具体的外观或布局不是特别重要的。识别结果被发送至输出装置1拟6(图1)，输出装置1拟6可以是计算机存储器、仪器显示器、打印机、寻呼机、移动电话、个人数字助理、电子邮件服务器或其他装置。结果将典型地包括以下中的一个或多个微生物剂的临床革兰氏类型、微生物剂的物种的识别和 /或表征、或其他临床信息。试样容器500图1中示出的试样容器500被设计为保持和容纳样品并且可以采取标准培养瓶例如血液培养瓶的形式。瓶子的优选的实施方案结合用于识别/表征仪器104或离线设备内的瓶子500的自动读取的条形码(图1)。瓶子500包括将容器与环境密封开的具有可刺穿的隔膜的阻挡器(未示出)。可选择地，如果瓶子被既用于检测又用于自动识别，那么瓶子包括比色传感器，该比色传感器被形成或放置在瓶子的底部中以用于瓶子500中的微生物生长的存在的比色检测的目的。图1中示出的类型的试样容器是本领域中熟知的并且在本文件的背景部分中引用的专利文献中被描述，因此进一步的描述是不必要的。瓶子的配置不是特别重要的，并且本发明的系统和方法可以被配适成适合于用于容纳样品的多种容器。因此，血液培养试样容器的本发明的描述是以示例而不作为限制的方式被提供。II.第一实施方案的详细描述(图146)图2示出了识别/表征仪器104的一个可能的配置，包括一次性物品的暗盒1900、 用于阳性试样容器的机架或保持器1906、废物容器1908、机器人传递机构1910、被附接于或耦合于机器人传递机构1910的样品移除设备1912、分离和浓缩站1916以及识别和/或表征�？�1918。图3是图2的布置的俯视平面图。保持器1906包括三个机架，三个机架被定向为处在用于培育和例如从远程检测仪器或手动加载门来接收新的阳性试样容器的一种位置中。在图4中，机架被运动至用于从试样容器移除样品和将样品向分离装置1904中加载的位置。图5是在图4的位置中的识别/表征仪器的透视图，更详细地示出了识别/表征仪器104。保持器1906包括三个分离的机架2310，每个机架2310保持二十个试样容器500。 机架2310作为单元而围绕水平轴线可旋转，以将试样容器倾斜为向上定向(在图5中示出)从而实现使试样容器通风的目的以及将试样容器倾斜为向下的取向(见图1 从而实现样品移除的目的。机器人传递机构1910包括竖直导轨2320和水平导轨23M。样品移除设备1912 借助于被连接于导轨的轴环以及马达皮带驱动组件(未示出，但是是常规的)而从左至右和向上向下运动。因此，当试样容器呈向上的或向下的取向时，样品移除设备1912可以运动至三个机架2310中的瓶子位置中的任何位置。样品移除设备1912还可以通过沿着导轨 2322滑动而向前和向后运动。图5还表示出仪器104包括电子设备2300，电子设备2300包括用于处理荧光测量的计算机1924、存储分析的结果的存储器2302以及另外的用于存储用于识别/表征仪器 104的操作的程序代码的存储器或处理单元2304。电子设备2300优选位于在合适的面板 (未示出)的后方。一次性物品的暗盒图5示出了被加载入识别/表征仪器104中的一次性装置的暗盒1900。暗盒1900 包括多个取样装置1902和分离装置1904。分离装置1904在图6-11中示出。参照这些附图，分离装置由主体M02组成，主体 2402界定了储存器沈02和被连接于储存器沈02的毛细管沈04。主体M02界定轴线沈08 并且毛细管沈04被沿着轴线沈08定向。毛细管沈10的第一端被连接于储存器沈02，并且毛细管的第二端2612与端件2502的管部分2702连通。储存器通过可移除的帽M04来被接近，其中可移除的帽M04螺纹连接至在主体M02的顶部部分处形成的螺纹2502上。主体M02的下部分通过端件2502来封闭，其中端件2502借助于装配入主体中的相应的凹陷部沈06中的脊2704以及焊接或使用粘合剂而附着于主体。端件2502的底部壁2506具有如图8中表示的减小的厚度。端件结合有与主体M02的毛细管沈04对准的毛细管2702。 紧邻毛细管的第二端的主体M02由光学透明材料制成；在图7的实施方案中，端件2502是光学上透明的，以利于位于毛细管沈04的底部处的被浓缩的微生物剂观04的光学询问。分离装置1904加载有密度溶液或“缓冲物”观02(图10)，被预加载有材料或较不优选地在识别/表征仪器内将材料加入分离装置中。图12和13示出了分离装置1904的其中分离装置1904的主体是一体构造的实施方案。壁3002提供对于毛细管沈02的下部分的支持。紧邻毛细管沈04的下部分的主体由光学透明材料制成。图11示出了分离装置1904内的被浓缩的微生物剂观04的询问操作，该操作由图 1和5的识别�？�1918来实施。来自光源的光沿着光纤四02经过并且被透镜系统四04引导至分离装置1904的基部。光刺激荧光从微生物剂观04的产生，并且荧光通过光纤四06 被引导经过透镜四04和纤维四02到达CXD传感器阵列(1920，图1)。取样装置1902在图14中被示意性地并且部分不按比例地示出。装置1902可以采取注射器状的装置的形式，该注射器状的装置具有界定室3204的主体3200和有护套的针3202。室3204可以预加载有选择性的溶解缓冲剂3206。室3204的顶部被密封。室可以具有端口 3208，端口 3208允许取样装置被连接于真空或气动单元以利于通风或样品从瓶子500的取样。溶解缓冲剂3206可以被预加载入取样装置1902中，或其可以在使用时在仪器中加载入装置1902中。被加载入取样装置1902中的溶解缓冲剂可以被设计用于预期被发现的物种。在一个可能的配置中，选择性的溶解缓冲剂的多个储存器在仪器104中存在，并且溶解缓冲剂中的一个在使用时被加载入取样装置1902。样品移除设备(取样头)1912图1和5的样品移除设备1912操作成从阳性容器500除去在阳性容器500中的生物样品的一部分并且将该部分加入从分离装置1900的供应所获得的分离装置1904。样品移除设备1912的物理配置可以根据试样容器、取样装置和分离装置的配置而采取多种形式。在图示的实施方案中，样品移除设备1912采取打开和关闭从而夹持取样装置1902 和分离装置1904的关节指状物的形式。样品移除设备1912被运动至所需的位置，以借助于机器人传递机构1910的操作来取样并向分离装置中加载。通风和取样参照图15，样品移除设备1912被运动至一位置，在该位置，样品移除设备1912被直接地放置在暗盒1900中的取样装置1902中的一个的上方。样品移除设备1912的指状物夹紧取样装置1902并且设备1912被向上升高，从暗盒1900移除取样装置1902。如图16 中所示的，试样容器500被向上倾斜。在瓶子的顶部处的阻挡器使用紫外光或消毒剂(例如漂白剂或醇)而被杀菌。如图17中所示的，瓶子通过将取样装置的针3202(图14)引入穿过瓶子500的阻挡器中的可刺穿的隔膜而被通风，将瓶子的内部内的压力平衡至环境条件的压力。取样装置的端口 3208在该过程期间可以被连接于气动系统(1914，图1)，例如如下文的第二实施方案中所示的滚动线式泵(rolling diagram pump) 1710。如图18和19中所示的，机架2310然后被旋转至向下的取向。样品移除设备1912 与气动系统共同地将测试样品从瓶子500抽出送入取样装置1902中。溶解取样装置1902可选择地加载有约Iml的溶解缓冲剂3206 (图14)。在本实施方案中，约2ml测试样品被从瓶子500移除，并且在加载入取样装置1902中之后例如通过装置 1902的搅拌而在取样装置1902中与溶解缓冲剂混合。溶解操作是选择性地针对非微生物组分(例如血细胞)，即微生物剂细胞不被溶解。溶解缓冲剂3206选择性地溶解可能在样品中存在的非期望的细胞(即非微生物细胞)，例如血细胞和/或组织细胞。非微生物细胞的选择性的溶解允许微生物从其他可能在样品中存在的组分的分离。因此，溶解溶液是能够选择性地溶解细胞例如非微生物细胞(例如通过溶解真核细胞膜)的一种溶解溶液。溶解溶液可以包含一种或多种洗涤剂、 一种或多种酶、或一种或多种洗涤剂和一种或多种酶的组合。有用的洗涤剂可以包括一种或多种非变性的溶解性洗涤剂，例如Triton X-100 Triton x"100-R、Triton χ-114、NP-40、Genapol C-100、Genapol X-100、Igepal CA eSCKArlasolve^OCKBrij 96/97、CHAPS、辛基β -D-吡喃葡萄糖苷、皂苷和单十二烷基九乙二醇醚(C12E9，p0lid0Cen0l)。可选择地，可以包括变性的溶解性洗涤剂，例如十二烷基硫酸钠、N-十二烷基肌氨酸、脱氧胆酸钠、胆盐、十六烷基三甲基溴化铵、SB3-10、SB3-12、 胺基硫代甜菜碱-14和07820。可选择地，还可以包括增溶剂，例如81^@98、81^@58、81^ 35、Tween 80、Tween 20,piurOnic L64,piur0nic P84、非洗涤剂硫代甜菜碱(NDSB 201)、amphipols (PMAL-C8)、和甲基-β -环糊精。在一个实施方案中，聚氧乙烯洗涤剂可以是优选的。聚氧乙烯洗涤剂可以包含结构C12_18/E9_1(1，其中C12-18表示12至18个碳原子的碳链长度并且E9-10表示9至10个聚氧乙烯亲水头基团。例如，聚氧乙烯洗涤剂可以选自由Brij 97、Brij 96V,Genapol C-100、Genapol X-100、单十二烷基九乙二醇醚 (polidocanol)、乙二胺四乙酸(EDTA)或其组合组成的组。溶解溶液还可以包含一种或多种酶。可以在溶解溶液中使用的酶包括但不限于消化核酸的酶和其他堵塞膜的材料(membrane-fouling material)的酶(例如蛋白酶XXIII、 脱氧核糖核酸酶、神经氨酸苷酶、多糖酶、Glueanex 和Peetinex )。在另一个实施方案中，可以使用一种或多种另外的剂，包括例如还原剂例如2-巯基乙醇Q-Me)或二硫苏糖醇(DTT)，稳定剂例如镁、丙酮酸盐和湿润剂，和/或螯合剂例如乙二胺四乙酸(EDTA)。溶解溶液可以以任何适合于溶解所期望的细胞的pH来被缓冲，并且 PH将取决于多种因素，包括但不限于样品的类型、待被溶解的细胞以及所使用的洗涤剂。在某些实施方案中，PH可以在约2至约13、例如约6至约13、例如约8至约13、例如约10至约13的范围内。合适的pH缓冲剂包括任何能够将pH保持在期望的范围内的缓冲剂，所述范围例如约0. 05M至约1. OM CAPS。向分离装置1904中的分配以及分离/浓缩如图20A和20B中所示的，样品移除设备1912将取样装置1902(加载有被混合的溶解缓冲剂和样品溶液)携带至暗盒1900中的分离装置1902中的一个的位置。样品移除设备使用取样装置1902的针3202刺穿分离装置1904的帽，并且将0. 5至1. Oml的样品+ 溶解缓冲剂混合物注射入分离装置1904的储存器中。分配还可以在使分离装置1904打开盖之后和在重新加盖之后重新加盖分离装置1904之后被进行。然后样品移除设备将取样装置1902传递至废物容器1908，如图20C中所示的，并且将其存放入废物容器中。在一个实施方案中，分离通过离心步骤进行，在离心步骤中样品(例如被溶解的样品)被放置在之前被加载在分离装置1904中的约Iml液相密度缓冲物观02(图10)的顶部上，并且装置1904在允许微生物被分离和浓缩的条件下(例如10，000g)被离心(例如微生物在分离装置1904的底部和/或侧面形成小球或小球状的团块)。“密度缓冲物”是指具有整个溶液的同质的密度的溶液。缓冲物的密度被选择成使得样品中的微生物穿过缓冲物，而样品的其他组分(例如血液培养肉汤、细胞碎片)保留在缓冲物的顶部或不穿过贯穿整个密度缓冲物。用于密度缓冲物观02的材料可以是任何具有对于本发明的方法合适的密度范围的材料。通常，缓冲物的密度在约1. 025g/ml至约1. 120g/ml的范围内。在一个实施方案中， 材料是硅胶。硅胶可以是不被包覆的(例如Ludox (W. R. Grace，加利福尼亚州))或被例如硅烷(例如PureSperm (Nidacon Int' 1，瑞典)或^^化仿 (Irvine Scientific，圣安娜，加利福尼亚州))或聚乙烯吡咯烷酮(例如PercollTM、Percoll Plus (Sigma-Aldrich， 圣路易斯，密苏里州))包覆的。硅胶可以以任何合适的介质来稀释，以形成合适的密度，例如平衡的盐溶液、生理盐水和/或0.25M蔗糖。合适的密度可以使用以约15%至约80% ν/ν例如约20%至约65% ν/ν浓度的硅胶来获得。另一种合适的用于密度缓冲物的材料是被碘化的对比剂，例如碘海醇(Omnipaque Nycoft·印 或NyCodenz )和碘克沙醇 (Visipaque 或Optift^p )。合适的密度可以使用以约10 %至约25 % w/v浓度的碘海醇或碘克沙醇获得。蔗糖可以被用作对于血液培养样品的以约10%至约30% w/v例如约 15%至约20% w/v浓度的密度缓冲物。其他合适的可以被用于制备密度缓冲物的材料包括低粘度高密度油，例如显微镜浸镜油(例如Type DF5Cargille Labs，纽约)、矿物油(例如Drakeol 5、Draketex 50,Peneteck ； Penreco Co.，宾夕法尼亚州)、硅油(聚二甲硅氧烷)、氟化硅油、硅凝胶、metrizoate-Ficoll (Lymphoft^p )，例如以对于血液培养样品的约75%至约100%的浓度，泛影酸葡聚糖(Polymorphoft 印 )，例如以对于血液培养样品的约25%至约50%的浓度，羧甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、聚环氧乙烷(高分子量)、 Pluronic F127,piUronic F68、pluronic 化合物的混合物、聚丙烯酸、交联的聚乙烯醇、 交联的聚乙烯吡咯烷、PEG丙烯酸甲基醚、果胶、琼脂糖、黄原胶、结冷胶、Phytagel 、山梨糖醇、Ficoll (例如以对于血液培养样品的约10%至约15%的浓度的Ficoll 400)、甘油、葡聚糖(例如以对于血液培养样品的约10%至约15%的浓度)、糖原、氯化铯(例如以对于血液培养样品的约15%至约25%的浓度)、全氟化碳流体(例如全氟正辛烷)、氢氟烃流体 (例如Vertrel XF)，以及如本领域中熟知的类似物。在一个实施方案中，密度缓冲物选自硅胶、碘克沙醇、碘海醇、氯化铯、甲基泛影酸-Fieoll 、泛影酸葡聚糖、蔗糖、fieoll 400和 /或葡聚糖的以任何组合的的一个或多个。密度缓冲物还可以由材料的组合组成，例如硅胶和油的组合。向分离和浓缩站(离心机)的传递如图21中所示的，在使用被混合的或被溶解的测试样品加载分离装置1904之后， 样品移除设备1912取回被加载的分离装置1904，将其从暗盒1900提升出来，并且将分离装置1904运动至离心机1916。然后分离器1904被放置入离心机1916的保持器或加载位置中。样品中的微生物剂的分离和浓缩使用离心机1916而在分离装置1904内发生。分离步骤可以被实施成将微生物从样品的其他组分(例如非微生物或其组分)分离以及将微生物浓缩为为了识别和表征目的而能够被询问的小球。分离不必须是完全的， 即不要求发生100%分离。全部的要求是，微生物从样品的其他组分的分离应当足以允许微生物的询问而没有来自其他组分的很大的干扰。离心机在高速下旋转分离装置1904，以将微生物剂浓缩在分离装置1904内的毛细管的底部中。溶解缓冲剂在非微生物细胞(例如血细胞)上的作用、分离装置1904内的密度溶液的存在以及离心的组合导致微生物剂从被溶解的血液/肉汤混合物分离以及微生物剂在毛细管的底部中浓缩为小球或小球状的团块，如图10和11中所示的。在一个实施方案中，分离装置1904在站1916中使用甩开转头(swing out rotor) 来被离心，使得微生物直接在分离装置1904的底部上形成小球(在图8、10和13中示出的毛细管的底部中)。分离装置1904被在充分的加速度下离心并且持续充分的时间，以使微生物从样品的其他组分中分离(例如小球被形成)。离心加速度可以是约1，OOOXg至约 20，000 X g、例如约2，500 X g至约15，000 X g、例如约7，500 X g至约12，500 X g等等。离心时间可以是约30秒至约30分钟、例如约1分钟至约15分钟，例如约1分钟至约5分钟。读取被示出为毗邻于离心机而定位的识别和/或表征�？�(读取站1918)然后使用荧光光谱(例如固有荧光和/或漫反射率)、拉曼光谱或其他光学技术来询问被浓缩的微生物齐U。在其他实施方案中，小球中的微生物可以使用质谱技术被询问，例如MALDI-T0F质谱、 解吸电喷雾电离(DESI)质谱、GC质谱、LC质谱、电喷雾电离(ESI)质谱和选择性离子流管 (SIFT)光谱。如图22中所示的，识别和/或表征�？�1918可以物理地定位成紧邻离心机 1916，在这种情况下分离装置1904不需要被机器人传递机构进一步运动。可选择地，识别和/或表征模块1918可以位于识别/表征仪器内的不同的地点中，并且机器人传递机构操作成将分离装置运动至识别和/或表征�？�1918的位置。向废物的传递在读取之后，如图23中所示的，机器人传递机构1910和样品移除设备1912操作成将分离装置1904从离心机1916提升，将分离装置1904侧向地传递并且将其放置在废物容器1908中。图M示出了废物容器1904容纳多个取样装置1902和分离装置1908。当废物容器1908装满时，其被从仪器移除并且然后被空的废物容器代替。在分离装置的处理之前，分离装置的下区域的摄影图像可以使用照相机(未示出)被取得，以验证分离过程并且提供关于分离物的身份的重要的信息，例如小球尺寸、形状、颜色和密度。被浓缩的微生物剂的外部处理虽然在上文的实施方案中被浓缩的微生物剂在其仍然位于分离装置1904内时被询问，但是可以从分离装置移除被浓缩的微生物剂并且直接地测试其以识别和/或表征微生物剂。在本变化形式中，参照图25，分离装置1904被传递至移除装置或站4302。在站 4302，分离装置1904的帽M04被移除并且被浓缩的微生物剂观04被从分离装置1904移除。然后微生物剂经受一个或多个另外的测试。在一个可能的配置中，微生物剂被供应至分子诊断测试单元4310，分子诊断测试单元4310可以包括一次性测试条或类似物以及用于剂的识别的处理仪器。可选择地，微生物剂的样品可以被施用于MALDI质谱板4314，并且板可以被插入质谱单元4312中。可选择地，微生物剂可以被递送至微生物识别和/或表征测试装置4318 (例如测试卡)，并且该卡可以在处理仪器4316中被培育和测试。III.操作的方法流程图(图^A、B、C)现在将参照图^A_26C来描述在试样容器500经受检测和识别两个步骤的实施方案中的识别/表征仪器104的操作方法。过程在步骤4402处以样品向容器500中的一个容器的加载以及被加载的容器 500向检测仪器的递送来开始(如在我们的在先临时申请中和在共同待决的申请序列号
_, "Automated microbial detection apparatus (自动微生物探测设备)”，代理人
案卷号01120中描述的)。见图47，仪器102。在步骤4404，容器500被加载入检测仪器102中，例如通过将检测容器放置在将容器递送至检测仪器的传送带上或通过手动地加载容器。(见图47和48以及这些图的在下文的描述)在步骤4406，容器500被在检测仪器102内培育。在步骤4408，检测容器被读取(通过仪器102中的检测单元)。在步骤4410，检测容器的读取被分析以确定容器是否是阳性的。如果否，那么过程沿着否支链4411分支，并且检查计时器是否已经到期(步骤4412)。如果计时器已经到期，那么瓶子被认为是阴性的并且瓶子在步骤4414被传递至废物容器。否则，培育继续并且步骤4406、4408和4410周期地继续。如果在步骤4410检测容器是阳性的，那么过程前进至是分支4416。检测容器在步骤4418被运动至在检测仪器中的离开位置。在步骤4420检测容器被传递至识别/表征仪器104，例如通过将检测容器500运动至传送带上并且将其运动入识别/表征仪器的入口位置中(见图47)。传递可以通过某些其他方式发生，其的细节可以广泛地变化。在步骤4422 (图^B)，检测容器被放置入识别/表征仪器104的机架2310中的一个中。机器人传递机构1910可以在本过程中使用。在步骤44M，检测容器被无菌地通风。本步骤可以在取样装置的拾取之前发生或可以在拾取取样装置之后发生，见图15和16。在步骤4似6，取样装置1902中的一个被从暗盒1900拾取。取样装置1902预加载有如图15中所示的选择性的溶解缓冲剂；可选择地，溶解缓冲剂被在本时刻加入取样装置。在步骤44 ，如果装配了覆盖取样装置的针3202的保护性帽(未示出)的话，则保护性帽被移除。在步骤4430，针3202被插入直立的被通风的容器500中(见图16和17)。在步骤4432，检测容器被反转(见图18和19)并且少量样品(例如2. Oml样品) 被从容器500移除。在步骤4434，容器500被旋转至直立的取向并且取样装置1902的针3202被移除。在步骤4436，小体积(例如0. 5ml样品)的空气被引入取样装置中。这可以使用被连接于取样装置的气动系统1914来自动地实现。在步骤4438，如果装配了用于针3202的保护性帽的话，则保护性帽被更换。在步骤4440，取样装置1902被反转和搅拌以将样品的该部分与选择性的溶解缓冲剂彻底混合。在步骤4442，如果装配了用于针3202的保护性帽的话，则保护性帽被再次移除。 (注意装配有合适的夹紧或夹持特征的站可以被提供，以用于自动地移除和更换针的帽或可选择地帽可以保留在针上，如在第二实施方案中描述的)在步骤4444，阳性的肉汤/溶解缓冲剂混合物的小部分被丢弃入废物容器中。在步骤4446，样品移除设备将取样装置1902运动至在分离装置1904中的一个的上方的位置(见图38)并且使用取样装置的针刺穿帽。分离装置1904预加载有本实施方案中的密度缓冲物。在一个可能的变化形式中，溶解缓冲剂还被加载入具有密度缓冲物的分离装置 1904中并且样品和溶解缓冲剂的混合在分离装置1904内发生。在步骤4448，样品移除设备1912轻轻地将0. 5ml至1. Oml的样品/溶解缓冲剂混合物加入已经在分离装置1904的储存器中存在的密度缓冲物的顶部。见图20A和20B。在步骤4450，样品移除设备1912被运动至废物容器1908的位置并且取样装置 1902被丢弃。见图20C。在步骤4452，样品移除设备返回至分离装置1904并且将其从暗盒1900拾取出来并且将其运动至分离和浓缩站1916的位置，并且将分离装置1904放置入离心机中。见图 21。在步骤4妨4，开始离心机循环。在步骤4456，在离心过程完成之后，分离装置被运动至识别和/或表征�？� 1918(读取站)。如果读取站紧邻离心机，那么离心机被旋转至读取位置，其中分离装置 1904被定位以如11中所示的进行读取。在步骤4458，开始识别和/或表征�？橹械姆掷胱爸�1904的光学扫描(见图21、 22)。在步骤4460，在读取操作完成之后，分离装置1904被放置入废物容器1908中(见图 23,24)。IV.第二实施方案(图27-46)识别仪器104的第二实施方案将结合图27-46来描述。本实施方案在总体功能和操作方面相似于图1-26的第一实施方案；主要的差异是(1)机器人传递机构1910的不同的构造；( 提供取样装置1902中的样品和溶解缓冲剂的涡流，以及C3)包括可选择的在保持试样容器500的机架中的检测特征(见图28)，以检测容器500内的微生物生长，使得识别系统与用于检测试样容器是否是对于微生物剂的存在呈阳性的检测系统紧密地组合。 在第二实施方案的配置的细节上的差别的少数的其他几点将也在以下的描述中被提到。然而，第二实施方案，相似于图116的第一实施方案，共享相同的总体目标和设计目的。即，图27-46的第二实施方案自动化测试样品从试样容器的移除(优选在已经作出阳性确定之后不久)、自动化测试样品中的非微生物细胞的溶解、自动化被溶解的样品向一次性分离装置中的加载、自动化在在分离装置中的被溶解的样品中存在的微生物剂的分离和浓缩、以及自动化微生物剂的用于识别和/或表征微生物剂的询问。培养瓶/试样容器500被手动地或自动地加载入识别仪器104的机架或保持结构中。在可选择的配置中，试样容器500通过被结合入机架中的检测子系统来被测试微生物的存在。在不具有自动化的手动的现有技术方法中，技术人员将在瓶子被认为是“阳性的” 之后从分离的检测仪器移除瓶子。这可能发生在诊断确定之后的几小时，特别是如果确定是在午夜作出的话或当实验室人手不足时。然而，当使用该实施方案中的自动识别仪器时， 微生物剂的自动识别和/或表征的步骤能够在试样容器被认为是“阳性的”之后立即地并且自动地进行。在溶解性离心和固有荧光测量(都是图示的两个实施方案的特征)的情况下，可以是期望的是，样品在被相关联的检测仪器确定为阳性之后不久便能够为了识别和/或表征的目的而被处理。当瓶子被确定为阳性时，微生物处在生长的指数阶段中。该生长阶段不同于分别在指数阶段之前和之后的停滞阶段和死亡阶段。该指数阶段中的微生物具有与停滞阶段和死亡阶段不同的物理和基因表达特征。通过自动化这一识别和/或表征的过程，技术人员被从系统移除。与现有技术方法相比，微生物剂的识别和/或表征在本实施方案中能够更迅速地发生。A.系统布局根据第二实施方案的识别仪器104在图27中示出。仪器104包括容纳多个一次性取样装置1902的第一暗盒1900A以及容纳多个一次性分离装置1904的第二暗盒1900B。机架或保持结构1906包括用于保持多个容器500的贮器，其中容器500含有用于识别测试的样品。机架1906被示出为容纳在隔离的培育包围物1812内。包围物1812包括门1810， 门1810被打开以暴露瓶子500并且允许通过机器人传递机构1910、样品移除设备1912和取样装置1902而实现瓶子的通风以及测试样品的移除。机器人传递机构1910包括旋转的基部和可活动的接合部以及在接合部之间的节段，从而允许机器人传递机构1910以及尤其是被包括在样品移除设备或取样头1912中的夹紧结构能够接近仪器104中的各个部件。这些部件包括分离和浓缩装置(离心机1916)、 暗盒1900A和1900B、用于混合取样装置1902内的溶解缓冲剂和测试样品的旋涡器1814、 读取站1918、以及在溶解缓冲剂和密度缓冲物在使用时被加入取样装置或分离装置的条件中的容纳不同的溶解缓冲剂和/或密度缓冲物的各个容器1802、1804、1806。机器人传递机构1910能够接近每个瓶子500并且能够可选择地夹紧和保持瓶子500。因此，机器人传递机构1910可以可选择地是用于自动地将瓶子500加载入保持结构或机架1906中的装置。 可选择地，瓶子500可以通过被定位在包围物1812的与门1810相对的侧上的进入门而被手动地加载入机架中。见图49，门4902。在图27的配置中，离心机杯保持器1800保持小杯状保持器1801，分离装置1904 被放置入小杯状保持器1801中(见图46A)；分离装置1904和杯状保持器1801的组合被放置入离心机1916中，以进行微生物剂在分离装置1904中的分离和浓缩。在离心之后，杯状装置1801被返回至杯保持器1800。样品移除设备1912夹紧分离装置，并且机器人传递机构将其放置入读取/识别�？�1918中。分离装置1904中的被浓缩的微生物剂被读取/ 识别�？�1918询问。读取步骤可以包括上文描述的特征，例如测量样品的固有荧光光谱以及通过计算机的辅助对被测量的光谱与含有来自已知的微生物剂的光谱的数据集进行比较并且使用分类算法分类。在读取之后，分离装置1904被放置入废物容器中(见图1、15， 项 1908)。图28是识别仪器104的可选择的布置的图示。在本实施方案中，培育包围物的壁或面板被移除，以示出保持瓶子500的机架1906的一个实施方案。机架1906被结合入围绕竖直轴线旋转的旋转台中。用于非侵入地检测瓶子是否是阳性的的检测仪器被结合入机
架1906中。这些方面在于与本申请同一个日期提交的共同待决的申请序列号_、代
理人案卷号01145/MBHB 09-271-E中被更详细地描述，其内容通过引用并入本文。因此，在本实施方案中，机架1906和相关联的检测仪器起到用于确定微生物剂在试样容器中存在的自动检测系统102的作用。图四是图27的实施方案的另一个透视图，示出了被包括在机器人传递机构1910 中的离心机1916、旋涡器1814和样品移除设备1912。图30更详细地示出了一次性物品的暗盒1900A和1900B。虽然每个暗盒被示出为保持二十五个一次性取样装置1902或分离装置1904，但是在可更换的暗盒1900内的装置 1902和1904的数量或布置是不重要的。B.机器人传递机构1910和样品移除设备1912图31是机器人传递机构1910的透视图。传递机构1910被示出为以六轴机器人的形式。机器人包括由箭头表示的六个旋转接合部1700以及在机器人接合部之间的节段1702，节段1702线性地扩展或收缩以将被放置在机器人臂的调节工具(tooling)端处的样品移除设备1912的位置在三维空间中延伸或收缩或以其他方式运动。滚动隔膜泵组件1710被装配至机器人传递机构1910，以通过连接管3402将真空或正压施加于取样装置 1902，以利于容器500的通风和取样，如下文描述的。气动系统1914(图1)提供对形成样品移除设备1912的夹紧调节工具(gripping tooling)的气动控制。六轴机器人被选择以允许灵活性、特别是对瓶子通风和取样的能力。气动的夹紧器1954，见图34和35，被设置在机器人的在最后的旋转接合部上的调节工具端处。被附接于夹紧器1卯4的板保持三个端效应器；即，有三个分离的夹紧部件用于取样装置1902的夹紧部件1956、用于分离装置1904和试样容器500的夹紧部件1958、以及用于可以在以后的配置中使用的真空管的夹紧部件(未示出)。连接器1952被用于将管3402的自由端附接于在取样装置1902的近端端上的装配部3208(图3 。气动操作的线性滑动器1950被向前运动以将连接器1952前移为与取样装置1902接合，以及向后运动以在装置1902被存放在废物容器中时从取样装置脱离。夹紧器1%4和线性滑动器1950是气动驱动的，使夹紧器和线性滑动器被同一个空气管线(3602图36)控制。流量控制阀(未示出)控制在夹紧器和线性滑动器上运动的速率。当取样装置1902待被拾取时，夹紧部件1956被定位为围绕取样装置1902同时使部件1956打开，并且线性滑动器1950被缩回。空气阀(未示出)被激活以关闭夹紧器1%4 和关闭夹紧部件1956并且前移线性滑动器1950。通过流量控制，夹紧器首先关闭，抓取取样装置1902。在不久之后，线性滑动器1950前移并且将连接器(图34中195 与取样装置1902接合。管路；3402将泵组件1710与图；34中的连接器1952和取样装置1902连接， 由此建立从取样装置1902通过管路3402至泵1710(图36)的连接。C.取样装置1902取样装置1902在本实施方案中在图32和33中示出。装置1902的用于对试样容器500进行通风和取样的操作在下文结合图36和37来描述。装置1902的用于将样品注射入分离装置1904中的操作在下文结合图43-46来描述。现在参照图32和33，取样装置1902包括具有橡胶护套3214的18量规针 (18-gauge needle) 3202。鲁尔装配部(luer fitting) 3212 将针 3202 连接于 5ml 注射器主体或管3200。0. 2 μ m疏水过滤器3218被弹性体装配部3210耦合于注射器主体3200。 端口或装配部3208接收管3402(图34)，管3402被连接于被装配在图31的机器人传递机构1910上的滚动隔膜泵1710。护套3214具有四个功能1)护套针3202以避免针棒损伤，2)保持针3202无菌， 3)防止组分从管3200泄漏出来，以及4)用作弹簧，以在从试样容器500的取样和分离装置 1904的注射期间推回部件(见图44和45)。护套防止针3202粘附或结合于被装配在试样容器500的端上的隔膜或阻挡器。当针从隔膜抽出时，橡胶护套抵着隔膜推动，防止针和隔膜的结合。相似地，在分离装置的注射期间，护套3214的弹簧状压缩抵着分离装置1904的螺帽推动并且防止针粘附或结合于螺帽。疏水过滤器3218 (图3 防止微生物污染泵送系统和管路。因为该过滤器是疏水的，所以液体被阻止传至图31的泵1710。过滤器的在防止污染之外的另一个功能是可重复的流体抽出。一旦液体接触过滤器3218，那么不再有空气能够从管3200排出，这是因为水阻挡空气的流动。因此，泵1710可以继续泵送，但是被抽取的液体的体积将是管路体积的函数并且不是泵的精确度的函数。D.真空泵组件1710图31的真空泵组件1710在图36中的透视图中被单独地示出。泵1710含有被连接于线性致动器1714的滚动隔膜1712。电磁阀1716和1718将泵从输入切换至输出。在通风步骤期间，使用取样装置1902来将瓶子500的出口通向大气，电磁阀1716和1718被致动成使正压通风穿过系统(输入)。此外，在取样期间，泵将流体从瓶子500吸取入取样装置1902中。流体被喷射(输出)至分离器装置1904(图43-44)。对于输入和输出两种模式，线性致动器1714继续操作，使滚动隔膜1712往复地运动。止回阀(在图36未示出) 参与控制流体的方向。E.通风和取样通风和取样步骤在图37和38中示出。机器人1910首先从暗盒1900A拾取通风和/或取样装置1902中的一个。机器人1910运动至在图37中示出的位置中。门1810被打开。图37的机架1816被旋转至朝上指向的位置，并且通风借助于将取样装置1902的针插入试样容器500中而发生。然后机架1816被旋转至图37中示出的朝下指向的位置，并且泵1710被操作成将小体积的样品(0. 5至1. Oml)从试样容器500吸取入取样装置1902 中。取样装置1902预加载有溶解剂，或可选择地溶解剂在通风和取样步骤之前被加入取样装置1902。在取样装置被在现场加载溶解剂的情况下，机器人传递机构夹持取样装置中的一个，接近被储存在容器1802、1804、1806等等中的溶解剂溶液，见图27，并且将1.0ml至 2. Oml的溶解剂抽出送入取样装置1902中并且然后进行通风和取样步骤。F.溶解剂和样品在取样装置1902中的混合如上文提到的，图27-46的实施方案包括用于混合测试样品和溶解缓冲剂的特征，例如通过涡流取样装置1902以使从试样容器抽出的样品与在取样装置1902中存在的溶解剂混合。现在将结合示出了旋涡器1814的图四和39-42来描述涡流。本系统的独特的特征是保持取样装置1902的旋涡器杯3900。机器人传递机构1910首先将取样装置1902放置在旋涡器杯3900中(见图39)，释放取样装置1902，并且然后向上运动至图40中示出的位置中。然后机器人夹紧器指状物3450围绕着取样装置1902的上文所述的疏水过滤器 3218而松弛地关闭(图32、3；3)。取样装置1902被松弛地保持在旋涡器杯3900中，使得旋涡器1814可以自由地搅拌取样装置1902。如果取样装置1902被紧紧地保持，那么旋涡器 1814便不能够自由地搅拌在取样装置1902中存在的样品/溶解缓冲剂混合物。夹紧器调节工具(gripper tooling) 1956的底部表面1957在涡流期间将取样装置1902束缚在旋涡器1814中。旋涡器1814包括基部3902，杯或保持器3900通过延伸穿过在保持器3900的凸缘4204中的洞4202的紧固件而被安装至基部3902，如图41-42中所示的。保持器3900 的内部通道4200被控制尺寸以配合取样装置1902，如图40和41中所示的。涡流通过以 3000rpm循环5秒来充分地混合样品和溶解缓冲剂。在一个可选择的配置中，旋涡器杯3900包括加热元件，以将取样装置1902中的样品保持在37摄氏度。加热可以采取在图39A中示出的线圈电阻加热器3910的形式。涡流过程的搅拌频率、持续时间和温度可以针对具体的样品和缓冲剂而变化。
G.被混合的样品向分离装置1904中的注射可以是期望的是，首先将分离装置加载入离心机中以预旋转溶解性缓冲剂，并且确保没有被夹带的空气在分离装置的毛细管中存在。此外，如果光学系统被配置在离心机中，那么品质检查(例如在加入被溶解的样品之前的分离装置的预读取)可以被进行。质量控制检查可以包括对可以在分离装置中存在的碎片或纤维的检查、对光学表面的刮痕的检查、或对其他光学缺陷的检查。在旋涡器1814完成取样装置1902中的样品和溶解缓冲剂的混合之后，被混合的样品和溶解溶液的约Iml部分然后被注射入一次性分离装置1904 中。这种操作可以在分离装置1904仍然被容纳在图沈和27的暗盒1900B内时发生。被混合的样品和溶解缓冲剂在图43A中作为混合物4302被示出。(图43D示出了橡胶护套 3214，其被示出为被从针3202部分地移除，但是这仅是为了更好地图示护套和针；针在使用期间被护套覆盖，如图4 和43C中所示的)。为了实现样品向分离装置1902中的注射，机器人传递机构将(被加载的)取样装置1902定位在分离装置1904中的一个的上方，如图43A中所示的，并且然后前进以降低取样装置1902，使得针3202被强迫穿过橡胶护套3214和被设置在分离装置1904的帽M04 中的隔膜4300 二者，从而将针3202的尖端放置入分离装置的内部室沈02中。见图44、45 和46。这种动作压缩橡胶护套3214，如图44、45和46中所示的，使护套3214作用于弹簧并且向帽M04施加力。如图46中所示的，滚动隔膜泵1710操作成将空气泵送入取样装置 1902中，在取样装置的内部中产生正压并且由此迫使测试样品/溶解缓冲剂混合物4302通过针而注射入分离装置1904中，如图46中所示的。混合物4302被分配在已经在分离装置 1904中存在的1. Oml密度缓冲物观02的顶部。H.被加载的分离装置1904向离心机1916中的传递在分离装置3202的以这种方式的加载之后，机器人传递机构1910前进以将取样装置1902传递至废物容器，并且然后拾取被加载的分离装置1904并且将其放置在由杯保持器1800保持的杯1801中(图观，图46A-46C)。然后，杯1801和分离装置1904的组合被机器人传递机构1910拾取和提升使离开保持器1800 (图46A)，并且被放置在离心机1916 中(图观)，以进行分离装置1904中的样品的分离和浓缩。在一个可能的实施方案中，离心机1916不是被索引的(indexed)离心机，即其在旋转之后不到达精确的相同的位置。离心机盖子由气动气缸打开和关闭。离心机的位置被机器人传递机构1910上的照相机(未示出)找到。离心机的照片被取得，并且机器视觉软件确定离心机的位置，使得分离装置1902可以被正确地放置在离心机中。具体地，照相机寻找转子上的可信的标志，并且机器人运动至离心机转子中的合适的位置。分离装置1904 被插入合适的位置中以保持离心机1916中的平衡。离心机可以被配置为每次仅旋转一个分离装置(如在第一实施方案的情况下)， 或每次旋转多个装置，如图27-29中所示的。机器视觉部件(照相机)可以通过使用被索引的离心机转子而被去除。在本配置中，离心机转子将在离心之后在同一个位置处停止。这可以通过使用机械离合器来接合转子并且使其运动经过光学传感器到达正确的位置而实现。本方法可以消除与机器视觉相关联的复杂性(例如照射、复杂的软件算法)和成本，并且因此对于某些实施方案来说可以是优选的。
I.微生物剂在分离装置1904中的分离和浓缩离心机操作成以每分钟高转数来旋转分离装置1902，并持续足以将分离装置内的微生物试样浓缩为小球或小球状团块的时间，如结合第一实施方案所描述的，例如10，OOOg 持续2分钟。在离心期间，被溶解的红血球分离至密度缓冲物的顶部，并且完整的微生物在分离装置1902中的Imm毛细管沈04的底部形成小球(见图43A)。离心机盖子利用气动气缸而被打开并且机器人移除分离装置1902和杯1801。毛细管和保持器的位置通过机器视觉确定，如在上文的设置步骤中的。分离装置1902和杯1801被作为一个单元从离心机 1918移除并且被放置在杯保持器1800上(使用作为定位机构的销钉1805，见图46C)，并且然后机器人1910拾取分离装置1902并且将其运动至读取单元1918。J.被浓缩的微生物剂在分离装置1904中的读取读取单元1918询问分离装置1902内形成小球的被浓缩的微生物剂。细节与本公开内容无关。结果(对微生物剂的表征和/或识别信息)根据仪器的配置而被输出至仪器的用户界面、被连接的工作站、打印机或其他输出装置。K.试样容器500阻挡器的杀菌在本发明的仪器104的某些生物学应用中，试样容器500接种有试样样品，例如人类体液或其他正常地无菌的体液。这通过将样品经过针而注射入在容器500的顶部处形成的阻挡器来实现。可能的是，样品可能含有生物公害材料。经常，小滴的样品，例如血液，可以被留在阻挡器的表面上。期望的是，在取样和处理之前杀菌该表面，以避免容器500的被空气传播的或表面的微生物污染。多种方法可以被开发用于以自动化方式杀菌该表面。这些方法包括1)阻挡器表面的紫外杀菌。紫外光是给表面杀菌的标准方法。自动化可以通过将紫外光源附接于被设置在仪器中的第二机器人或自动化机构来实现，其中第二机器人或自动化机构将在使瓶子通风或移除测试样品之前运动至阻挡器表面以进行杀菌。2)使用消毒剂例如异丙醇或其他化学物来雾化表面并且然后将表面擦拭干净。目前这是最普遍的杀菌接种部位的手动方法。通常地，拭子被浸泡在消毒剂中，并且技术人员在接种瓶子或移除样品之前擦拭表面。机械擦拭在表面上的干燥血液斑点的情况下是必需的，这是因为化学雾化可以不穿透血液。表面的雾化可以通过用空气加压消毒剂储存器并且将其喷淋至阻挡器的表面上来被自动化。机械擦拭可以通过拾取拭子或织物擦拭物并且擦拭阻挡器表面来实现。擦拭表面的其他机械方法包括滚动被浸泡在消毒剂中的织物。再次地，这些方法可以借助于仪器104中的分离的机器人机构、或通过视情况而定地向已存在的机器人传递机构1910提供另外的夹紧/擦拭/雾化/紫外杀菌部件来实现。L.机器人传递机构1910的其他配置虽然在图27-29中示出的第二实施方案使用自动化机器人传递机构1910的六轴机器人来实现部件或材料在仪器中的传递和定位，但是其仅仅是可以作出的多种选择中的一个并且本公开的范围意图包括其他机器人传递机构。多轴机器人臂被选择是因为其是灵活的。新的自动化步骤可以被容易地编程，而不要求主要的机械调节工具重新设计。一旦过程被建立，那么机器人可以被具有较少轴线的较简单的且更紧凑的机器人或被笛卡尔 (x，y，z)自动化系统代替。笛卡尔系统将比六轴机器人成本更低。笛卡尔坐标系被例如在第一实施方案中使用(见图5)。
Μ.电致动器第二实施方案的致动器中的几个致动器(且尤其是在样品移除设备1912的夹紧器和滑动器方面)被气动装置(压缩空气)操作。气动机构对于编程和设计而言是简单的， 然而它们不适于用于压缩空气不可用情况下的临床的或某些实验室的设置。这些致动器可以被电的/机械的系统代替，例如线性驱动器、步进机和被连接于线性驱动器和螺线管的伺服电动机。N.可选择的混合方法在第二实施方案中，旋涡器1814被用于剧烈地混合样品和溶解性缓冲剂。不同的混合方法，例如超声处理或往复混合，可以被使用以代替涡流。0.识别系统的其他应用已经详细地描述了用于对试样容器例如血液培养瓶进行自动地通风和取样的方法和仪器。样品被溶解和离心以处理在样品中存在的微生物剂，以进行进一步的分析。仪器的特征可以适用于其他诊断系统和其他类型的培养瓶。这些系统可以包括分子生物学测试或用于工业样品的自动化培养瓶。工业样品可以包括药物或食物的无菌测试。在分子生物学测试的情况下，在微生物的指数生长期间进行微生物测试可能是非常重要的。在指数生长阶段期间，微生物的基因表达不同于在停滞阶段期间。在指数生长阶段之前的停滞阶段中，微生物正在转化它们的遗传机理以表达蛋白质从而消耗可能不同于其先前环境的培养基营养。当微生物进入指数阶段时，基因表达已经成为固定的。自动检测仪器102，例如在此处和在我们的在先临时申请或BacT/ALERT 系统中所描述的自动检测仪器，可以确定何时微生物开始指数阶段，并且上文所述的自动识别方法可以在指数阶段开始之后不久处理样品。在手动的培养方法中，将难以精确地确定何时微生物进入指数阶段，这是因为这将必须频繁地检查瓶子的浊度。如果指数阶段的开始被技术人员错过，那么存在微生物将因为有限的营养被消耗而进入死亡阶段的风险。因此， 在优选的实施方案中，本发明的识别仪器在阳性试样容器被认为是“阳性的”之后不久或立即地自动处理阳性试样容器。在识别系统的某些其他非临床的实施方案中，溶解步骤是可选择的或不被预先进行。因此，在取样装置中提供溶解性缓冲剂以及对取样装置进行涡流在本发明的仪器的每个可能的配置中均不是必需的。P.试样容器的再取样上文描述的通风、取样、分离和询问的过程可以根据需要而在同一个试样容器500 上重复。在一个可能的变化形式中，给定的试样容器500利用加载有不同的溶解性缓冲剂的取样装置1902(例如在现场从溶解性缓冲剂的供应处加载至仪器中)被相继地取样以及被加载入不同的分离装置1904中，分离装置1904然后经受分离和浓缩步骤并且然后读取。仪器104还可以在不首先进行检测步骤的情况下进行识别和/或表征测试；可能缩短识别的时间。这种操作模式可以在预测感染的其他临床数据可用时被采用。患者状态、 生物标记物(例如PCT)等等是可以预测感染的数据的实例。在这种模式中，试样容器被加载入识别仪器104中(例如采用任一个实施方案的机架设计)，瓶子在被设置在识别仪器中的机架中被培育，并且每个瓶子被周期地取样并且经受分离和浓缩步骤以及询问步骤。如果给定样品不能够在第一次迭代(first iteration)时被识别或表征，那么试样容器可以例如每30分钟被再取样，直到足够的微生物剂生长在试样容器内已经发生，使得对于该随后的迭代的读取步骤返回识别和/或表征结果。试样容器的培育在试样容器的顺序取样之前和期间发生。Q.向自动检测仪器的耦合。在某些实施方案中，第一实施方案和第二实施方案的自动识别仪器104被紧密地耦合于被配置为确定试样容器500是否是对于微生物剂的存在呈阳性的自动检测仪器。这种紧密的耦合优选在试样容器被测试为是“阳性的”时立即提供阳性试样容器500的从检测仪器向自动识别仪器104的自动化的转换。多种用于实现这种耦合的仪器配置在我们的于2009年5月15日提交的在先美国临时申请序列号61/216，339中描述。几种选择方案在图47和48中示出。在图47中，自动检测仪器102被通过传送带4702联接于自动识别和/或表征仪器104。到达自动识别和 /或表征仪器104的瓶子被机器人传递机构1910拾取并且被加载入机架中。在图48中，瓶子被向组合的检测和自动识别和表征仪器提供(例如，如上文对第二实施方案所提出的， 见图观和上文的讨论)。在这种配置中，保持将到来的试样容器500的机架包括用于询问被结合入瓶子的底部中的比色传感器的检测仪器。此外，组合的仪器102+104设置有培育特征，例如设置图27和37的培育包围物1812。另外其他的配置是可能的，如在于与本申请同一个日期提交的共同待决的申请序
列号_、代理人案卷号09-271-US中描述的。图49示出了一实施方案，在该实施方案
中，组合的仪器102+104包括用于将瓶子向组合的检测和识别/表征仪器的机架中手动加载的门4902。在图47-49的实施方案中，抽屉4702被设置成提供用于从仪器移除废物的通路， 所述仪器例如试样容器、取样装置和分离装置。图47-49的仪器的外部面板的物理配置不是特别重要的并且可以广泛地变化。仪器包括也可以广泛地变化的图形用户界面和显示器4704。R.计算机系统示意50是示出了识别和/或表征仪器104及其相关联的计算机控制系统的示意性的框图。图50中示出的细节可以广泛地变化并且不是特别重要的，并且因此在此以示例并且不作为限制的方式被提供。运行LabVIEW(National Instruments)的计算机4902被连接于两个计算机(1) 通过串联连接的计算机4904以及( 通过以太网连接的机器人控制计算机4906。计算机 4904控制机架1906和相关联的用于检测瓶子是否是阳性的的检测子系统，通过运动控制器4908对搅拌(振荡)机架1906的步进电动机控制以提供在培育期间的搅拌。步进电动机(未示出)允许机架被精确地放在适当的位置中以用于通过机器人传递机构1910实现的通风和取样。LabVIEff 4902计算机针对阳性的瓶子而查询计算机4904。计算机4904计算机通过串联连接来答复，并且瓶子ID、阳性的时间和瓶子位置均被LabVIEW计算机4902解析。 瓶子位置被发送至机器人控制器4906，机器人控制器4906通过被传送至连接于通向机架的门的继电器控制气动气缸的数字信号来打开通向机架的门(图27，1810)。机器人1910 获取取样装置1902并且使瓶子和样品通风，如上文描述的。
来自机器人控制器4906的数字信号被发送至继电器，以打开和关闭离心机1916 的盖子，启动离心机1916并且控制旋涡器1816。在滚动隔膜泵上的线性致动器的运动控制通过运动控制器4908而被LabVIEW计算机4902控制。被识别�？�1918捕获的询问测量(例如固有荧光测量)被发送至LabVIEW计算机4902。计算机4902将所测量的光谱与来自已知样品的被存储的基准光谱比较，以识别和/或表征样品中的微生物剂，如上文描述的。为了进行这种比较，计算机4902包括容纳基准光谱数据和机器可读代码的存储器(例如硬盘)，机器可读的代码存储用于进行这种比较的软件指令，例如上文描述的算法。计算机4902包括常规的中央处理单元，常规的中央处理单元使用算法对所获取的数据和所存储的基准数据操作以产生针对正在被测试的样品的结果，并且通过例如仪器上的用户界面或被附接的外接设备4910来提供报告。计算机4902可以通过国际互联网协议网络4914与其他远程地定位的计算机4912通信，例如以共享识别和/或表征结果，将结果存储在远程数据库中，或与其他实验室信息系统对接。S.分离和取样装置向单一的一次性装置的组合。如上文描述的，识别和/或表征仪器104包括保持或夹持一次性通风和/或取样装置1902的样品移除设备1912。它们共同地操作成使试样容器通风并且移除在阳性的检测容器500中的生物样品的一部分并且将该部分加入分离装置1904中。通风和取样的功能可以由分离的一次性装置1902执行。此外，通风、取样和分离的功能可以在单一的一次性装置中执行，如在本节中描述的。参照图51-55，分离装置6000包括通常以块体(block)形状的主体6002、顶部板 6004和基部板6006。主体具有用于固有荧光测量的光学窗口 ；形成窗口的材料是光学上透明并且不发荧光的。通常，主体6002可以被由本领域中已知的任何已知的塑料材料模塑成或以其他方式形成。如图53-55中所示的，分离装置6000的主体6002包括溶解室6020、通风通道6030、流体传递通道6034和分离室6040。溶解室6020和分离室6040被沿着两个平行且毗邻的竖轴6022、6042定向，被界定在主体6002中，每个室具有顶部终端和底部终端。通风通道6030提供将溶解室的底部端连接于顶部板6004中的通风或泵送端口 6018 的第一流体连通通道。如图M-55中所示的，第一流体连通通道还包括被容纳在主体6002 的上表面6034中并且提供在溶解室6020和通风通道6030之间的流体连通的通风流体流动凹槽6032。流体传递通道6036提供将溶解室6020的底部端连接于分离室6040的顶部端以将溶解性缓冲剂和样品从溶解室6020传递至分离室6040的第二流体连通通道。如图財和56中所示的，第二流体连通通道还包括被容纳在主体6002的上表面6034中并且提供在溶解室6020和分离室6040之间的流体连通的通风流体流动凹槽6038。溶解室6020、 通风通道6030和流体传递通道6036均向装置6000的主体6002的底部表面6010打开，如图52中所示的。主体6002的底部表面6010可以还包括提供在溶解室6020的底部和通风通道6030之间流体连通的下流体流动凹槽60 以及经过阀槽道60 的流体传递通道 6036(在下文进一步描述)。顶部板6004和基部板6006可以通过本领域中任何已知的手段附接于主体6002，以关闭或以其他方式密封室6020、6040和通道6030、6034。例如，顶部板6004和/或基部板6006可以通过焊接或通过使用粘合剂而被附着于主体。如图52中所示的，分离装置6000包括阀6012和贯通顶部板6004的阀致动器端口 6008。阀6012被容纳在主体6002的底部表面6010中的阀槽道60 内，并且在第一位置和第二位置之间通过外部致动器(未示出)可打开。当阀6012在第一位置中时，第一流体连通通道从溶解室6020的底部通过通风通道6030向通风或泵送端口 6018 “开放”。这种开放的第一流体连通通道可操作成从装置6000通风过量的压力或通过使用泵(未示出) 向溶解室6020提供真空。当阀6012在第二位置中时，第二流体连通通道从溶解室6020的底部通过流体传递通道6036向分离室6040“开放”。这种开放的第二流体连通通道可操作成将溶解性缓冲剂和样品从溶解室6020向分离室6040传递。如图62中所示的，通风或泵送端口 6018和样品进入端口 6016包括穿过顶部板6004的开放通道。在一个可能的实施方案中，样品进入端口 6016还包括可刺穿的隔膜(未示出)。在另一个实施方案中，注射器针头(未示出)可以被附接或附着于样品进入端口 6016，由此允许溶解和分离装置另外地作为通风和/或取样装置来操作以直接地从试样容器500获得样品。如图M中所示的，分离室6040可以还包括上储存器、中部锥形节段和下毛细管 6048，它们全部被围绕中心竖轴布置。如所示的，中部锥形节段连接较大直径的上储存器和较小直径的毛细管6048。在一个实施方案中，毛细管6048的底部壁由光学透明材料制成， 以利于位于毛细管6048的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。在另一个实施方案中，分离装置6000由光学透明材料制造，以利于位于毛细管6048的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。如所示的，与毛细管6048相对的底部壁可以具有减小的厚度以利于光学询问，如图53中表示的。在又另一个实施方案中，光学询问可以从装置6000的侧面发生。根据本实施方案，块体将包括与毛细管6048并置的凹口部分6010和有减小的厚度的侧壁。根据本实施方案，分离装置6000由光学透明材料制造，以利于位于毛细管6048的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。在操作中，溶解室6020可以加载有从阳性的培养容器取得的溶解缓冲剂和样品。 例如，取样装置1902，如本文其它处描述的，可以用于分离地或组合地将来自阳性培养容器的溶解缓冲剂和样品存放在溶解室6020中。在另一个实施方案中，溶解缓冲剂可以被加入表征/识别子系统内的分离装置6000的溶解室6020。例如，取样装置1902可以用于获得溶解缓冲剂的试样量(例如从溶解缓冲剂储存器)，然后该试样量可以随后经过主体6002 中的样品进入端口 6016(例如可刺穿的隔膜)而存放在溶解室6020中。然后，取样装置 1902可以用于从阳性试样容器500获得样品并且将该样品经过溶解室端口 6016而存放在溶解室6020中。然后溶解缓冲剂和样品在溶解室6020内混合，例如通过取样装置6000的搅拌和/或涡流。选择性的溶解步骤被允许持续足以允许溶解反应被实质上完成的时间 (例如1至5分钟)。这种选择性的溶解步骤选择性地溶解可能在样品中存在的非期望的细胞(即非微生物细胞)，例如血细胞和/或组织细胞。在另一个实施方案中，溶解室6020 可以预加载有在搅拌和/或涡流之前被加载至溶解室的溶解缓冲剂和样品。在一个实施方案中，取样装置6000可以可选择地被培育以允许选择性的溶解步骤更迅速地进行。在溶解步骤之后，被溶解的样品和溶解缓冲剂可以经过流体流动通道6030而传递至分离室6040，用于使任何微生物从被预加载的密度缓冲物分离，如本文描述的。阀 6012被机械致动器(未示出)外部地向下压动，由此打开溶解室6020和分离室6040之间的流体流动通道6030。在分离室6040上方的泵将混合物经过流体流动通道6030而吸出并送至分离室6040的顶部。在一个实施方案中，通过将分离装置6000保持成一角度，流体可以静静地沿着分离室6040的内部壁向下流动并且流动至密度梯度上。
识别/表征仪器104还包括分离和/或浓缩站，分离和/或浓缩站可选择地以离心机的形式并且在分离装置6000上操作从而将微生物剂从生物样品的部分中的其他产物分离出并且在分离装置6000内浓缩微生物剂。在一个实施例中，微生物剂在分离装置6000 的毛细管6060的底部中被浓缩成小球或小球状的团块的形式。 识别/表征仪器还包括询问被浓缩的微生物剂以识别和/或表征微生物剂的识别和/或表征模块或读取站(见例如图1，1918)。具有被堆叠的室设计的另一个实施方案在图59-69B中示出。图55-60图示了组合的取样和分离装置6100。如图55_56和59中所示的，组合的取样和分离装置6100包括上壳体6102、下壳体6104、以及连接上壳体6102和下壳体6104 的柔性夹管阀6108。如图57和58中所示的，上壳体包围上溶解室6120，下壳体包围下分离室6140，并且柔性夹管阀6108界定穿过其的流体传递通道6130。上溶解室6120、流体传递通道6130和下分离室6140可以被围绕中心轴线6122定向。组合的取样和分离装置6100还包括一对可相对的压缩凸台6110、阀致动器块体 6106和可操作成“打开”和“关闭”柔性夹管阀6110的可相对的致动器臂6118。在操作中， 阀致动器块体6106可以在第一方向(例如朝向压缩凸台6110，如由箭头6107表示的)运动以“打开”阀6100。通过将致动器块体6106朝向压缩凸台6110运动，致动器臂6118将压缩凸台6110向上推动，使压缩凸台6110远离柔性夹管阀地运动，由此打开阀6108。在打开位置中，流体流动通道6130被打开，允许在上溶解室6120和下分离室6140之间的流体连通(如图58中所示的)。阀致动器块体6106还可以在第二方向(例如远离压缩凸台 6110，如由箭头6109表示的)运动以“关闭”阀6108。当致动器块体6106被远离压缩凸台 6110地运动时，致动器臂6118将一对可相对的压缩凸台6110运动至“关闭”位置，由此夹捏关闭柔性夹管阀6108(如图60中所示的)。如图56-57和59中所示的，组合的取样和分离装置6100还包括用于从试样容器获得样品的注射器针头6112以及用于将真空吸入至溶解室6120内由此辅助于装置6100 的加载的真空端口 6114。可选择地，注射器可以还包括用于保护注射器针头不受破环和/ 或污染的护套(未示出)。此外，如图56-57和59中所示的，组合的取样和分离装置6100 包括真空端口 6114。真空端口将包括允许气体经过且防止污染的气体可渗透过滤器或疏水膜6116。在操作中，真空端口可以被连接于泵(未示出)，该泵可以将真空施加于取样和分离装置6100以从阳性试样容器取得样品。如图58和60中所示的，分离室6140包括上储存器6142、中部锥形节段6144和下毛细管6146，它们全部在溶解室6120的下方被围绕轴线6122布置。如所示的，中部锥形节段6144连接较大直径的上储存器6142和较小直径的毛细管6146。在一个实施方案中，毛细管6146的底部壁6150由光学透明材料制成，以利于位于毛细管6146的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。在另一个实施方案中，分离装置6100由光学透明材料制成，以利于位于毛细管6146的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。如所示的，与毛细管6146相对的底部壁6150可以具有减小的厚度以利于光学询问，如图58和 60中表示的。在操作中，当柔性夹管阀6108在关闭位置中时，溶解室6120可以加载有从阳性的培养容器取得的溶解缓冲剂和样品。在一个实施方案中，溶解缓冲剂可以使用注射器针头6112被加入分离装置6100的溶解室6120。例如，注射器针头6112可以被用于获得溶解缓冲剂的试样量(例如从溶解缓冲剂储存器)，将溶解缓冲剂存放在溶解室6020中。然后，注射器针头6112可以被用于从阳性试样容器500获得样品，将该样品存入溶解室6120 中。然后溶解缓冲剂和样品例如通过取样装置6100的搅拌和/或涡流而在溶解室6120内混合。选择性的溶解步骤被允许持续足以允许溶解反应被实质上完成的时间(例如1至5 分钟)。这种选择性的溶解步骤选择性地溶解可能在样品中存在的非期望的细胞(即非微生物细胞)，例如血细胞和/或组织细胞。在另一个实施方案中，溶解室6120可以预加载有在搅拌和/或涡流之前被加载至溶解室的溶解缓冲剂和样品。在又另一个实施方案中，取样装置6100可以可选择地被培育以允许选择性的溶解步骤更迅速地进行。在溶解步骤之后，被溶解的样品和溶解缓冲剂可以被经过流体流动通道6130传递至分离室6140，以使任何微生物从被预加载的密度缓冲物分离，如本文描述的。为了将被溶解的样品和溶解缓冲剂传递至分离室6140，一对可相对的压缩凸台6110被运动至打开位置，由此打开柔性夹管阀6108并且允许经过流体流动通道6130在溶解室6120和分离室 6140之间的流体连通。当柔性阀6108在打开位置中时，被溶解的样品和溶解缓冲剂将通过重力流动经过流体流动通道6130并且流动至被容纳在分离室6140中的密度缓冲物(未示出)上。在一个实施方案中，通过将分离装置6100保持成一角度，流体可以静静地沿着分离室6140的内部壁向下流动并且流动至密度梯度上。识别/表征仪器104还包括分离和/或浓缩站，分离和/或浓缩站可选择地以离心机的形式并且在分离装置6100上操作从而将微生物剂从生物样品的部分中的其他产物分离出并且使微生物剂在分离装置6100内浓缩。在一个实施例中，微生物剂在分离装置6100 的毛细管6160的底部中被浓缩成小球或小球状的团块的形式。识别/表征仪器还包括询问被浓缩的微生物剂以识别和/或表征微生物剂的识别和/或表征�？榛蚨寥≌�(见例如图1，1918)，如上文描述的。组合的取样和分离装置6300的另一个实施方案在图61-63中示出。与图56-60中示出的组合的取样和分离装置相似地，组合的取样和分离装置6300包括包围溶解室6320 的上壳体6302、包围分离室6340的下壳体6104、以及柔性夹管阀6308，柔性夹管阀6308界定穿过其的流体传递通道6130。组合的取样和分离装置6300还包括一对可相对的压缩凸台6310、阀致动器块体 6306以及可操作成“打开”和“关闭”柔性夹管阀6308的可相对的致动器臂6318。在操作中，阀致动器块体6306可以在第一方向(例如朝向压缩凸台6310，如由箭头6307表示的) 运动以“打开”阀6308。通过将致动器块体6306朝向压缩凸台6310运动，致动器臂6318 将压缩凸台6310向上推动，使压缩凸台6310远离柔性夹管阀地运动，由此打开阀6308。 在打开位置中，流体流动通道6330被打开，允许在上溶解室6320和下分离室6140之间的流体连通(如图62中所示的)。阀致动器块体6306还可以在第二方向(例如远离压缩凸台6306)运动以“关闭”阀6308。当致动器块体6306被远离压缩凸台6310地运动时，致动器臂6318将一对可相对的压缩凸台6310运动至“关闭”位置，由此夹捏关闭柔性夹管阀 6308(未示出)。如图61-63中所示的，组合的取样和分离装置6300还包括用于从阳性试样容器获得样品的注射器针头6312、用于将真空吸入至溶解室6320内而由此辅助于装置6300的加载的阀端口 6314。可选择地，注射器可以还包括用于保护注射器针头不受破环和/或污染的护套(未示出)。真空端口将包括允许气体经过且防止污染的气体可渗透过滤器或疏水膜6116。组合的取样和分离装置还包括真空室，真空室可选择地预加载有真空，并且操作性地通过阀6360而连接于取样和分离装置6300以将真空施加于取样和分离装置6300以从阳性试样容器取得样品。参照图63，本实施方案的阀机构6360包括泵端口 6370，其允许泵(未示出)将柱塞6380在真空位置和通风位置之间操作。阀6360还包括内部室6374、真空端口 6376和通风端口 6378。在操作中，泵(未示出)可以使柱塞运动至第一位置或真空位置(如图65 中所示的)，由此打开从所述阀端口 6372经过内部室6374并且经过真空端口 6376到达真空室6362的流体连通通道。在第一位置或真空位置中，阀6360允许真空被施加于取样和分离装置6300，由此控制样品从阳性试样容器的取得。柱塞6380还可以被运动至第二位置或通风位置，由此打开从所述阀端口 6372经过内部室6374并且经过真空端口 6378的流体连通通道，由此允许取样和分离装置在通过真空取得样品之前来通风试样容器。如图62中所示的，分离室6340可以还包括上储存器6342、中部锥形节段6344和下毛细管6346，它们全部在溶解室6320的下方被围绕轴线6322布置。如所示的，中部锥形节段6344连接较大直径的上储存器6342和较小直径的毛细管6346。在一个实施方案中， 毛细管6346的底部壁6350由光学传递材料制成，以利于位于毛细管6346的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。在另一个实施方案中，分离装置6300由光学透明材料制成，以利于位于毛细管6346的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。如所示的，与毛细管6346相对的底部壁6350可以具有减小的厚度以利于光学询问，如图62 中表示的。如本领域技术人员将意识到的，本实施方案的取样和分离装置6300以与第一实施方案的取样和分离装置6100相似的方式操作。因此，本具体的实施方案的操作的详细描述被排除。在溶解步骤已经被进行之后，本实施方案的取样和分离装置6300可以被离心以对任何被容纳在其中的微生物进行分离和/或小球化。本实施方案的取样和分离装置6300 可以预加载有溶解缓冲剂和/或密度缓冲物。现在参照图64-67，示出了组合的取样和分离装置6200的第三实施方案。组合的取样和分离装置6200包括上壳体6202、下壳体6204、以及连接上壳体6202和下壳体6204 的旋转连接部6206。如图65中所示的，上壳体包围上溶解室6220，下壳体包围下分离室 6240,并且旋转连接部6206界定穿过其的流体传递通道6130。上溶解室6220、流体传递通道6230和下分离室6240可以被围绕中心轴线6222定向，如图65中所示的。在操作中，旋转连接部6206可以被旋转至“打开”位置。在打开位置中，流体流动通道6230被打开，允许在上溶解室6220和下分离室6240之间的流体连通(如图65中所示的)。旋转连接部6206还可以被旋转至“关闭”位置以关闭流体流动通道6230。如图65 中所示的，流体流动通道包括经过旋转连接部6208的上部分的上开口或通道6232以及经过旋转连接部6210的下部分的下开口或通道6234。本实施方案的旋转连接部6206可以还包括在旋转连接部6208的上部分和旋转连接部6210的下部分之间的密封垫片6218，如图 66中所示的，以防止泄漏。如图64-66中所示的，组合的取样和分离装置6200还包括用于从阳性试样容器获得样品的注射器针头6212，以及用于将真空吸入至溶解室6220内由此允许样品被加载入装置6200的溶解室6260中的真空端口 6214。可选择地，注射器可以还包括用于保护注射器针头不受破环和/或污染的护套(未示出)。真空端口 6214将包括允许气体经过且防止污染的气体可渗透过滤器或疏水膜6216。在操作中，真空端口 6214可以被连接于泵(未示出)，泵可以将真空施加于取样和分离装置6200以从阳性试样容器取得样品。如图65中所示的，分离室6240可以还包括上储存器6242、中部锥形节段6244和下毛细管6246，它们全部在溶解室6220下方被围绕轴线6222布置。如所示的，中部锥形节段6244连接较大直径的上储存器6242和较小直径的毛细管6246。在一个实施方案中，毛细管6246的底部壁6250由光学透明材料制成，以利于位于毛细管6246的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。在另一个实施方案中，分离装置6200由光学透明材料制成，以利于位于毛细管6246的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。如所示的，与毛细管6246相对的底部壁6250可以具有减小的厚度以利于光学询问，如图65中表示的。如本领域技术人员将意识到的，本实施方案的取样和分离装置6200以与第一实施方案的取样和分离装置6100相似的方式操作。因此，本具体的实施方案的操作的详细描述被排除。在溶解步骤已经被进行之后，本实施方案的取样和分离装置6200可以被离心以对任何被容纳在其中的微生物进行分离和/或小球化。本实施方案的取样和分离装置6200 可以预加载有溶解缓冲剂和/或密度缓冲物。现在参照图67-69B，示出了组合的取样和分离装置6400的另一个实施方案。组合的取样和分离装置6400包括上壳体6402、下壳体6404、以及连接上壳体6402和下壳体 6404的回转阀6406。如图68B和69B中所示的，上壳体包围上溶解室6420，下壳体包围下分离室6440，并且回转阀6306界定穿过其的流体传递通道6430。上溶解室6420、流体传递通道6430和下分离室6440可以被围绕中心轴线6422定向，如图68B和69B中所示的。在操作中，回转阀6406可以通过阀手柄6408被旋转至“开放”位置6434(见图 79B)。在打开位置中，流体流动通道6430被打开，允许在上溶解室6420和下分离室6440之间的流体连通(如图69B中所示的)。回转阀6406还可以被旋转至“关闭”位置6434(见图68B)以关闭流体流动通道6430。如图67-69B中所示的，组合的取样和分离装置6400还包括用于从阳性试样容器获得样品的注射器针头6412，以及用于将真空吸入至溶解室6420内由此允许样品被加载入装置6400的溶解室6460中的真空端口 6414。可选择地，注射器可以还包括用于保护注射器针头不受破环和/或污染的护套(未示出)。真空端口 6414将包括允许气体经过且防止污染的气体可渗透过滤器或疏水膜6416。在操作中，真空端口 6414可以被连接于泵(未示出)，泵可以将真空施加于取样和分离装置6400以从阳性试样容器取得样品。如图68B和69B中所示的，分离室6440可以还包括上储存器6442、中部锥形节段 6444和下毛细管6446，它们全部在溶解室6420的下方被围绕轴线6422布置。如所示的， 中部锥形节段6444连接较大直径的上储存器6442和较小直径的毛细管6446。在一个实施方案中，毛细管6446的底部壁6450由光学透明材料制成，以利于位于毛细管6446的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。在另一个实施方案中，分离装置6400由光学透明材料制成，以利于位于毛细管6446的底部处的被浓缩的微生物剂(未示出)的光学询问。如所示的，与毛细管6446相对的的底部壁6450可以具有减小的厚度以利于光学询问，如图68B和69B中表示的。如本领域技术人员将意识到的，本实施方案的取样和分离装置6400以与第一实施方案的取样和分离装置6100相似的方式操作。因此，本具体的实施方案的操作的详细描述被排除。在溶解步骤已经被进行之后，本实施方案的取样和分离装置6400可以被离心以对任何被容纳在其中的微生物进行分离和/或小球化。本实施方案的取样和分离装置6400 可以预加载有溶解缓冲剂和/或密度缓冲物。从上文的讨论，将意识到，已经公开了用于使试样容器500自动通风的设备，其中试样容器500具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器(例如隔膜)，所述设备包括机架(例如图5，1906)，其保持试样容器500 ；通风装置(1902，图14、图32)，其具有针3202、与针流体连通的室3202以及与室流体连通的端口 3208(图14、32、43A)；(注意通风装置可以采取在图51-59中示出的组合的分离和取样装置中的一个组合的分离和取样装置的形式，特别是在被配置有针时)机器人传递机构(1910，图1、5、247)，其相对于机架可运动；样品移除设备(1912，图1、5、15、17、27、37、38)，其附接于机器人传递机构，具有用于夹紧通风装置的夹紧特征；其中样品移除设备和机器人传递机构相对于试样容器均可运动，从而自动地将通风装置的针插入穿过试样容器的封闭器，以由此使试样容器的内部通风并且获得试样容器的内部和大气之间的平衡。(图16,38)如上文讨论的，机架在第一位置和第二位置之间可运动，在第一位置中试样容器被以向上的取向来定向(图16、17)，在第二位置中试样容器被以向下的取向来定向(图 18、19)，并且当机架运动至第一位置(图16、17)时，通风装置的针的插入发生。如图32A的实施方案中所示的，通风装置1902可以包括被定位在通风装置内紧邻端口的疏水过滤器3218。设备还包括被耦合于通风装置的端口 3208的气动系统1914(图1)，例如如图14 和34中所示的(通过被连接于图31的真空泵1710的管3402)。因此，气动系统1910可以包括具有第一端和第二端的管3402，第一端被连接于通风装置的端口(见图34)，第二端被连接于气动泵(图36)。如上文讨论的，在某些实施方案中，通风装置1902加载有选择性的溶解剂(见图 14)。在某些实施方案中，通风装置1902包括覆盖针的护套(见图32、43，护套3214)。护套可以是柔性的(见图44-46)并且柔性护套在试样容器的通风期间覆盖针的在试样容器的外部的部分(图38)。如上文提出的，机器人传递机构1910可以采取多种形式，包括多轴机器人臂(见图31、37)。可选择地，机器人传递机构可以采取相对于机架1906在至少两个正交方向可运动的直角坐标型机器人的形式(见图幻。如图5和35中所示的，样品移除设备可以包括夹紧指状物(见1956，图34、3幻。如图34中所示的，样品移除设备包括被耦合于管3402的第一端的滑动器1952，滑动器相对于通风装置1902可运动以将管3402的第一端在通风装置1902的端口 3208上方推进。还将意识到，已经描述了用于对试样容器进行自动取样的设备，其中试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器，所述设备包括机架1906，其保持试样容器；取样装置1902，其具有针、与针流体连通的室以及与室流体连通的端口 ；机器人传递机构1910，其相对于机架可运动；样品移除设备1912，其附接于机器人传递机构，具有用于夹紧取样装置1902的夹紧特征；以及气动系统1914，其被耦合于取样装置的端口 (例如通过管3402)；其中样品移除设备和机器人传递机构均可运动，从而自动地将取样装置的针插入穿过试样容器的封闭器，气动系统操作成使容纳在试样容器内的样品的一部分经由针而被吸入取样装置的室中(图15、18、19、37、38)。(注意取样装置可以采取在图 51-69中示出的组合的分离和取样装置中的一个组合的分离和取样装置的形式)。在一个实施方案中，样品移除设备1912首先在试样容器被旋转至向上的第一位置时将针3202插入试样容器中以由此使试样容器500通风，并且然后在机架被旋转至向下的第二位置之后将样品从试样容器抽出。已经公开了用于使瓶子形式的试样容器通风的自动化方法，其中试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器，所述方法包括以下步骤将瓶子500保持在机架 1906中(图幻；自动地并且通过机器人设备的辅助来夹持具有针、被连接于针的室以及被连接于室的端口的通风装置(图14、1幻；自动地运动机器人设备，从而将通风装置放置在紧邻机架中的瓶子的一位置中(图16、17)；自动地将通风装置的针插入穿过封闭器，从而将针放置入瓶子的内部中(图17)，并且使试样容器的内部经过针、室以及端口而与大气平衡。方法可以包括以下步骤运动机架从而将瓶子放置为向上定向，并且在瓶子处于向上定向时进行自动插入步骤，如图16和17中所示的。方法还可以包括以下步骤运动机架从而将瓶子放置为向下定向；将真空施加于取样装置的端口 ；以及将容纳在瓶子内的样品的一部分吸入取样装置中。(图18和19)。在一个可能的配置中，取样装置1902在吸入步骤之前加载有选择性的溶解剂(见图14，装置1902预加载有溶解剂，或溶解剂被从仪器104内的容器1802加入，见图27，例如利用气动系统1914和管路3402的真空功能来加入)。在另一个方面，公开用于对瓶子500形式的试样容器进行取样的自动化方法，其中试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器，所述方法包括以下步骤(a) 将瓶子保持在机架1906中；(b)自动地并且通过机器人设备1910/1912的辅助来夹持具有针3202(图14、32)、被连接于针的室3204以及被连接于室的端口 3208的取样装置1902 ； (c)自动地运动机器人设备，从而将取样装置放置在紧邻机架中的瓶子的一位置中(图 6,17) ； (d)自动地将取样装置的针插入穿过封闭器，从而将针放置入瓶子的内部中(图 18-19、38)，以及(e)将真空施加于取样装置的端口，从而将容纳在瓶子中的样品的一部分吸入取样装置中。方法可以包括以下步骤运动机架从而将瓶子放置为向下定向，并且在瓶子处于向下定向时进行自动插入步骤。(图18、19)。方法还可以包括以下步骤运动机架从而将瓶子放置为向上定向；并且其中取样装置的针的插入步骤在瓶子处于向上定向时被进行； 并且其中方法还包括在将真空施加于取样装置的端口的步骤之前将瓶子的出口通向大气的步骤。(图16、17)。在一个实施方案中，方法包括在将取样装置的针插入穿过试样容器的封闭器的步骤之前使取样装置加载选择性的溶解剂的步骤，例如在使用时从选择性的溶解剂的容器 1802(图27)加载。取样方法可以被重复多于一次。因此，在一个方面，方法可以包括在同一个瓶子上重复步骤(b)、(c)、(d)和(e)多于一次的步骤。如图44-46中所示的，方法可以还包括将取样装置内的样品的某些或全部的部分注射入用于对样品中存在的微生物剂进行分离和浓缩的一次性分离装置1902中的步骤。取样方法还包括溶解分离装置1904内的样品的细胞组分的步骤。方法还可以包括使取样装置1902离心以分离和浓缩取样装置内的微生物剂的步骤。(如上文提到的，取样装置可以采取在图51-69中示出的组合的分离和取样装置中的一个组合的分离和取样装置的形式)。取样方法可以还包括在瓶子被保持在机架中时培育瓶子的步骤，例如在图27-29 中示出的实施方案中，机架被定位在培育包围物1812内。如在本文中使用的，术语“针”意在被宽泛地解释为是指中空的尖端状的元件。即， 在取样和/或通风装置1902上的针3202(图14、3；3)可以采取多种形式，例如塑料中空尖端。本发明的自动识别和/或表征仪器的目前优选的和可选择的实施方案已经被详细地描述。然而，本领域技术人员将理解，可以作出所公开的实施方案的细节的变化。所有与本发明的范围有关的问题将通过参照所附的权利要求被回答。
权利要求
1.一种用于使试样容器自动通风的设备，其中所述试样容器具有将所述试样容器的内部与环境密封开的封闭器，所述设备包括机架，其保持所述试样容器；通风装置，其具有针、与所述针流体连通的室以及与所述室流体连通的端口 ； 机器人传递机构，其相对于所述机架可运动；以及样品移除设备，其附接于所述机器人传递机构，具有用于夹紧所述通风装置的夹紧特征；其中所述样品移除设备和所述机器人传递机构相对于所述试样容器均可运动，从而自动地将所述通风装置的所述针插入穿过所述试样容器的所述封闭器，以由此使所述试样容器的内部通风并且获得所述试样容器的内部和大气之间的平衡。
2.根据权利要求1所述的设备，其中所述机架在第一位置和第二位置之间可运动，在所述第一位置中所述试样容器被以向上的取向来定向，且在所述第二位置中所述试样容器被以向下的取向来定向，并且其中当所述机架运动至所述第一位置时，所述通风装置的所述针的插入发生。
3.根据权利要求1所述的设备，还包括被耦合于所述通风装置的所述端口的气动系统。
4.根据权利要求3所述的设备，其中所述气动系统包括具有第一端和第二端的管，所述第一端被连接于所述通风装置的所述端口，所述第二端被连接于气动泵。
5.根据权利要求3所述的设备，其中所述气动系统能操作成使容纳在所述试样容器内的测试样品经由所述针而被吸入所述通风装置的所述室中。
6.根据权利要求1所述的设备，其中所述针包括柔性护套，并且其中在所述试样容器的通风期间，所述柔性护套覆盖所述针的在所述试样容器的外部的部分。
7.根据权利要求1所述的设备，其中所述机器人传递机构包括多轴机器人臂。
8.根据权利要求1所述的设备，其中所述机器人传递机构包括相对于所述机架在至少两个正交方向可运动的直角坐标型机器人。
9.一种用于对试样容器进行自动取样的设备，其中所述试样容器具有将所述试样容器的内部与环境密封开的封闭器，所述设备包括机架，其保持所述试样容器；取样装置，其具有针、与所述针流体连通的室以及与所述室流体连通的端口 ； 机器人传递机构，其相对于所述机架可运动；样品移除设备，其附接于所述机器人传递机构，具有用于夹紧所述取样装置的夹紧特征；以及气动系统，其被耦合于所述取样装置的所述端口 ；其中所述样品移除设备和所述机器人传递机构均可运动，从而自动地将所述取样装置的所述针插入穿过所述试样容器的所述封闭器，所述气动系统能操作成使容纳在所述试样容器内的样品的一部分经由所述针而被吸入所述取样装置的所述室中。
10.根据权利要求9所述的设备，其中所述机架在第一位置和第二位置之间可运动，在所述第一位置中所述试样容器被以向上的取向来定向，且在所述第二位置中所述试样容器被以向下的取向来定向，并且其中当所述机架运动至所述第一位置时，所述取样装置的所述针的插入发生。
11.根据权利要求9所述的设备，其中所述一次性取样装置还包括被定位在所述取样装置内紧邻所述端口的疏水过滤器。
12.根据权利要求9所述的设备，其中所述气动系统包括具有第一端和第二端的管，所述第一端被连接于所述取样装置的所述端口，所述第二端被连接于气动泵。
13.根据权利要求9所述的设备，其中所述取样装置加载有选择性的溶解剂。
14.根据权利要求9所述的设备，其中所述取样装置还包括覆盖所述针的护套。
15.根据权利要求14所述的设备，其中所述护套包括柔性护套，并且其中在将样品吸入所述取样装置期间，所述柔性护套覆盖所述针的在所述试样容器的外部的部分。
16.根据权利要求9所述的设备，其中所述机器人传递机构包括多轴机器人臂。
17.根据权利要求9所述的设备，其中所述机器人传递机构包括相对于所述机架在至少两个正交方向可运动的直角坐标型机器人。
18.根据权利要求10所述的设备，其中所述样品移除设备首先在所述试样容器被旋转至所述第一位置时将所述针插入所述试样容器中以由此使所述试样容器通风，并且然后在所述机架被旋转至所述第二位置之后将样品从所述试样容器抽出。
19.一种用于使瓶子形式的试样容器通风的自动化方法，其中所述试样容器具有将所述试样容器的内部与环境密封开的封闭器，所述方法包括以下步骤将所述瓶子保持在机架中；自动地并且通过机器人设备的辅助来夹持通风装置，所述通风装置具有针、被连接于所述针的室以及被连接于所述室的端口；自动地运动所述机器人设备，从而将所述通风装置放置在紧邻所述机架中的所述瓶子的一位置中；自动地将所述通风装置的所述针插入穿过所述封闭器，从而将所述针放入所述瓶子的内部中，并且使所述试样容器的内部经由所述针、所述室以及所述端口而与大气平衡。
20.根据权利要求19所述的方法，还包括以下步骤运动所述机架从而将所述瓶子放置为向上定向，并且在所述瓶子处于向上定向时进行自动插入步骤。
21.根据权利要求21所述的方法，还包括以下步骤运动所述机架从而将所述瓶子放置为向下定向；将真空施加于所述取样装置的所述端口 ；以及将容纳在所述瓶子内的样品的一部分吸入所述取样装置中。
22.一种用于对瓶子形式的试样容器进行取样的自动化方法，其中所述试样容器具有将所述试样容器的内部与环境密封开的封闭器，所述方法包括以下步骤(a)将所述瓶子保持在机架中；(b)自动地并且通过机器人设备的辅助来夹持取样装置，所述取样装置具有针、被连接于所述针的室以及被连接于所述室的端口；(c)自动地运动所述机器人设备，从而将所述取样装置放置在紧邻所述机架中的所述瓶子的一位置中；(d)自动地将所述取样装置的所述针插入穿过所述封闭器，从而将所述针放入所述瓶子的内部中，以及(e)将真空施加于所述取样装置的所述端口，从而将容纳在所述瓶子中的样品的一部分吸入所述取样装置中。
23.根据权利要求22所述的方法，还包括以下步骤运动所述机架从而将所述瓶子放置为向下定向，并且在所述瓶子处于向下定向时进行自动插入步骤。
24.根据权利要求22所述的方法，还包括以下步骤运动所述机架从而将所述瓶子放置为向上定向；并且其中将所述取样装置的所述针插入的步骤在所述瓶子处于向上定向时被进行；并且其中所述方法还包括在将真空施加于所述取样装置的所述端口的步骤之前将所述瓶子的出口通向大气的步骤。
25.根据权利要求22所述的方法，还包括在将所述取样装置的所述针插入穿过所述试样容器的所述封闭器的步骤之前使所述取样装置加载有选择性的溶解剂的步骤。
26.根据权利要求22所述的方法，还包括在同一个瓶子上重复步骤(b)、(c)、(d)和 (e)多于一次的步骤。
27.根据权利要求22所述的方法，还包括将所述取样装置内的所述样品的所述部分的一部分或全部注射入一次性分离装置中的步骤。
28.根据权利要求32所述的方法，还包括使所述一次性取样装置内的样品的细胞组分溶解的步骤。
29.根据权利要求四所述的方法，还包括使所述取样装置离心以分离和浓缩在所述取样装置内的微生物剂的步骤。
30.一种用于试样容器的取样装置，其中所述试样容器具有将所述试样容器的内部与环境密封开的封闭器，所述取样装置包括针，主体，其被耦合于所述针并且界定与所述针流体连通的室，所述主体还包括在所述主体中形成开口的端口，所述端口与所述室流体连通。
31.根据权利要求30所述的取样装置，还包括被放置在所述主体内紧邻所述端口的疏水过滤器。
32.根据权利要求30所述的取样装置，其中所述针还包括护套。
33.根据权利要求30所述的取样装置，其中所述室容纳选择性的溶解剂。
34.根据权利要求30所述的取样装置，还包括具有第一端和第二端的管，所述第一端被连接于所述端口，所述第二端被连接于选择性地将真空施加于所述管的气动系统。
35.根据权利要求34所述的取样装置，还包括紧邻所述端口从所述主体向外突出并且围绕所述主体延伸的边缘。
36.根据权利要求30所述的取样装置，其中所述主体包括具有第一端和相对的第二端的细长注射器状主体，所述第一端被耦合于所述针，所述室在所述第一端和所述第二端之间形成，并且其中所述端口紧邻所述第二端。
37.一种暗盒，其包括多个根据权利要求30所述的取样装置。
38.根据权利要求37所述的暗盒，其中所述暗盒还容纳多个一次性分离装置。
39.一种取样设备，包括暗盒，其形成用于接收多个取样装置的保持器，所述取样装置中的每个取样装置包括针和主体，所述主体被耦合于所述针并且界定与所述针流体连通的室，所述主体还包括在所述主体中形成开口的端口，所述端口与所述室流体连通；其中所述主体包括具有第一端和相对的第二端的细长注射器状主体，所述第一端被耦合于所述针，所述室在所述第一端和所述第二端之间形成，并且其中所述端口紧邻所述第 并且其中所述取样装置被接收在所述暗盒中，其中所述第二端从所述暗盒向上延伸， 以利于使用机器人夹紧设备来夹持所述取样装置中的单独一个取样装置。
40.根据权利要求39所述的设备，其中所述取样装置中的每个取样装置还包括在所述主体内紧邻所述端口的疏水过滤器。
41.根据权利要求39所述的设备，其中所述取样装置中的每个取样装置加载有选择性的溶解剂。
42.根据权利要求39所述的设备，其中所述取样装置中的每个取样装置还包括覆盖所述针的护套。
43.根据权利要求42所述的设备，其中所述护套包括柔性护套。
44.一种被配置为用于对试样容器进行取样并且用于分离在从所述试样容器抽出的测试样品中的微生物剂的组合装置，其中所述试样容器具有将所述试样容器的内部与环境密封开的封闭器，所述装置包括针，主体，其被耦合于所述针并且界定与所述针流体连通的溶解室，所述主体还包括在所述主体中形成开口的端口，所述端口与所述溶解室流体连通； 分离室，其与所述溶解室连通；以及阀或类似物，其将所述溶解室与所述分离室连接。
45.根据权利要求44所述的装置，其中所述溶解室容纳选择性的溶解剂。
46.根据权利要求44所述的装置，其中所述分离室容纳密度缓冲物。
47.根据权利要求44所述的装置，其中所述阀包括在所述装置的外周上的用于致动所述阀的特征。
48.根据权利要求44所述的装置，还包括真空室以及将所述真空室连接于所述溶解室的阀。
49.根据权利要求44所述的装置，其中所述分离室包括毛细管。
50.根据权利要求44所述的装置，还包括覆盖所述针的柔性护套。
全文摘要
公开了一种用于对试样容器进行自动通风和/或取样的设备，其中试样容器具有将试样容器的内部与环境密封开的封闭器。该设备包括机架，其保持试样容器；通风和/或取样装置，其具有针、与针流体连通的室以及与室流体连通的端口；机器人传递机构，其相对于机架可运动；样品移除设备，其附接于机器人传递机构，具有用于夹紧通风装置的夹紧特征。样品移除设备和机器人传递机构相对于试样容器均可运动，从而自动地将通风装置的针插入穿过试样容器的封闭器，以由此使试样容器的内部通风并且获得试样容器的内部和大气之间的平衡以及将样品的一部分从试样容器抽出而送入通风和/或取样装置中。
文档编号G01N35/00GK102460177SQ201080031445
公开日2012年5月16日 申请日期2010年5月14日 优先权日2009年5月15日
发明者克里斯托弗·S·龙西克, 琼斯·海曼, 约翰·D·沃尔什, 罗尼·J·鲁宾逊, 马克·S·威尔逊 申请人:生物梅里埃有限公司
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20年生产经验，实力工厂，精工品质，质量有保障
